菊属、亚菊属叶绿体DNA的基因组结构与进化分析

发布时间：2020-12-18 01:01

　　菊花（Chrysanthemum morifolium Ramat.）原产中国,是中国十大名花之一,有着悠久的栽植历史,并且在中国诗词文化和花卉产业中具有非常重要的地位。菊花所在的春黄菊族具有丰富多样性,其近缘种具有许多优良的性状,对这些物种亲缘关系进行研究,可以为育种奠定基础和提供理论指导。伴随高通量测序技术飞速发展,可以快速、低成本地得到基因组数据。考虑到叶绿体本身的保守性、基因组小等特点。本研究旨在获得部分菊属和亚菊属植物叶绿体基因组的DNA序列,对序列进行结构分析,以研究其进化演变,并为菊属和亚菊属的准确分类提供理论依据。主要的结论如下:1.比较了三种方法提取叶绿体DNA效果,得到比较有效、快速的方法,即用常规叶绿体DNA提取法提取叶绿体,再用试剂盒提取叶绿体DNA,成功提取了十个菊属和亚菊属的叶绿体DNA。2.将得到的菊属、亚菊属叶绿体DNA测序组装后,分别进行结构分析,结果发现菊属、亚菊属之间不同物种的差异很小。通过基因组大小比对发现,菊属、亚菊属的叶绿体基因组长度十分相似,都在151,000bp左右,这些物种全部含有相同的一套编码基因,包括113个基因,其中有17个基因是... 

【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：82 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１－１叶绿体逆行信号传导的过程（Ｃｈａｎ?ｅｔａｌ．，２０１６）??Ｆｉｇ．１－１?Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ?ｒｅｔｒｏｇｒａｄｅ?ｓｉｇｎａｌｉｎｇ．??质体和细?

１００?ｔ?；；；；：ｉ｜Ｉ：；／：．：／；；：７＾?；＇：??图２－２试剂盒法检测结果??Ｆｉｇ．?２－２?Ｔｅｓｔ?ｒｅｓｕｌｔｓ?ｏｆ?ｃｐＤＮＡ?ｉｓｏｌａｔｉｏｎ?ｋｉｔ．??ＭＩＡ－Ｈｉｎｄｌｌｌｄｉｇｅｓｔ?（Ｔａｋａｒａ）?；?Ｉ．异色菊；２．菊花脑；３．大岛野路菊；４．甘菊；５．萨摩野菊；６．多花亚菊；??７．纪伊潮菊；８．矶菊；９．盐菊；１０．足揩野路菊；Ｍ２．?Ｄ２０００?（Ｔｉａｎｇｅｎ）??（２）

＾?一纯化叶绿体细胞??洗涤叶绿体悬液?—??图２－１常规菊科叶绿体ＤＮＡ提取步骤??Ｆｉｇ．?２－１?Ｇｅｎｅｒａｌ?ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ?ｆｏｒ?ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ?ＤＮＡ?ｏｆ?ｔｈｅ?Ａｓｔｅｒａｃｅａｅ??１．４叶绿体ＤＮＡ质量检测??取ｌｊｉｌ的叶绿体ＤＮＡ，用２％浓度的琼脂糖凝胶电泳，在紫外光下进行检测。??２结果与分析??２．１叶绿体ＤＮＡ质量检测结果??（１）试剂盒法：经过初步跑胶检测后，发现菊花脑、大岛野路菊、多花亚菊、萨??摩野菊的条带较亮，但是其他材料的条带都不太理想，有降解现象（图２－２）。因此??只将菊花脑、大岛野路菊、多花亚菊、萨摩野菊送测，后续测序步骤由恒创基因有限??公司完成。此方法成功提取了菊花脑、萨摩野菊、多花亚菊的叶绿体ＤＮＡ。为了解??决这一现象，在参考杰美公司其他试剂盒后，我们决定使用改良试剂盒法，即使用??ＧＥＮＭＥＤ高多糖／酷植物组织叶绿体ＤＮＡ萃取试剂盒，并在后期提取实验中，严格??要求避光、快速，使得叶绿体降解不严重。??１４??


本文编号：2923043