实验红鲫线粒体DNA条形码和核胁迫下HSP70表达的分析

发布时间：2024-06-02 15:16

　　目的:1.为进一步完善实验红鲫C1HD系遗传背景研究,建立实验红鲫C1HD系的线粒体分子标记,开展了实验红鲫C1HD系线粒体DNA条形码分析。2.为推广实验红鲫在核辐射生物学效应方面的应用研究,探讨了¹³⁷Cs辐射对实验红鲫HSP70表达的影响。方法:1.设计引物对验红鲫C1HD系、金鱼、同源二倍体金鱼和同源二倍体红鲫、鲫和白鲫等6种鱼类的鲫属鱼类线粒体COI、COIII、Cytb和D-loop基因进行PCR扩增,目的条带经回收、转化后进行测序,获得测序结果。以鲤鱼为外类群,结合NCBI中下载的序列,分别对每个基因的序列特征进行分析,并计算种间和种内遗传距离,分析系统进化关系。2.通过测序得到实验红鲫、同源二倍体金鱼、同源二倍体红鲫和金鱼线粒体基因组全序列,对实验红鲫线粒体基因组全序列的结构特征、碱基组成和密码子使用频率进行分析。最后,结合NCBI中下载的有关鲫属鱼类的线粒体基因组全序列构建系统进化树。3.根据实验红鲫¹³⁷Cs辐射的LD_50/30,设计4.1Gy、6.1Gy、8.2Gy辐照剂量组与空白对照组,用辐照仪对...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图2-16种鲫属鱼类不同标记基因PCR产物电泳检测图

V占总序列长度的15.5%，简约信息位点（PI）为65个，自裔位点（S）80个。从碱基组成来看（见表2-5），COI序列中4种碱基的平均含量分别是T：29.3%、C：26.2%、A：26.9%、G：17.6%，G的所占比例明显低于其他3种碱基的比例，且G+C的含....

图3-1线粒体基因组结构图

22个tRNA中有8个位于L链上，其他的结构进行分析显示，其中21种tRNA基因的结形状（图3-2），只有tRNASer（GCT）因二氢尿嘧完整的三叶草结构(图3-3)。

图3一2实验红卿CllD〕系tRNA三叶草结构模型

其他密码子的RSCU值均小于1，使用频率较低，蛋白编码基因在密码子第三位点碱基的使用上也表现为明显的AT偏向性。图3-2实验红鲫C1HD系tRNA三叶草结构模型Figure3-2TheclassicalcloverleafstructureoftRNAge....

图3一3实验红螂Clll】〕系tRNA加结构模型

其他密码子的RSCU值均小于1，使用频率较低，蛋白编码基因在密码子第三位点碱基的使用上也表现为明显的AT偏向性。图3-2实验红鲫C1HD系tRNA三叶草结构模型Figure3-2TheclassicalcloverleafstructureoftRNAge....

本文编号：3987423