山楂高密度分子遗传图谱的构建及部分果实性状的QTL定位分析

发布时间：2020-05-26 22:13

【摘要】：山楂(Crataegus spp.)为蔷薇科山楂属植物,是重要的果树资源,但由于其生长周期长,遗传组成复杂,自交不亲和等问题限制了新品种的研发进度。本研究以果实大小和果实硬度都存在显著性差异的山楂品种‘山东大绵球’(母本)和‘新宾软籽’(父本)创建杂交群体,选用130株杂交F1代为作图群体,采用RAD测序技术开发的SNP标记构建山楂高密度分子遗传图谱;对作图群体果实进行单果重、纵径、横径、果皮穿刺硬度、果皮脆性和果肉平均硬度6个表型性状的调查,并利用R/qtl软件,选用区间QTL作图法(IQM),对群体果实的6个性状进行QTL定位研究。主要研究结果如下:1.从128对引物组合中筛选出两对引物组合‘CH05e06’和‘CH03g06’用于杂交后代实生苗木真假杂种鉴定,结果表明,本研究采用的130株杂交后代单株均为真杂种。2.通过筛选获得6384个高质量的SNP标记位点。应用JoinMap分别绘制出双亲的遗传图谱及双亲整合的遗传图谱,三个图谱均含有17个连锁群。母本‘山东大绵球’的遗传图谱共有2656个SNP标记,覆盖总图距为2689.65cM,位点之间的平均遗传距离为1.34cM,连锁群的平均长度为158.21 cM,每个连锁群的平均标记数为1564个;父本‘新宾软籽’的遗传图谱共有4085个SNP标记,覆盖总图距为2558.41cM,位点之间的平均遗传距离为0.64cM,连锁群的平均长度为150.49cM,每个连锁群的平均标记数为240.29个;整合图谱中共有6384个SNP标记,覆盖总图距为2470.02cM,位点之间的平均遗传距离为0.41cM,连锁群的平均长度为145.30cM,每个连锁群的平均标记数为375.53个3.在整合图谱中分别检测到与单果重相关的QTL位点2个,可解释的表型变异率为19%和21.8%;与纵径相关的QTL位点2个,可解释的表型变异率为18.1%和24.3%;与横径相关的QTL位点1个,可解释的表型变异率为21.4%;与果皮穿刺硬度相关的QTL位点6个,可解释的表型变异率在17.7%-25.2%之间;与果皮脆性相关的QTL位点5个,可解释的表型变异率在18.1%-32.2%之间;与果肉平均硬度相关的QTL位点5个,可解释的表型变异率在18.1%-19.9%之间;本研究构建的遗传图谱是目前山楂属植物中报道的分子标记数量最多的遗传图谱,该图谱不仅为今后山楂重要性状QTL精细定位奠定基础,也将对山楂分子辅助选择育种起到较大的促进作用。
【图文】：

材料与方法中筛选 2 对引物用于杂种鉴定。然后对这两对引物的温度梯度依次为 63.0℃、62.6℃、61.7℃、60.4℃2.6℃、51.3℃、50.4℃以及 50.0℃。最后进行 PC没有杂带的条带，该条带对应的退火温度即为最凝胶电泳及银染显色岗，2016）的方法，在其方法的基础上略有改动建及测序A 进行酶切试验。对得到的酶切片段（RAD 标签筛选、连接 P2 测序接头、PCR 扩增、文库质检合格，测序策略为 IlluminaPE150。具体流程如图 2-1：

沈阳农业大学硕士学位论文3 结果分析3.1 基因组 DNA 浓度及质量检测利用 1%琼脂糖凝胶电脉检测基因组 DNA 的质量，结果显示:DNA 主带清晰，无拖尾现象，没有严重糖类或蛋白污染(图 2-1 )。对于不符合试验要求的样品，重新提取，保证所有样品 DNA 浓度和质量符合试验标准，进一步利用分光光度计检测，发现 DNA浓度均大于 50 ng/uL，，OD260/280 在 1.8~2.2 之间能够满足接下来试验要求，可用于进一步的试验，然后将所有试验样品 DNA 稀释至 50ng/μL,在-20℃冰箱中保存备用。
【学位授予单位】：沈阳农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：S661.5

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