虾虎鱼亚目及其外群系统发育关系研究及多位点分子标记筛选策略

发布时间：2024-03-12 19:52

　　虾虎鱼亚目(Gobioidei)隶属于脊索动物门(Chordata)、辐鳍鱼纲(Actinopterygii)、鲈形目(Perciformes),是鲈形目中最大的一个类群,包括270多个属,2000多种,占鲈形目的23%。虾虎鱼类广泛分布于热带、亚热带和温带地区的淡水或近岸海水中,多底栖生,好穴居。由于虾虎鱼类在极短的时间内快速分化为多个物种,所以准确地重建它们的系统发育关系很困难,而这一现象在其他物种的系统演化研究上也很常见。目前对于虾虎鱼亚目的系统发育的研究主要基于形态学特征或少数几个线粒体或核基因标记,所得到的结论相互不一致。随着高通量测序技术的发展,当前的系统发育研究已不再囿于有限的分子标记,以逐步进入到基于基因组规模进行分析的阶段。基因组数据容易获取,但读长短、片段多,数据处理和分析难度大。对于大量的核基因标记,如何从中筛选出系统发育信号强、适用于不同系统发育问题研究的分子标记尤为重要。分子标记筛选标准一直是研究的热点,然而现有的研究主要是根据模拟数据或者少数几个位点进行的,很少在大规模的实际数据中进行过验证。因此,对多位点分子标记筛选策略亟待作一个全面而深入的研究。针对以上...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1-1基于最大似然法1000个重复抽样所建的虾虎鱼亚目及其外群的系统发育关系

图1-1基于最大似然法1000个重复抽样所建的虾虎鱼亚目及其外群的系统发育关系。除了圆点所在的节点自举支持值为70外，其余所有节点的支持值均为100。Fig.1-1ThephylogenyofGobioideianditsoutgroupsbasedo....

图1-2基于694个基因树所重建的虾虎鱼及其外群的系统发育物种树

35图1-2基于694个基因树所重建的虾虎鱼及其外群的系统发育物种树。其中a，b分别是根据MP-EST和STAR所重建的物种树

图2-2根据5种指标筛选出的基因所重建的一致树

图2-2根据5种指标筛选出的基因所重建的一致树。(a，b)分别表示配对距离值最小和最大的100个基因序列所推断的一致树；(c，d)分别表示相对组成变异性值最小和最大的100个基因序列所推断的一致树；(e，f)分别表示stemminess值最小和最大的....

图2-3分子钟与基因长度的关系

图2-3分子钟与基因长度的关系。Fig.2-3Relationshipbetweenmolecularclock-likenessandsequencelength.

本文编号：3926793