斜带石斑鱼SSR亲子鉴定标记开发及其在放流中的应用

发布时间：2020-05-14 12:19

【摘要】：斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)是印度洋,红海,北太平洋,西太平洋和东南亚海域有价值的重要海水鱼类,也是我国主要的海水养殖品种之一。由于无节制的捕捞、水域污染等人为因素影响,斜带石斑鱼野生种群资源量急剧下降,一直以来我们多用人工增殖放流的方式增加其资源量,但没能对放流水域种质资源进行甄别与遗传评估。本文以微卫星即简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)为遗传分子标记进行亲子关系鉴定,准确区分人工放流群体与野生群体,建立斜带石斑鱼混合群体的判别技术体系,并对将要放流子一代群体进行遗传多样性评估,从而为人工增殖放流提供技术支撑和基础理论依据。本研究中,我们基于全基因组测序开发的77个高多态性SSR标记,构建2套斜带石斑鱼亲子鉴定体系,对群体遗传多样性进行分析,研究结果表明:(1)基于本实验室Illumina二代全基因组测序分析得到的77条2-4碱基重复微卫星序列,我们筛选出7个三碱基SSR、5个四碱基SSR,这些微卫星标记扩增稳定、高度多态性、高杂合度,且具有相同退火温度58℃。通过对条件的不断优化,我们建立了2套多重荧光PCR体系,并使用全同胞、混交家系进行验证,鉴定准确率均达100%,且扩增稳定;(2)构建一个混交家系,其中亲本27个(雌性15个,雄性12个),子代F1有226个。另从海南、大亚湾选取两个野生群体,分别有38个、41个,与养殖混交群体子代F1混合,用于模拟增殖放流群体,进一步验证亲子鉴定体系准确性。结果显示,仅有4个体鉴定错误,准确率达98.68%,可用于斜带石斑鱼群体甄别;(3)运用已建立的2套亲子鉴定体系共12个SSR标记对将要放流子一代群体进行遗传多样性分析,与海南、广东地区2个野生群体相比发现了明显的遗传分化,说明养殖子一代群体不适合进行放流活动。本研究建立了2套分辨率极高的斜带石斑鱼亲子鉴定体系,该体系可应用于斜带石斑鱼人工增殖和放流工作,并且可为遗传育种等研究奠定基础和提供理论依据。
【图文】：

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从而确定亲缘关系，如图1-1。亲子鉴定在各种分子生态学和进化学中扮演着十分重要的角色，例如性别选择[28-29]，迁徙和洄游结构分析[30-31]，数量遗传参数的评估[32-33]等方面都有极大贡献。亲子鉴定依然是一个相对年轻的学科，自 1989 年发现微卫星标记以来，，逐渐迎来了当今亲缘关系鉴定的黄金时期，虽然 SNP、AFLPs 均可用于亲子鉴定[34]，但是微卫星标记以其无可替代的优势在亲权关系鉴定方面是许多研究的优先选择[35]。微卫星亲子鉴定随着技术的不断革新，现今亲子鉴定已经可以主要分为 6大原则：排除法（Exclusion）、完全分配（Categorical Allocation）、部分分配（Fractional Allocation）、亲本亲缘重建（Parental Reconstruction）、完全概率亲子分析（ Full Probability Parentage Analysis ）、同胞亲缘重建（ SibshipReconstruction）

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8图 1-2 分子标记亲子鉴定方法流程流程图来自：Yue and Xia, 2014Fig. 1-2 Work flow to optimize molecular parentage analysis Flowchart from: Yue and Xia, 2
【学位授予单位】：中山大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：S917.4

【参考文献】