柑橘砧穗间交流mRNA的鉴定
发布时间：2021-01-14 02:21
栽培柑橘由接穗与砧木嫁接而成,接穗和砧木的相互作用影响柑橘的园艺性状、生理活动和抗逆性等,尽管有关柑橘砧穗互作的研究国内外已有报道,但在分子层面的互作研究非常缺乏。前人研究表明园艺作物砧穗间普遍存在mRNA交流现象,但柑橘上是否也存在交流mRNA尚不清楚。本研究以柑橘品种红夏橙（Citrus sinensis Osbeck）和常用砧木枳（Poncirus trifoliata L.Raf）为材料构建异源嫁接组合,通过基于转录组的单核苷酸多态性分析,初步鉴定了可在柑橘砧穗间交流的mRNA并探讨了其可能的作用,为深入研究柑橘砧穗互作机制提供了理论基础。本论文主要研究结果如下:1.构建了红夏橙/枳和枳/枳两种砧穗嫁接组合,分别对两种嫁接组合的接穗和砧木以及砧穗交界面取样进行转录组测序。以本研究获得的18个转录组数据以及前人发布的17个红夏橙转录组数据为基础,通过比对分析获得这两个材料的特征性SNP位点254580个。在红夏橙/枳异源嫁接组合中若接穗某mRNA拥有来自砧木的特征性SNP位点,则该mRNA可能由砧木转移至接穗,同理可检测由接穗转移至砧木的mRNA。结果筛选得到30个从红夏橙转移到...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图5：两种柑橘嫁接组合
统的 BWA（Burrows Wheeler Alig）等生物序列对比工具鉴定 SNP 和候选 mRNA 有必要做生物学实验PS 标记的 8 个从红夏橙转移至枳的夏橙和枳中的 CDS 序列进行 PCR 有的 SNPs 位点。在每个候选基因物的设计，然后将 SNP 位点转化为物时在红夏橙序列中引入了酶切位橙序列的条带即可通过酶切得到两现两条带的现象，即可说明该 m经酶切验证后红夏橙/枳嫁接组合相同且均为单一条带，说明条带切结果。可能是由于样品中交流的A 的酶切位点，导致 SNP 位点均未M 1 2 3
图 7：5 个候选基因在红夏橙和枳间的 SNPs 位点注：白色间隙为 SNPs 位点，SNP 位点相连个数越多白色间隙越长。Fig. 7 The SNPs of five candidate genes between Citrus sinensis and Poncirus trifoliata.Note: The white gaps are SNPs site, the more SNP sites are connected, the longer thewhite gap is.图8：Cs2g02150.1和Cs5g20420.1在特征性SNP位点处出现重叠峰Fig. 8 The overlapping peak of the diagnostic SNP in Cs2g02150.1 and Cs5g20420.1G/ACs2g02150.1A/GCs5g20420.1
【参考文献】：
期刊论文
[1]果树砧穗互作研究进展[J]. 何文,潘鹤立,潘腾飞,汤浩茹,王小蓉,潘东明. 园艺学报. 2017(09)
[2]硼利用效率不同的柑橘砧木光合性能差异研究[J]. 卢晓佩,姜存仓,董肖昌,吴秀文,闫磊. 植物营养与肥料学报. 2017(02)
[3]UGT75B1、UGT71B6、UGT71C5酶活性及酶反应动力学分析[J]. 岑咏一,刘震,李旭锋,杨毅. 四川大学学报(自然科学版). 2016(01)
[4]基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化（英文）[J]. 赵磊,Zachary LARSON-RABIN,陈斯云,郭振华. 植物分类与资源学报. 2012(05)
[5]梨NAC结构域蛋白基因克隆与mRNA嫁接传递性研究[J]. 宫磊,张文娜,徐海燕,杨玉艳,胡建芳,李天忠. 中国农业科学. 2010(11)
[6]白藜芦醇的研究进展[J]. 韩晶晶,刘炜,毕玉平. 生物工程学报. 2008(11)
[7]柑桔接穗对砧木生长及若干生理生化特性的影响[J]. 周开兵,郭文武,夏仁学,胡利明,黄仁华. 亚热带植物科学. 2005(03)
[8]不同砧木对脐橙幼树生长和叶片养分含量变化的影响[J]. 周开兵,郭文武,夏仁学,王贵元,沈婷. 植物营养与肥料学报. 2004(06)
[9]2种基砧的锦橙树高接华红脐橙的栽培表现和某些生理生化指标的差异[J]. 周开兵,夏仁学,马钢旗. 华中农业大学学报. 2004(04)
[10]高接在不同基砧的锦橙上的华红脐橙的栽培表现及矿质营养含量年变化[J]. 周开兵,夏仁学,王贵元,吴强盛. 植物营养与肥料学报. 2004(02)
博士论文
[1]柑橘全基因组DNA甲基化分析及调控作用研究[D]. 徐记迪.华中农业大学 2015
[2]梨WoxT1 mRNA韧皮部远距离传递机理研究[D]. 段续伟.中国农业大学 2015
硕士论文
[1]利用转录组分析研究柑橘砧穗间mRNA的移动[D]. 陈发毅.华中农业大学 2017
[2]基于第二代测序技术中国大肠癌病例APC基因单核苷酸多态性分析[D]. 陈启昀.浙江大学 2011
本文编号：2976016
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图5：两种柑橘嫁接组合
统的 BWA（Burrows Wheeler Alig）等生物序列对比工具鉴定 SNP 和候选 mRNA 有必要做生物学实验PS 标记的 8 个从红夏橙转移至枳的夏橙和枳中的 CDS 序列进行 PCR 有的 SNPs 位点。在每个候选基因物的设计，然后将 SNP 位点转化为物时在红夏橙序列中引入了酶切位橙序列的条带即可通过酶切得到两现两条带的现象，即可说明该 m经酶切验证后红夏橙/枳嫁接组合相同且均为单一条带，说明条带切结果。可能是由于样品中交流的A 的酶切位点，导致 SNP 位点均未M 1 2 3
图 7：5 个候选基因在红夏橙和枳间的 SNPs 位点注：白色间隙为 SNPs 位点，SNP 位点相连个数越多白色间隙越长。Fig. 7 The SNPs of five candidate genes between Citrus sinensis and Poncirus trifoliata.Note: The white gaps are SNPs site, the more SNP sites are connected, the longer thewhite gap is.图8：Cs2g02150.1和Cs5g20420.1在特征性SNP位点处出现重叠峰Fig. 8 The overlapping peak of the diagnostic SNP in Cs2g02150.1 and Cs5g20420.1G/ACs2g02150.1A/GCs5g20420.1
【参考文献】：
期刊论文
[1]果树砧穗互作研究进展[J]. 何文,潘鹤立,潘腾飞,汤浩茹,王小蓉,潘东明. 园艺学报. 2017(09)
[2]硼利用效率不同的柑橘砧木光合性能差异研究[J]. 卢晓佩,姜存仓,董肖昌,吴秀文,闫磊. 植物营养与肥料学报. 2017(02)
[3]UGT75B1、UGT71B6、UGT71C5酶活性及酶反应动力学分析[J]. 岑咏一,刘震,李旭锋,杨毅. 四川大学学报(自然科学版). 2016(01)
[4]基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化（英文）[J]. 赵磊,Zachary LARSON-RABIN,陈斯云,郭振华. 植物分类与资源学报. 2012(05)
[5]梨NAC结构域蛋白基因克隆与mRNA嫁接传递性研究[J]. 宫磊,张文娜,徐海燕,杨玉艳,胡建芳,李天忠. 中国农业科学. 2010(11)
[6]白藜芦醇的研究进展[J]. 韩晶晶,刘炜,毕玉平. 生物工程学报. 2008(11)
[7]柑桔接穗对砧木生长及若干生理生化特性的影响[J]. 周开兵,郭文武,夏仁学,胡利明,黄仁华. 亚热带植物科学. 2005(03)
[8]不同砧木对脐橙幼树生长和叶片养分含量变化的影响[J]. 周开兵,郭文武,夏仁学,王贵元,沈婷. 植物营养与肥料学报. 2004(06)
[9]2种基砧的锦橙树高接华红脐橙的栽培表现和某些生理生化指标的差异[J]. 周开兵,夏仁学,马钢旗. 华中农业大学学报. 2004(04)
[10]高接在不同基砧的锦橙上的华红脐橙的栽培表现及矿质营养含量年变化[J]. 周开兵,夏仁学,王贵元,吴强盛. 植物营养与肥料学报. 2004(02)
博士论文
[1]柑橘全基因组DNA甲基化分析及调控作用研究[D]. 徐记迪.华中农业大学 2015
[2]梨WoxT1 mRNA韧皮部远距离传递机理研究[D]. 段续伟.中国农业大学 2015
硕士论文
[1]利用转录组分析研究柑橘砧穗间mRNA的移动[D]. 陈发毅.华中农业大学 2017
[2]基于第二代测序技术中国大肠癌病例APC基因单核苷酸多态性分析[D]. 陈启昀.浙江大学 2011
本文编号：2976016
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/yylw/2976016.html
