基于转录组数据的长牡蛎未折叠蛋白反应（UPR）热胁迫响应机制初步研究

发布时间：2020-07-09 15:08

【摘要】：未折叠蛋白反应(unfolded protein reaction,UPR),是内质网胁迫下细胞生存所需的一组通路,内质网应激发生后,内质网蛋白未充分折叠或者错误折叠,或者未折叠蛋白发生聚集时,可激活未折叠蛋白反应(unfolded protein reaction,UPR),启动信号转导途径。内质网内腔中的未折叠蛋白积累时,UPR通过增加细胞蛋白质折叠和降解能力,或降低蛋白质合成速率来维持细胞内稳态。由于其在细胞胁迫应答和蛋白质折叠过程中的重要性,UPR信号通路得到了越来越多的关注,其组成和多功能调节作用在哺乳动物,果蝇,线虫和酵母等中已经得到了很好的阐释。软体动物(含贝类)广泛分布在多种环境下,具有较高的物种多样性,并在不同的胁迫下展现出非凡的适应和存活能力。因此研究软体动物UPR在响应内质网胁迫下维持内稳态的机制,对于理解软体动物的广泛分布,生活习性,环境适应性具有极其重要的意义。本研究以软体动物中的典型生物长牡蛎为研究对象,通过深入挖掘和比较6,12,24小时热胁迫刺激后牡蛎血淋巴细胞转录组数据,重点解析长牡蛎UPR参与热胁迫响应的具体作用机制,包括(1)揭示了长牡蛎UPR通路的组成及其在不同热刺激处理时间后的响应模式,从不同时长热胁迫处理的角度看,UPR通路总体上呈现出积极的响应。通过对不同时长热胁迫后的共表达基因分析表明,PERK支路响应最为迅速;同时发现相较于PERK支路,IRE1和ATF6支路的元件表达情况更为复杂,机体倾向于通过IRE1支路恢复细胞的活力;(2)探究了长牡蛎重要免疫通路及其与UPR通路的网络关系。通过在Kappa矩阵的基础上构建共表达网络,发现在热刺激后的长牡蛎中,与UPR关系最密切的是MAPK通路。本研究将有助于更好地理解热胁迫下软体动物中UPR的调控机制,并且为研究特定UPR通路及其与机体免疫应答之间的关系提供了参考,丰富了软体动物应答环境胁迫响应的相关内容。
【学位授予单位】：大连海洋大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：S917.4
【图文】：

珠富集采用 SOLiD EZ BeadTM体系 (Life Technologies)模板磁珠的质量，以及密度。每个样本大约含 120，000，上。采用 SOLiD4 平台进行测序，并且输出相应的颜色长文件序列号为：SRP034885。LifeScopeTM软件用于读长和空白对照组之间差异表达转录本的识别 (DTs)。错误发倍数 ≥ 1 用于确定显著差异表达基因 DEGs[9, 93]。还在基化因子; Dusp19, 双特异性蛋白磷酸酶 19; PDIA6, 蛋菌的 IAP 重复含蛋白 7-A; HSP20, 应激蛋白 1; GRP78, 7AT, 犬尿氨酸/α-氨基乙二酸转氨酶; SMCT1, 偶联单羧酸酶;ECE1, 内皮素转换酶 1）上进行了 qRT-PCR(实时荧

图 3-1 a) 热处理 B_6H 比较组中与内质网蛋白质处理过程共表达的免疫通路Figure 3-1 a) Immunity pathways that co-expressed with ER protein processing in B_6H heat treatmentcomparison group

图 3-1 a) 热处理 B_6H 比较组中与内质网蛋白质处理过程共表达的免疫通路Figure 3-1 a) Immunity pathways that co-expressed with ER protein processing in B_6H heat treatmentcomparison group

【参考文献】

相关期刊论文 前1条

1 Caroline B A;;研究揭示章鱼的进化[J];生物技术进展;2015年05期

相关博士学位论文 前1条

1 程功;Docker生物云计算平台分析松材线虫高通量测序数据的应用研究[D];东北林业大学;2015年

相关硕士学位论文 前2条

1 刘欣;基于日本沼虾转录组的免疫基因发掘[D];河北大学;2016年

2 石浩然;基于二代测序的转录组数据分析方法的比较研究[D];四川农业大学;2016年

本文编号：2747620