乌桕EST-SSR标记开发与遗传评价
发布时间：2020-08-15 09:25
【摘要】：乌桕(Sapium sebiferum(L.)Roxb.ndl)作为中国特有落叶乔木,树形优美,是极具观赏价值的彩叶树种之一,其体内所含的大量植物油,被广泛应用到工业、食品、日用护肤品等领域。由于乌桕栽培历史悠久、引种选育过程繁琐,亲子代间世代交替背景复杂,导致当前乌桕种质资源遗传谱系尚不明了。近年来,关于乌桕遗传多样性的研究较少,且参所选种质代表性不足,所用分子技术有限。因此,本研究利用Illumina HiSeq2500测序平台对乌桕嫩叶进行转录组测序,挖掘SSR位点,并利用多态性SSR位点对13个地源的乌桕种质进行遗传评价。主要结论如下:1.对乌桕嫩叶进行转录组测序,共获得8.0G的数据量,利用Trinity拼接后获得Unigene 59441条,平均长度692bp,波动范围是300~6929bp;通过与Nr蛋白数据库进行比对,42020条Unigege成功获得到注释,注释比例为70.69%;随后将注释的Unigene用GO信息库作参考,有31277条Unigene被注释,其功能分为49类,包括了分细胞组分、基因的分子功能和参与的生物过程三个部分。2.使用软件MISA对测序获得的59441条Unigene进行SSR位点搜索,共检测到SSR位点7344个,频率为12.36%。随机挑选120对SSR位点使用软件Primer 3对上述SSR位点进行引物设计,选择地源相隔较远的6份乌桕种质对其进行筛选,共有98对引物能扩增出明亮、清晰的条带,扩增效率为81.67%。其中,有10对引物具有多态性,占比8.33%。3.利用得到的10对多态性EST-SSR引物对236份乌桕种质进行遗传评价,结果显示所采集乌桕种质遗传多样性高,有效等位基因数Ne(1.9884)、香农指数I(0.7045)等系数与鹅掌楸等观叶林木相近。利用UPGMA法,对13个地源的乌桕进行聚类,地源相近群体无法聚到一起。利用NJ法对236份乌桕种质也单独进行聚类,同地源的个体也无法全部聚到一起,说明遗传关系与乌桕地理分布没有明显关联。本研究首次开发了乌桕转录组SSR分子标记,并利用筛选得到的多态性引物对236份乌桕种质进行了遗传评价,为乌桕种质资源的研究、保护及利用奠定了理论基础。
【学位授予单位】：浙江农林大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：S687
【图文】：
图 2.1 Unigene 长度分布图Figure 2.1 Length distribution of all unigenes.注：x 轴代表 unigenes 的长度大小，y 轴代表某一长度大小所对应的 unigenes 数量。Note: the x-axis represents the size of all unigenes, and the y-axis represents the number of allunigenes with a certain length..2 Unigene 的注释组装修饰获得的 59441 个乌桕 Unigene 进行蛋白功能的注释，获得 Unigene 在 NR、、KEGG 数据库中的注释[79]。NR 数据库相对应的 Unigene 数量为 42020，占比总桕 Unigene 数的 70.69%；GO 数据库对应 Unigene 数量为 31277，占比为 52.53%；GG 数据库对应 Unigene 数量为 9722，占比 16.36%。表 2.2 乌桕 Unigene 功能注释Table2.2 Functional annotation of the Sapium sebiferum (L.) Roxb.ndl transcriptomeDatabase 59411 Unigene
blast比对E-value分布
图 2.3 GO 功能分布图Figure 2.3 GO analysis of the unigenes sequences.注：右边的 y 轴表示相应类型所对应的 unigenes 的数量；左边的 y 轴表示相应类型所对unigenes 所占的比例。Note: the y-axis on the right indicates the number of genes in a category; the y-axis on thindicates the percentage of a specific category of genes in that main category.同时将 Unigene 与 COG 数据库做比对，将乌桕的最佳蛋白序列提交到 NCBI 上(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi ，COG—4873 PSSMs，E-value 0.01，Maximum number of hits 500)，得到与 Unigege 编号相对应的 COG 编统计 COG 各个类别 Unigege 的数量，如图 2.3：
【学位授予单位】：浙江农林大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：S687
【图文】：
图 2.1 Unigene 长度分布图Figure 2.1 Length distribution of all unigenes.注：x 轴代表 unigenes 的长度大小，y 轴代表某一长度大小所对应的 unigenes 数量。Note: the x-axis represents the size of all unigenes, and the y-axis represents the number of allunigenes with a certain length..2 Unigene 的注释组装修饰获得的 59441 个乌桕 Unigene 进行蛋白功能的注释，获得 Unigene 在 NR、、KEGG 数据库中的注释[79]。NR 数据库相对应的 Unigene 数量为 42020，占比总桕 Unigene 数的 70.69%；GO 数据库对应 Unigene 数量为 31277，占比为 52.53%；GG 数据库对应 Unigene 数量为 9722，占比 16.36%。表 2.2 乌桕 Unigene 功能注释Table2.2 Functional annotation of the Sapium sebiferum (L.) Roxb.ndl transcriptomeDatabase 59411 Unigene
blast比对E-value分布
图 2.3 GO 功能分布图Figure 2.3 GO analysis of the unigenes sequences.注：右边的 y 轴表示相应类型所对应的 unigenes 的数量；左边的 y 轴表示相应类型所对unigenes 所占的比例。Note: the y-axis on the right indicates the number of genes in a category; the y-axis on thindicates the percentage of a specific category of genes in that main category.同时将 Unigene 与 COG 数据库做比对，将乌桕的最佳蛋白序列提交到 NCBI 上(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi ，COG—4873 PSSMs，E-value 0.01，Maximum number of hits 500)，得到与 Unigege 编号相对应的 COG 编统计 COG 各个类别 Unigege 的数量，如图 2.3：
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本文编号：2793925
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