草菇UBEV2蛋白同源模建筛选其小分子抑制剂

发布时间：2021-02-27 11:26

　　草菇（Volvariella volvacea）具有典型的低温自溶特征,基于草菇低温自溶与一个泛素结合酶E2（ubiquitin-conjugating enzyme, UBE2）高表达及活性相关,采用虚拟筛选法获得潜在的草菇UBEV2抑制剂小分子化合物。结果表明:在2轮虚拟筛选方法得到500个靶中化合物的基础上,综合考虑可与UBEV2上的Thr73、Gly77、Ile78、Phe84、Gly85、Asp86、Tyr87、Asp79形成多个氢键,以及Ile78、Leu83、Phe84、Asp86、His138、Ile141等形成较强的疏水作用,最终人工挑选得到150个小分子化合物,对接打分值区间为6.58～8.06。抗冻实验结果提示筛选的化合物能够减轻低温对草菇的伤害。 

【文章来源】：食用菌学报. 2020,27(04)北大核心

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

虚拟筛选工作流程

依据UBEV2(VVO_00268)蛋白序列经过同源模建序列搜索,得到同源性最高的蛋白是来自人源的泛素结合酶 E2T(UBE2T),同源性是38.27%,UniProtKB数据库登陆号为Q9NPD8。序列比对发现,两个蛋白的同源部分的重叠较少,就无法用UBE2T的晶体结构(PDB号4CCG)来模建UBEV2的全部697个氨基酸的三维结构(图2)。UBE2T还有一个晶体结构5NGZ,其氨基酸序列与4CCG相同,但5NGZ的优势在于存在别构位点抑制剂EM04[12],可在后续的虚拟筛选过程中,为选择抑制剂活性位点提供帮助,即将抑制剂EM04周围的氨基酸定义为别构位点。UBE2T别构位点的氨基酸序列在UBEV2序列中也存在,两者一致度为23.718%,高度保守(图 3)。因此,笔者采用文献[12]报道的UBE2T晶体结构5NGZ模构出UBEV2 蛋白相对应的小分子抑制剂别构位点,则可以基于该别构位点的空间结构信息开展UBEV2蛋白全新小分子抑制剂的虚拟筛选。

UBE2T还有一个晶体结构5NGZ,其氨基酸序列与4CCG相同,但5NGZ的优势在于存在别构位点抑制剂EM04[12],可在后续的虚拟筛选过程中,为选择抑制剂活性位点提供帮助,即将抑制剂EM04周围的氨基酸定义为别构位点。UBE2T别构位点的氨基酸序列在UBEV2序列中也存在,两者一致度为23.718%,高度保守(图 3)。因此,笔者采用文献[12]报道的UBE2T晶体结构5NGZ模构出UBEV2 蛋白相对应的小分子抑制剂别构位点,则可以基于该别构位点的空间结构信息开展UBEV2蛋白全新小分子抑制剂的虚拟筛选。2.2 UBEV2模型评价

【参考文献】：
期刊论文
[1]eEF2K蛋白同源模建及其抑制剂小分子的虚拟筛选研究[J]. 黎玉梅,孔研,于大永,宋昱,唐川,史丽颖.  中国药房. 2019(16)
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[6]草菇保鲜新技术研究及褐变机理初探[J]. 荣瑞芬,叶磊,李丽云.  食品科学. 2009(04)

硕士论文
[1]抗药物依赖功效药效团模型的构建及其虚拟筛选[D]. 刘维国.中央民族大学 2013



本文编号：3054162