基于matK基因和ITS序列的江苏地方豆类植物的亲缘关系分析
发布时间：2021-01-12 05:33
近年来,江苏省选育了许多地方豆类品种,其中包括菜豆等食用豆类,它们是重要的蔬菜来源。但是这些品种大多由不同科研单位在不同年份选育而成,而且命名缺乏系统规范性,这就导致各个地方品种相互之间的亲缘关系不明确。为了探究江苏地方豆类植物之间的亲缘关系,本研究选取常用的DNA条形码叶绿体基因组maatK基因与核基因组ITS序列作为目标序列,从分子水平上对14种豆科植物进行了深入分析,以鉴定不同豆类之间的亲缘关系,旨在为后续豆类植物的种质创新和遗传改良提供理论依据。主要研究结果如下:1 matK基因和ITS序列序列分析结果14种豆类材料与GenBank数据库中的大豆（Glycine max）、菜豆（Phaseolus vulgaris）、红小豆（Vignaangularis）、绿豆（Vignaradiata）4种其他品种的豆类的martK基因和ITS序列比对分析结果表明,18种豆科材料的matK基因序列比对后长度为750 bp,其中变异位点数为85,信息位点数为82。ITS序列比对后长度为795 bp,其中变异位点数为260,信息位点数为242。通过SNP和INDEL位点分析可知,苏长粒饭豆与红小...
【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：104 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－３?ＩＴＳ序列的结构图??
ＩＴＳ１?ＩＴＳ２??图１－３?ＩＴＳ序列的结构图??Ｆｉｇ?１－３?Ｔｈｅ?ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ?ｏｆ?ＩＴＳ?ｓｅｑｕｅｎｃｅ??２．４．２?ＩＴＳ序列的研究进展??Ｂａｌｄｗｉｎ于１９９３年首次把ＩＴＳ序列应用于植物系统发育研宄［７３】，２００５年Ｋｒｅｓｓ??等人首次将ＩＴＳ序列视为植物ＤＮＡ条形码的候选片段［３７］，ＩＴＳ序列己经逐渐成为系??统发育研宄中最受欢迎的序列之一［７３］。ＩＴＳ序列在兰科植物的鉴定方面得到了广泛的??应用。黄明忠等人利用ＩＴＳ序列作为ＤＮＡ条形码，成功用于鉴定海南野生兰科植物。??Ｃｏｘ等人用核糖体ＤＮＡ?ＩＴＳ序列作为ＤＮＡ条形码，对５个不同兰属的１５０－１７０个种??之间进行了亲缘关系的鉴定，其鉴定结果与传统分类基本一致［７４］。此外，ＩＴＳ序列在??分析药用植物亲缘关系方面也具有很高的可靠性ＤＢａｒａｋｅｔＧｈａｄａ等人的研究证明核基??因的ＩＴＳ序列可用于无花果的遗传多样性分析【７５］。薛华杰等人采用ＩＴＳ序列ＰＣＲ直??接测序的方法，成功对东亚地区当归属Ａｎｇｅｌｉｃａ?ｓ．ｓ及其近缘７个属４０个种的代表植??物进行了亲缘关系的分析１７６］。李骁等人对８种野豌豆属的药用植物核糖体ＤＮＡ的ＩＴＳ??序列进行了分析
３结果与分析??３．１?ＤＮＡ提取??１４种豆类样品经过ＤＮＡ提取（图２－１）后得到清晰的片段，说明ＤＮＡ提取的效??果较好，可以用于下一步的实验。??１?２?３?４?５?６?７?８?９?１０?Ｈ?１２?１３?１４??图２－１本实验室收集的１４种豆类植物ＤＮＡ提取电泳图??Ｆｉｇ?２－１?Ａｇａｒｏｓｅ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?１４?ｌｅｇｕｍｅｓ?ｃｏｌｌｅｃｔｅｄ?ｂｙ?ｏｕｒ?ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ??图中编号同表１。??Ｔｈｅ?ｎｕｍｂｅｒ?ｉｓ?ｔｈｅ?ｓａｍｅ?ａｓ?ｔｈｅ?ｃｏｄｅ?ｉｎ?Ｔａｂｌｅ?１．??表２４本实验室收集的１４种豆类植物ＤＮＡ提取纯度和浓度???Ｔａｂｃｌ?２－４?Ｔｈｅ?ｐｕｒｉｔｙ?ａｎｄ?ｃｏｎｃｅｎｔｒａｃｔｉｏｎ?ｏｆ?１４?ｌｅｇｕｍｅｓ?ｃｏｌｌｅｃｔｅｄ?ｂｙ?ｏｕｒ?ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ??编号?ＯＤ值?ＤＮＡ浓度（ｉｇ／ｐＬ???Ｎｏ．?Ａ２６０／２８Ｑ?ＤＮＡ?ｃｏｎｃｅｎｔｒａｃｔｉｏｎ?叫／ｐＬ??１?１．８８?１
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于matK序列对白头翁及其伪品的鉴别[J]. 赵月梅,陈硕. 陕西农业科学. 2017(01)
[2]滇产糙苏属3种药用植物的ITS及matK分子鉴别[J]. 符德欢,朱高倩,蒲星宇,王丽,周培军,戚育芳,李学芳. 中药材. 2016(07)
[3]大豆共生固氮在农业减肥增效中的贡献及应用潜力[J]. 李欣欣,许锐能,廖红. 大豆科学. 2016(04)
[4]豆科六种牧草DNA条形码鉴定技术研究[J]. 李永青,赵生国,焦婷. 分子植物育种. 2017(01)
[5]马蓝与路边青的matK序列差异与分子鉴定方法分析[J]. 魏艺聪,陈建雄,黄泽豪,卢伟,梁一池. 中国民族民间医药. 2016(12)
[6]四个大豆栽培种的花序转录组分析[J]. 张驰,高振蕊,董友魁,崔敏龙. 生态学杂志. 2015(12)
[7]野豌豆属蒙药药用植物的rDNA-ITS序列分析[J]. 李骁,赵龙,王佩,鞠爱华. 中草药. 2015(12)
[8]大豆转录组测序研究进展综述[J]. 刘佳伟,姚丹,赵东海,石放放. 安徽农学通报. 2015(08)
[9]基于基因组数据库的杂草稻叶绿体分子标记开发[J]. 朱国忠,戴伟民,陈晓锋,张晶旭,强胜. 南京农业大学学报. 2015(02)
[10]DNA条形码技术的应用研究[J]. 李超,王正亮,杨倩倩,俞晓平. 中国计量学院学报. 2014(03)
博士论文
[1]丹参的叶绿体和线粒体基因组研究[D]. 钱俊.北京协和医学院 2014
[2]大豆根瘤固氮特性与影响因素的研究[D]. 姚玉波.东北农业大学 2012
[3]利用DNA条形码技术鉴定药用双子叶植物[D]. 高婷.中国协和医科大学 2010
硕士论文
[1]基于matK序列的核桃品种的亲缘关系的研究[D]. 梅霞.山西农业大学 2013
[2]ITS，rbcL和matK序列作为中药鸡骨草条形码的研究[D]. 王晓明.遵义医学院 2013
[3]基于matK基因和ITS序列的海南野生兰科植物DNA条形码探讨[D]. 黄明忠.海南大学 2010
本文编号：2972253
【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：104 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－３?ＩＴＳ序列的结构图??
ＩＴＳ１?ＩＴＳ２??图１－３?ＩＴＳ序列的结构图??Ｆｉｇ?１－３?Ｔｈｅ?ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ?ｏｆ?ＩＴＳ?ｓｅｑｕｅｎｃｅ??２．４．２?ＩＴＳ序列的研究进展??Ｂａｌｄｗｉｎ于１９９３年首次把ＩＴＳ序列应用于植物系统发育研宄［７３】，２００５年Ｋｒｅｓｓ??等人首次将ＩＴＳ序列视为植物ＤＮＡ条形码的候选片段［３７］，ＩＴＳ序列己经逐渐成为系??统发育研宄中最受欢迎的序列之一［７３］。ＩＴＳ序列在兰科植物的鉴定方面得到了广泛的??应用。黄明忠等人利用ＩＴＳ序列作为ＤＮＡ条形码，成功用于鉴定海南野生兰科植物。??Ｃｏｘ等人用核糖体ＤＮＡ?ＩＴＳ序列作为ＤＮＡ条形码，对５个不同兰属的１５０－１７０个种??之间进行了亲缘关系的鉴定，其鉴定结果与传统分类基本一致［７４］。此外，ＩＴＳ序列在??分析药用植物亲缘关系方面也具有很高的可靠性ＤＢａｒａｋｅｔＧｈａｄａ等人的研究证明核基??因的ＩＴＳ序列可用于无花果的遗传多样性分析【７５］。薛华杰等人采用ＩＴＳ序列ＰＣＲ直??接测序的方法，成功对东亚地区当归属Ａｎｇｅｌｉｃａ?ｓ．ｓ及其近缘７个属４０个种的代表植??物进行了亲缘关系的分析１７６］。李骁等人对８种野豌豆属的药用植物核糖体ＤＮＡ的ＩＴＳ??序列进行了分析
３结果与分析??３．１?ＤＮＡ提取??１４种豆类样品经过ＤＮＡ提取（图２－１）后得到清晰的片段，说明ＤＮＡ提取的效??果较好，可以用于下一步的实验。??１?２?３?４?５?６?７?８?９?１０?Ｈ?１２?１３?１４??图２－１本实验室收集的１４种豆类植物ＤＮＡ提取电泳图??Ｆｉｇ?２－１?Ａｇａｒｏｓｅ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?１４?ｌｅｇｕｍｅｓ?ｃｏｌｌｅｃｔｅｄ?ｂｙ?ｏｕｒ?ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ??图中编号同表１。??Ｔｈｅ?ｎｕｍｂｅｒ?ｉｓ?ｔｈｅ?ｓａｍｅ?ａｓ?ｔｈｅ?ｃｏｄｅ?ｉｎ?Ｔａｂｌｅ?１．??表２４本实验室收集的１４种豆类植物ＤＮＡ提取纯度和浓度???Ｔａｂｃｌ?２－４?Ｔｈｅ?ｐｕｒｉｔｙ?ａｎｄ?ｃｏｎｃｅｎｔｒａｃｔｉｏｎ?ｏｆ?１４?ｌｅｇｕｍｅｓ?ｃｏｌｌｅｃｔｅｄ?ｂｙ?ｏｕｒ?ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ??编号?ＯＤ值?ＤＮＡ浓度（ｉｇ／ｐＬ???Ｎｏ．?Ａ２６０／２８Ｑ?ＤＮＡ?ｃｏｎｃｅｎｔｒａｃｔｉｏｎ?叫／ｐＬ??１?１．８８?１
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于matK序列对白头翁及其伪品的鉴别[J]. 赵月梅,陈硕. 陕西农业科学. 2017(01)
[2]滇产糙苏属3种药用植物的ITS及matK分子鉴别[J]. 符德欢,朱高倩,蒲星宇,王丽,周培军,戚育芳,李学芳. 中药材. 2016(07)
[3]大豆共生固氮在农业减肥增效中的贡献及应用潜力[J]. 李欣欣,许锐能,廖红. 大豆科学. 2016(04)
[4]豆科六种牧草DNA条形码鉴定技术研究[J]. 李永青,赵生国,焦婷. 分子植物育种. 2017(01)
[5]马蓝与路边青的matK序列差异与分子鉴定方法分析[J]. 魏艺聪,陈建雄,黄泽豪,卢伟,梁一池. 中国民族民间医药. 2016(12)
[6]四个大豆栽培种的花序转录组分析[J]. 张驰,高振蕊,董友魁,崔敏龙. 生态学杂志. 2015(12)
[7]野豌豆属蒙药药用植物的rDNA-ITS序列分析[J]. 李骁,赵龙,王佩,鞠爱华. 中草药. 2015(12)
[8]大豆转录组测序研究进展综述[J]. 刘佳伟,姚丹,赵东海,石放放. 安徽农学通报. 2015(08)
[9]基于基因组数据库的杂草稻叶绿体分子标记开发[J]. 朱国忠,戴伟民,陈晓锋,张晶旭,强胜. 南京农业大学学报. 2015(02)
[10]DNA条形码技术的应用研究[J]. 李超,王正亮,杨倩倩,俞晓平. 中国计量学院学报. 2014(03)
博士论文
[1]丹参的叶绿体和线粒体基因组研究[D]. 钱俊.北京协和医学院 2014
[2]大豆根瘤固氮特性与影响因素的研究[D]. 姚玉波.东北农业大学 2012
[3]利用DNA条形码技术鉴定药用双子叶植物[D]. 高婷.中国协和医科大学 2010
硕士论文
[1]基于matK序列的核桃品种的亲缘关系的研究[D]. 梅霞.山西农业大学 2013
[2]ITS，rbcL和matK序列作为中药鸡骨草条形码的研究[D]. 王晓明.遵义医学院 2013
[3]基于matK基因和ITS序列的海南野生兰科植物DNA条形码探讨[D]. 黄明忠.海南大学 2010
本文编号：2972253
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