中国野生黑木耳遗传多样性及全基因组信息分析
发布时间：2020-12-29 17:06
黑木耳 Auricularia heimuer F.Wu,B.K.Cui&Y.C.Dai,作为我国重要的食用菌之一,因其含有多种药理活性的天然化合物,深受人们的喜爱。而中国作为世界上栽培黑木耳产量最大的国家,对全国范围的黑木耳野生种质资源进行遗传多样性及遗传结构的评价,是资源保护和品种选育的基础。此外,过去对黑木耳的其它研究多集中于栽培育种和营养成分的提取等方面,对黑木耳的基因组研究较少,因此开展黑木耳的全基因组测序及分析,初步解析黑木耳的基因功能,为后续深入开展黑木耳的代谢途径及调控机制研究具有重要意义。本研究分析了全国范围的4个野生黑木耳群体共1 18个样本的ITS序列和IGS1序列,从DNA序列水平上解析了其遗传多样性及遗传结构,并对标本Dai 13782的单孢菌株进行了全基因组测序及分析。研究结果如下:(1)基于ITS和IGS1序列分析了黑木耳的遗传多样性,结果显示ITS序列全长530 bp,含6个变异位点,共产生17种单倍型(Hd为0.8579,Pi为0.0043);IGS1序列全长818 bp,含12个变异位点,共产生32种单倍型(Hd为0.9148,Pi为0.00...
【文章来源】：北京林业大学北京市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：122 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图２－１黑木耳ＩＴＳ单倍型的地理分布??
Ｓｏｔｕｈｗｅｓｔ?Ｃｈｉｎａ??Ｈａｐ?３??图２－３基于ｒｒｓ序列的黑木耳单倍型关系图??注圆的大小代表不同单倍型出现的频率，图例中不同颜色分别代表黑木耳的４个群体．??Ｆｉｇ．?２－３?Ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ?ｎｅｔｗｏｒｋ?ｏｆ?Ａｕｒｉｃｕｌａｒｉａ?ｈｅｉｍｕｅｒ?ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ?ｂａｓｅｄ?ｏｎ?ＩＴＳ?ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ?
长度小于１０００?ｂｐ的Ｓｕｂｒｅａｄｓ。??３．２．５?Ｈｉｓｅｑ?＋?Ｐａｃｂｉｏ数据的耳关合组装??基因组的组装，通常要多个步骤，组装分析流程见图３－２。??用短序列组装软件ＳＯＡＰｄｅｎｏｖｏ?１．０５?（Ｌｉｅｔａｌ．?２００８，?２０１０）组装Ｈｉｓｅｑ的干净数??据，其中参数Ｋ值设置为６５时，组装效果最好，而后将Ｒｅａｄｓ与组装获得的Ｃｏｎｔｉｇ??进行比对，再根据其与Ｐａｉｒｅｄ－ｅｎｄ和Ｏｖｅｒｌａｐ的相互关系，对组装的结果进行优化。??使用ＳＭＲＴ?Ａｎａｌｙｓｉｓ?Ｖ２．３．０流程对Ｐａｃｂｉｏ数据进行Ｃｏｎｔｉｇ组装，再用软件ＧＡＴＫ对??其结果进行单碱基纠正，参数设置为Ｄｅｐｔｈ彡２０，Ｑｕａｌｉｔｙ彡６０；利用Ｈｉｓｅｑ大片??段文库数据使用Ｓｓｐａｃｅ软件构建Ｓｃａｆｆｏｌｄ；使用ＫＧＦ对所有Ｈｉｓｅｑ数据进行补洞；??利用Ｐａｃｂｉｏ数据使用ＰＢＳｕｉｔｅ?１４．９．９进行补洞；最后获得Ｈｉｓｅｑ?＋?Ｐａｃｂｉｏ联合组装的??数据。??４４??
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于ISSR、SCoT、SRAP标记的川续断属药用植物亲缘关系研究[J]. 陈大霞,张雪,王钰,潘媛,李隆云,易思荣,张泽. 中草药. 2018(04)
[2]观赏石榴种质资源遗传多样性的ISSR分析[J]. 王庆军,马丽,郝兆祥,罗华,毕润霞,赵丽娜,侯乐峰. 浙江农业学报. 2018(02)
[3]基于ITS序列的中国樱桃、欧洲甜樱桃和毛樱桃种内遗传多样性及种间关系分析[J]. 王浩,黄智林,陈涛,张静,王燕,陈清,汤浩茹,王小蓉. 园艺学报. 2018(01)
[4]基于ITS序列的银柴胡种质资源遗传多样性研究[J]. 孟祥善,代晓华,刘萍,米美多. 中药材. 2018(01)
[5]醇浓度对黑木耳醇提物收率及三种活性成分含量的影响[J]. 孔祥辉,丛鹏,韩冰,梁霆,马银鹏,张介驰,于德水,陈鹤,王笑庸,陈静宇. 食用菌. 2018(01)
[6]金针菇菌株遗传多样性的RAPD分析[J]. 李红,李超,张敏. 江苏农业科学. 2018(01)
[7]榆黄菇遗传多样性的ISSR和SRAP综合分析[J]. 武海月,赵爽,刘宇,李华敏,宋爽,牛玉蓉,荣成博. 生物技术通报. 2018(04)
[8]SRAP法鉴定黑木耳菌种真实性[J]. 姚方杰,鲁丽鑫,王鹏,张友民,姚允武,李宏月. 北方园艺. 2017(24)
[9]分子标记技术在杏鲍菇中的应用[J]. 苏文英,杨和川,谭一罗,秦裕营,马腾,周振玲,浦汉春. 北方农业学报. 2017(06)
[10]基于ISSR-PCR对山东玉米多堆柄锈菌遗传多样性的研究及其初侵染菌源的推测[J]. 鄢洪海,王琰,张茹琴,夏淑春,王志奎,宋希云. 菌物学报. 2018(02)
博士论文
[1]冬虫夏草居群谱系地理与适生区分布研究[D]. 袁峰.云南大学 2015
[2]中国栓孔菌属及近缘属的分类与系统发育研究[D]. 李海蛟.北京林业大学 2013
[3]中国木耳栽培种质资源的遗传多样性研究[D]. 李黎.华中农业大学 2011
[4]中国野生毛木耳遗传多样性研究[D]. 杜萍.北京林业大学 2011
[5]基于不同分子标记的黑龙江省野生黑木耳遗传多样性分析[D]. 刘华晶.东北林业大学 2011
[6]黑木耳多糖的分离制备及生物活性研究[D]. 宋广磊.浙江工商大学 2011
硕士论文
[1]花脸香蘑JZ01菌株分子生物学鉴定及其发酵液抗菌活性研究[D]. 张丽丽.吉林大学 2017
[2]利用ISSR及SRAP分子标记研究菜用大黄与药用大黄的亲缘关系[D]. 邵珠田.河南科技学院 2017
[3]木耳主要活性成分生物合成的初步研究[D]. 武志超.温州大学 2017
[4]ISSR分子标记技术在桑黄、黑木耳遗传分析上的应用研究[D]. 叶海丹.浙江农林大学 2017
[5]秦巴山区黑木耳种质资源遗传多样性及液体发酵条件的研究[D]. 钱雪婷.陕西理工学院 2016
[6]鸡MDA5、LGP2基因编码区的中性选择分析与遗传分化分析[D]. 刘怡然.华南农业大学 2016
[7]云南牛肝菌的分子鉴定及其多糖抗氧化性研究[D]. 岳万松.云南民族大学 2015
[8]SRAP标记和SCAR标记在黑木耳栽培菌株分类鉴定中的应用[D]. 李媛媛.吉林农业大学 2013
[9]桦褐孔菌菌株遗传多样性的ISSR分析[D]. 闫可.延边大学 2012
[10]黑木耳多糖药理活性研究[D]. 张文婷.吉林农业大学 2012
本文编号：2945979
【文章来源】：北京林业大学北京市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：122 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图２－１黑木耳ＩＴＳ单倍型的地理分布??
Ｓｏｔｕｈｗｅｓｔ?Ｃｈｉｎａ??Ｈａｐ?３??图２－３基于ｒｒｓ序列的黑木耳单倍型关系图??注圆的大小代表不同单倍型出现的频率，图例中不同颜色分别代表黑木耳的４个群体．??Ｆｉｇ．?２－３?Ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ?ｎｅｔｗｏｒｋ?ｏｆ?Ａｕｒｉｃｕｌａｒｉａ?ｈｅｉｍｕｅｒ?ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ?ｂａｓｅｄ?ｏｎ?ＩＴＳ?ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ?
长度小于１０００?ｂｐ的Ｓｕｂｒｅａｄｓ。??３．２．５?Ｈｉｓｅｑ?＋?Ｐａｃｂｉｏ数据的耳关合组装??基因组的组装，通常要多个步骤，组装分析流程见图３－２。??用短序列组装软件ＳＯＡＰｄｅｎｏｖｏ?１．０５?（Ｌｉｅｔａｌ．?２００８，?２０１０）组装Ｈｉｓｅｑ的干净数??据，其中参数Ｋ值设置为６５时，组装效果最好，而后将Ｒｅａｄｓ与组装获得的Ｃｏｎｔｉｇ??进行比对，再根据其与Ｐａｉｒｅｄ－ｅｎｄ和Ｏｖｅｒｌａｐ的相互关系，对组装的结果进行优化。??使用ＳＭＲＴ?Ａｎａｌｙｓｉｓ?Ｖ２．３．０流程对Ｐａｃｂｉｏ数据进行Ｃｏｎｔｉｇ组装，再用软件ＧＡＴＫ对??其结果进行单碱基纠正，参数设置为Ｄｅｐｔｈ彡２０，Ｑｕａｌｉｔｙ彡６０；利用Ｈｉｓｅｑ大片??段文库数据使用Ｓｓｐａｃｅ软件构建Ｓｃａｆｆｏｌｄ；使用ＫＧＦ对所有Ｈｉｓｅｑ数据进行补洞；??利用Ｐａｃｂｉｏ数据使用ＰＢＳｕｉｔｅ?１４．９．９进行补洞；最后获得Ｈｉｓｅｑ?＋?Ｐａｃｂｉｏ联合组装的??数据。??４４??
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于ISSR、SCoT、SRAP标记的川续断属药用植物亲缘关系研究[J]. 陈大霞,张雪,王钰,潘媛,李隆云,易思荣,张泽. 中草药. 2018(04)
[2]观赏石榴种质资源遗传多样性的ISSR分析[J]. 王庆军,马丽,郝兆祥,罗华,毕润霞,赵丽娜,侯乐峰. 浙江农业学报. 2018(02)
[3]基于ITS序列的中国樱桃、欧洲甜樱桃和毛樱桃种内遗传多样性及种间关系分析[J]. 王浩,黄智林,陈涛,张静,王燕,陈清,汤浩茹,王小蓉. 园艺学报. 2018(01)
[4]基于ITS序列的银柴胡种质资源遗传多样性研究[J]. 孟祥善,代晓华,刘萍,米美多. 中药材. 2018(01)
[5]醇浓度对黑木耳醇提物收率及三种活性成分含量的影响[J]. 孔祥辉,丛鹏,韩冰,梁霆,马银鹏,张介驰,于德水,陈鹤,王笑庸,陈静宇. 食用菌. 2018(01)
[6]金针菇菌株遗传多样性的RAPD分析[J]. 李红,李超,张敏. 江苏农业科学. 2018(01)
[7]榆黄菇遗传多样性的ISSR和SRAP综合分析[J]. 武海月,赵爽,刘宇,李华敏,宋爽,牛玉蓉,荣成博. 生物技术通报. 2018(04)
[8]SRAP法鉴定黑木耳菌种真实性[J]. 姚方杰,鲁丽鑫,王鹏,张友民,姚允武,李宏月. 北方园艺. 2017(24)
[9]分子标记技术在杏鲍菇中的应用[J]. 苏文英,杨和川,谭一罗,秦裕营,马腾,周振玲,浦汉春. 北方农业学报. 2017(06)
[10]基于ISSR-PCR对山东玉米多堆柄锈菌遗传多样性的研究及其初侵染菌源的推测[J]. 鄢洪海,王琰,张茹琴,夏淑春,王志奎,宋希云. 菌物学报. 2018(02)
博士论文
[1]冬虫夏草居群谱系地理与适生区分布研究[D]. 袁峰.云南大学 2015
[2]中国栓孔菌属及近缘属的分类与系统发育研究[D]. 李海蛟.北京林业大学 2013
[3]中国木耳栽培种质资源的遗传多样性研究[D]. 李黎.华中农业大学 2011
[4]中国野生毛木耳遗传多样性研究[D]. 杜萍.北京林业大学 2011
[5]基于不同分子标记的黑龙江省野生黑木耳遗传多样性分析[D]. 刘华晶.东北林业大学 2011
[6]黑木耳多糖的分离制备及生物活性研究[D]. 宋广磊.浙江工商大学 2011
硕士论文
[1]花脸香蘑JZ01菌株分子生物学鉴定及其发酵液抗菌活性研究[D]. 张丽丽.吉林大学 2017
[2]利用ISSR及SRAP分子标记研究菜用大黄与药用大黄的亲缘关系[D]. 邵珠田.河南科技学院 2017
[3]木耳主要活性成分生物合成的初步研究[D]. 武志超.温州大学 2017
[4]ISSR分子标记技术在桑黄、黑木耳遗传分析上的应用研究[D]. 叶海丹.浙江农林大学 2017
[5]秦巴山区黑木耳种质资源遗传多样性及液体发酵条件的研究[D]. 钱雪婷.陕西理工学院 2016
[6]鸡MDA5、LGP2基因编码区的中性选择分析与遗传分化分析[D]. 刘怡然.华南农业大学 2016
[7]云南牛肝菌的分子鉴定及其多糖抗氧化性研究[D]. 岳万松.云南民族大学 2015
[8]SRAP标记和SCAR标记在黑木耳栽培菌株分类鉴定中的应用[D]. 李媛媛.吉林农业大学 2013
[9]桦褐孔菌菌株遗传多样性的ISSR分析[D]. 闫可.延边大学 2012
[10]黑木耳多糖药理活性研究[D]. 张文婷.吉林农业大学 2012
本文编号：2945979
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/yylw/2945979.html
