基于蔓越橘果实转录组的内参基因的筛选

发布时间：2020-05-09 02:03

【摘要】：内参基因对利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行基因表达分析时数据标准化至关重要。在本研究中,参考植物中传统内参基因,并结合蔓越橘果实转录组数据,从中选择了肌动蛋白(ACTIN),亲环素类(CYP 2),延长因子1α(EF-1α),F-box蛋白家族(F-box),3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH),β微管蛋白(TUBB),sand家族蛋白(SAND),18S核糖体RNA(18s rRNA),蛋白磷酸酶2A调节亚基(PP2A)和RH 8十个候选内参基因分别进行qRT-PCR,同时利用三种统计学软件(geNorm,NormFinder和Bestkeeper)进行数据分析,评估了各候选内参基因分别在蔓越橘处于不同试验因素影响下的表达稳定性(不同栽培品种的蔓越橘;蔓越橘的不同组织;盐胁迫处理的蔓越橘;碱胁迫处理的蔓越橘;PEG模拟干旱胁迫处理的蔓越橘)。得到的主要结果为:1.在不同品种的蔓越橘中,PP2A是作为单个内参基因的最佳选择,PP2A+SAND是作为内参基因组合的最佳选择;18S rRNA是该样品集合中表达水平最不稳定的候选内参基因。2.在蔓越橘的不同组织中,SAND是作为单个内参基因的最佳选择,PP2A+SAND是最佳的内参基因组合;ACTIN是该样品集合中表达水平最不稳定的候选内参基因。3.在蔓越橘遭受非生物胁迫时:盐胁迫处理的蔓越橘中PP2A和CYP 2都可以作为单个内参基因的最佳选择;碱胁迫处理的蔓越橘中PP2A是作为单个内参基因的最佳选择;PEG模拟干旱胁迫处理的蔓越橘和非生物胁迫处理的蔓越橘中SAND都是作为单个内参基因的最佳选择;PP2A+SAND是蔓越橘在遭受上述非生物胁迫条件时最优秀的内参基因组合;当蔓越橘遭受非生物胁迫时,GAPDH的表达水平在蔓越橘处于非生物胁迫时无法保持稳定状态。综合所有供试材料作为一个样本集合来进行数据分析时,不能准确筛选出稳定表达的单个内参基因或内参基因组合。综上所述,建议针对特定的试验条件选择合适的内参基因或内参基因组合进行数据标准化,以期获得可靠的基因表达分析的结果。本研究首次结合蔓越橘转录组数据筛选出不同试验条件下的蔓越橘中合适的内参基因,为研究特定试验条件下蔓越橘的基因表达分析、揭示蔓越橘生物学特性以及蔓越橘遗传育种等方面的研究奠定基础。
【图文】：

蔓越橘总RNA的1.2%琼脂糖凝胶电泳检测（M：10000bpDNAMarker；1~17：随机抽取参试蔓越橘样本的总RNA）

蔓越橘10个候选内参因引物PCR产物的琼脂糖凝胶电泳检测（M：DL2000marker、1：ACTIN、2：CYP2、3：EF-1α、4：F-box、5：GAPDH、6：18SrRNA、7：
【学位授予单位】：吉林农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：S663.9

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本文编号：2655413