三角鲂转录组分析与不同地理种群遗传多样性研究
发布时间：2023-04-26 23:47
三角鲂(Megalobrama terminalis),属鲤科(Cyprinidae)、鲂属(Megalobrama),主要分布在东南沿海,长江水系、黄河水系、黑龙江水系以及俄罗斯远东地区,是鲂属中分布最广泛的鱼类。但野生三角鲂资源量逐年减少,为了保护三角鲂的野生资源,同时建立三角鲂良种选育平台,本实验室以钱塘江三角鲂原种为亲本,建立了50个全同胞家系。F1代5月龄时,随机在1个家系中选取200尾个体,测量体长体重后,分别选取体重的前5%(10尾)个体的肌肉、肝脏和脑组织提RNA,各组织的RNA等量混合成1个样品L,同样分别选取体重的后5%(10尾)个体的肌肉、肝脏和脑组织提RNA,各组织的RNA等量混合成1个样品S。L和S的总RNA提取mRNA后,本实验室按照Ion Torrent测序仪200bp读长的转录组测序指南,构建出L和S的cDNA文库；制备318芯片后,经本实验室的Ion Torrent测序仪测序。采用生物信息学方法比较分析三角鲂F1代中L和S两个转录组；利用微卫星搜索软件搜索三角鲂F1代转录组中的SSR序列,筛选出三角鲂的分子标记,用于三角鲂不同地理种群的遗传多样性研究。...
【文章页数】：122 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
目录
摘要
ABSTRACT
缩略语表
第一章 文献综述
1 三角鲂简介
1.1 三角鲂的分类
1.2 三角鲂的研究现状
2 转录组学研究概况
2.1 转录组学传统研究方法
2.2 新一代高通量测序技术
3 微卫星DNA在种群遗传学中的应用
3.1 微卫星DNA的结构
3.2 微卫星DNA的特点
3.3 微卫星标记的筛选
3.4 微卫星标记在种群遗传学中的应用
4 本研究的目的意义
第二章 三角鲂cDNA文库构建与测序
1 材料与方法
1.1 实验鱼来源与规格
1.2 总RNA提取
1.3 mRNA提取
1.4 cDNA文库的构建(具体操作步骤见附录1)
1.5 模板阳性的Ion SphereTM(ISPs)颗粒制备与Ion 318TM芯片测序(具体操作步骤见附录1)
2 结果
2.1 总RNA提取结果
2.2 mRNA提取结果
2.3 mRNA片段化
2.4 cDNA文库质量评估
2.5 Ion 318TM芯片-加入ISPs质量评估
3 分析与讨论
3.1 三角鲂转录组文库构建的质量
3.2 ISPs加入Ion 318TM芯片的质量分析
第三章 基于Ion Torrent测序平台的三角鲂转录组分析
1 材料与方法
2 结果
2.1 下机序列质量评估与序列组装
2.2 序列功能注释与分类
2.3 生长相关的功能基因
2.4 SSR和SNP鉴别
3 分析与讨论
3.1 Ion Torrent测序通量及测序读长
3.2 三角鲂生长相关组织转录组数据
第四章 团头鲂微卫星标记在三角鲂中跨种扩增及三角鲂转录组微卫星标记筛选
1 材料与方法
1.1 实验材料
1.2 方法
2 结果
2.1 基因组DNA提取结果
2.2 团头鲂多态性引物在三角鲂中跨种扩增
2.3 基于转录组数据的微卫星引物开发
2.4 三角鲂微卫星标记的多态性
3 分析与讨论
第五章 三角鲂四个野生群体遗传多样性的微卫星分析
1 材料与方法
1.1 实验材料
1.2 方法
2 结果
2.1 三角鲂群体的微卫星引物PCR扩增结果
2.2 三角鲂群体的遗传多样性
2.3 三角鲂四个野生群体的遗传分化
3 分析与讨论
3.1 三角鲂群体的遗传多样性
3.2 三角鲂群体的遗传分化
3.3 Hardy-Weinberg平衡的偏离
小结
参考文献
附录
附录1 cDNA文库的构建与测序具体操作步骤
1 RNase Ⅲ酶切mRNA
2 mRNA 片段纯化
3 Hybridize and Ligate the RNA
4 执行反转录
5 cDNA 纯化
6 cDNA文库扩增
7 纯化已扩增的cDNA文库
8 检测已扩增纯化的cDNA文库片段大小分布
9 决定模板制备所需的文库稀释因子
10 在Ion OneTouchTM仪器上制备模板阳性的Ion SphereTM(ISPs)颗粒
11 Ion OneTouchTM ES富集模板阳性的ISPs
12 清洁PGMTM测序平台
13 初始化PGMTM测序仪
14 Ion 318TM芯片测序步骤
附录2 三角鲂生长基因
附录3 32个多态性微卫星引物序列及退火温度
附录4 攻读博士学位期间发表论文情况
致谢
本文编号：3802429
【文章页数】：122 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
目录
摘要
ABSTRACT
缩略语表
第一章 文献综述
1 三角鲂简介
1.1 三角鲂的分类
1.2 三角鲂的研究现状
2 转录组学研究概况
2.1 转录组学传统研究方法
2.2 新一代高通量测序技术
3 微卫星DNA在种群遗传学中的应用
3.1 微卫星DNA的结构
3.2 微卫星DNA的特点
3.3 微卫星标记的筛选
3.4 微卫星标记在种群遗传学中的应用
4 本研究的目的意义
第二章 三角鲂cDNA文库构建与测序
1 材料与方法
1.1 实验鱼来源与规格
1.2 总RNA提取
1.3 mRNA提取
1.4 cDNA文库的构建(具体操作步骤见附录1)
1.5 模板阳性的Ion SphereTM(ISPs)颗粒制备与Ion 318TM芯片测序(具体操作步骤见附录1)
2 结果
2.1 总RNA提取结果
2.2 mRNA提取结果
2.3 mRNA片段化
2.4 cDNA文库质量评估
2.5 Ion 318TM芯片-加入ISPs质量评估
3 分析与讨论
3.1 三角鲂转录组文库构建的质量
3.2 ISPs加入Ion 318TM芯片的质量分析
第三章 基于Ion Torrent测序平台的三角鲂转录组分析
1 材料与方法
2 结果
2.1 下机序列质量评估与序列组装
2.2 序列功能注释与分类
2.3 生长相关的功能基因
2.4 SSR和SNP鉴别
3 分析与讨论
3.1 Ion Torrent测序通量及测序读长
3.2 三角鲂生长相关组织转录组数据
第四章 团头鲂微卫星标记在三角鲂中跨种扩增及三角鲂转录组微卫星标记筛选
1 材料与方法
1.1 实验材料
1.2 方法
2 结果
2.1 基因组DNA提取结果
2.2 团头鲂多态性引物在三角鲂中跨种扩增
2.3 基于转录组数据的微卫星引物开发
2.4 三角鲂微卫星标记的多态性
3 分析与讨论
第五章 三角鲂四个野生群体遗传多样性的微卫星分析
1 材料与方法
1.1 实验材料
1.2 方法
2 结果
2.1 三角鲂群体的微卫星引物PCR扩增结果
2.2 三角鲂群体的遗传多样性
2.3 三角鲂四个野生群体的遗传分化
3 分析与讨论
3.1 三角鲂群体的遗传多样性
3.2 三角鲂群体的遗传分化
3.3 Hardy-Weinberg平衡的偏离
小结
参考文献
附录
附录1 cDNA文库的构建与测序具体操作步骤
1 RNase Ⅲ酶切mRNA
2 mRNA 片段纯化
3 Hybridize and Ligate the RNA
4 执行反转录
5 cDNA 纯化
6 cDNA文库扩增
7 纯化已扩增的cDNA文库
8 检测已扩增纯化的cDNA文库片段大小分布
9 决定模板制备所需的文库稀释因子
10 在Ion OneTouchTM仪器上制备模板阳性的Ion SphereTM(ISPs)颗粒
11 Ion OneTouchTM ES富集模板阳性的ISPs
12 清洁PGMTM测序平台
13 初始化PGMTM测序仪
14 Ion 318TM芯片测序步骤
附录2 三角鲂生长基因
附录3 32个多态性微卫星引物序列及退火温度
附录4 攻读博士学位期间发表论文情况
致谢
本文编号：3802429
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