尼罗罗非鱼对丽鱼三代虫感染的免疫机制研究

发布时间：2024-05-16 04:52

　　尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)原产于非洲,是一种重要的世界性经济养殖鱼类。自1978年从苏丹引入我国以来,一直在我国南方广泛养殖。但是随着高密度集约化养殖的发展,各种病害的频发严重制约了罗非鱼养殖业的发展,隶属于扁形动物门单殖亚纲的单殖吸虫可导致罗非鱼幼鱼大量死亡。本研究通过实验感染和转录组测序等手段,对尼罗罗非鱼感染丽鱼三代虫(Gyrodactylus cichlidarum)后,免疫相关通路及基因表达的变化进行了生物信息学分析;根据转录组分析结果,对主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)家族基因在三代虫感染后的表达进行了详细研究;并进一步对MHCⅡα和MHCⅡβ基因的多态性以及等位基因型与罗非鱼对三代虫易感性/抗感染性的关系进行了关联分析与验证,研究主要获得如下结果。转录组测序共完成76个二代样品测序及1个三代样品全长测序,其中三代测序首次获得尼罗罗非鱼全长转录本,使用7个cells获得18.32 Gb的有效数据,得到插入序列485040条,其中全长非嵌合序列256476条;经聚类后获得一致性转录本...

【文章页数】：181 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

图2-1转录组测序实验流程

图2-1转录组测序实验流程Fig.2-1Experimentalprocedureoftranscriptomesequencing.7转录组数据分析基于第二代高通量测序平台的RNA-Seq2.0技术目前应用最为普遍，但长较短而存在多种缺点，往往不能准确得到....

图2-2转录组生物信息分析流程

中山大学博士学位论文列的缺失也可能是非全长序列，本研究将仅5'末端外显子存在差异，其余外均一致的序列进行了合并，取其中最长的序列作为最终的转录本序列。最终的转录本序列可直接用于后续的基因家族、等位基因、SSR、Isoform、同源、可变剪接、lncRNA等分析。转录组生物信息....

图2-3转录组建库ROI序列分类情况

尼罗罗非鱼对丽鱼三代虫感染的免疫机制研究本次数据中的全长序列长度与建库大小一致。除建库时cDNALNC长度还受试剂和测序时间等因素的影响，故全长序列的不同cell中的差异很大，本次数据中F01总体FL%为53.17%MRTbell或adaptor浓度过低，会....

图2-4转录组完整性评估结果

图2-4转录组完整性评估结果Fig.2-4Resultoftranscriptomeintegrityassessment基因转录生成的前体mRNA（pre-mRNA）有多种剪接方式，比如选择不外显子产生不同的成熟mRNA，从而翻译为不同的蛋白质，由此构成了生....

本文编号：3974719