辣椒全基因组TCP转录因子家族的鉴定及相关分析

发布时间：2020-10-11 18:17

　　 植物特异的Teosinte branched1/Cincinnata/proliferating cell factor(TCP)转录因子家族,其功能涉及调控细胞生殖与细胞分化,且在植物生长和发育过程中的许多方面具有重要作用。然而,目前针对TCP转录因子家族的研究在辣椒中未见报道。本文利用生物信息学方法对辣椒TCP转录因子家族成员、基因分类、基因结构、染色体定位、系统进化关系和结构域序列保守性进行了预测和分析。结果表明,辣椒TCP基因家族包含30个成员,CaTCP蛋白含有95~550个氨基酸,等电点为6.30~10.91。进化树分析将其分为11个不同的亚族。辣椒TCP家族进化树以及基因结构的进一步分析显示辣椒TCP家族可分为两大类,即Class I类和Class II类,而Class II类可分为两个不同的亚类,即CIN和CYC/TB1亚类。位于同一亚家族的大多数TCP基因具有相似的内含子和外显子结构。此外,染色体定位分析表明辣椒TCP基因不均衡的分布于辣椒的10条染色体上,其中3号染色体上最多,有7个。本研究首次对辣椒TCP基因家族进行全基因组分析,为进一步了解辣椒TCP基因家族的分类以及功能研究提供重要信息。
【学位单位】：西北农林科技大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2017
【中图分类】：S641.3;Q943.2
【部分图文】：

CaTCP30 CA08g04040 Unknow（不详） 1287 429 47614.1 6.963.2 辣椒与拟南芥 TCP 家族系统进化及保守结构域分析图3-1为辣椒上的30个CaTCP蛋白序列与24个拟南芥AtTCP蛋白序列进行比对，利用 ClustalW 程序对拟南芥和辣椒 TCP 蛋白序列进行多序列比对，将多序列比对结果利用 MEGA6.0 软件进行构建，采用邻接法（Neighbor-Joining，NJ），重复 1000 次，构建的进化树。有的进化枝上的数值相较其他大部分数值比较低，但这在前人的研究中也出现过。由图 3-1 可以看出

图3-2 辣椒TCP转录因子家族多重序列比对Fig. 3-2 Multialignment of pepper TCP sequences3.3 辣椒 CaTCP 家族系统进化及基因结构分析为了进一步了解辣椒 CaTCP 基因的进化关系，通过对其 cDNA 序列以及对应的DNA 序列进行比对，利用 GSDS 程序（GuoAY et al. 2007; Gene Structure Display Server:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/）对每个辣椒 CaTCP 基因的外显子/内含子结构进行分析研究（图 3-3）。图 3-3a 即辣椒 TCP 基因家族进化树，如图我们可以看到，30 个辣椒 CaTCP 基因可分为 11 个亚族（GroupA，GroupB, GroupC, GroupD, GroupE, GroupF, GroupG, GroupH,GroupI, GroupJ 和 Group K），这 11 个亚族又可分为 class I 和 class II 两个亚家族，其中位于 class II 类亚家族中的 Group A，GroupB 和 GroupC 属于 CIN 进化枝

对辣椒 30 个 CaTCP 的蛋白序列进行了进化树分析（图 3-3a）。如图3-3 可以看出，大部分位于同一亚家族的辣椒 CaTCP 基因拥有相似的外显子/内含子分布结构（外显子长度和内含子数量）。例如，在 GroupA（CaTCP11，CaTCP27，CaTCP2和 CaTCP5）、Group B（CaTCP29 和 CaTCP30）、Group C（CaTCP4，CaTCP23，CaTCP17，CaTCP18 和 CaTCP21）、Group D（CaTCP14
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本文编号：2836949