红螯螯虾转录组中的SSR位点信息分析

发布时间：2023-04-10 21:52

　　对红螯螯虾转录组测序数据进行分析,并开发引物通过PCR扩增和毛细管电泳检测,进行了引物多态性和通用性分析。从67 369条Unigenes中共检测到22 727个简单重复序列(SSR)位点,并对包含SSR序列的Unigenes进行功能注释。结果表明,红螯螯虾转录组中微卫星序列的类型较为丰富,其中二核苷酸和三核苷酸重复类型出现频率较多,分别占总SSR出现频率的52.67%和44.25%;四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复类型出现频率较少,分别占总SSR出现频率的2.62%、0.23%和0.24%。SSR重复类型共有68种,其重复次数的范围为5～84次。筛选出SSR引物5对,对浙江本地及台湾2个群体的60个样品进行遗传多样性分析,每对引物平均产生5.6个多态性片段。本研究结果为深入开发红螯螯虾功能性SSR标记奠定了基础,也为开展红螯螯虾分子标记辅助选育提供支持。

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 转录组数据的获得
    1.3 SSR位点搜索和引物设计
    1.4 SSR-PCR扩增及产物检测
    1.5 数据分析
2 结果与分析
    2.1 转录组中SSR的分布及结构特点
    2.2 转录组中SSR重复类型和频率特征
    2.3 转录组中SSR重复次数
    2.4 SSR引物筛选及验证
    2.5 SSR多态性分析
3 小结与讨论
    3.1 SSR位点出现频率与其他物种的比较
    3.2 转录组筛选红螯螯虾SSR引物可行且有意义



本文编号：3788794