果桑SSR分子标记开发与应用
发布时间：2021-03-27 01:34
当前果桑生产上不同品种种源关系较为混乱,传统的技术方法难以进行准确区分。本研究利用桑科EST数据库信息开发引物,了解SSR分布特点,采用Popgene软件分析SSR位点的多态性,且利用基于EST-SSR分子标记人工绘制植物品种鉴别图（MCID）法对33个果桑种质资源进行遗传多样性分析,结果表明:1.在2350条非冗余序列中,总共搜查到965个SSR位点,分布频率为38.14%。在桑树EST-SSR中,二、三核苷酸重复类型占主导地位。其中二核苷酸重复类型的SSR最多,为635个,占全部SSR的65.8%,出现频率为25.1%;其次是三核苷酸重复类型,共有309个,占全部SSR的32.02%,出现频率为12.21%;四核苷酸重复类型共21个,出现频率0.83%,占SSR总数的2.18%。2.从中选取30对并结合文献报道的39对EST-SSR引物,合成69对候选引物,筛选出15对多态性好的引物,共扩增出166个位点,其中多态性位点123个,多态性比率为74.10%,每个引物扩增出的条带在619条之间,平均每对引物扩增出的条带为11.1条,多态性丰富。3.检测了果桑SSR...
【文章来源】：河北农业大学河北省
【文章页数】：47 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
果桑DNA的琼脂糖凝胶电泳图谱
1图 3-2 引物 E3、E5 在 33 个果桑品种间的扩增图谱Figure 3-2Amplication profiles of 33 mulberry variteis with primers E3 and E51.白玉王；2.白果桑；3.白龙桑；4.朝金；5.蛋白桑；6.大 10 ；7.观赏果桑；8.印度桑；9.黑珍珠；10.会泽 7 号；11.红玛瑙；12.红果桑 2；13.九纹龙桑；14.龙桑；15.辽 10 号；16.孟简；17.四季果桑；18.石棉 24 号；19.石棉 3号；20.胜寒；21.台湾四季果桑；22.台 14-1；23.蛋白桑 2 ；24.叶用桑 1；25.叶用桑 2 ；26. 辽桑育 171 号；27意大利桑；28.云南长果桑 29.中桑 5801； 30.10 ；31.长果桑 32.蛋白桑 3 ；33.红果桑 1；M: Marker本试验总共采集到 37 份果桑材料，其中重名品种有四个各 2 份材料，分别为白玉王、长果桑、中桑 5801 和叶用桑 1。利用引物 E3 验证四个品种，这两对引物分别可以把这四个不确定的品种与确定名称的品种区分开，分别是白玉王、叶用桑 1、长果桑、中桑 5801（图 3-3）。
图 3-3 引物 E3 在 8 个同名材料间的扩增图谱e 3-3Amplication profiles of primer E3 among 8 mulberry variteis；2.白玉王（重名）；3.叶用桑 1；4.叶用桑（重名）5.长果桑；68.中桑 5801（重名）传多样性分析e 软件对 SSR 位点进行遗传多样性研究（表 3 33 个果桑材料中扩增出的谱带清晰、多态性好基因（Na），平均每个位点扩增出 8 个等位基平均值为 0.874；He 的变化范围是 0.452-0.926均出现在位点 P61，其次为 E3，最小值出现 可知，等位基因在供试材料中分布相对均匀；性较高。IC 值是衡量 SSR 位点多态性的一个重要指标5<PIC<0.5 时为中度多态性位点，当 PIC>0.5，PIC 的范围为 0.389-0.913，其中引物 P23 的
【参考文献】：
期刊论文
[1]桑树EST-SSR引物开发[J]. 高丽霞. 南方农业学报. 2013(08)
[2]果桑不同品种表型性状研究[J]. 张瑞娟,李吉鹏,于天水. 科技信息. 2012(30)
[3]利用基于DNA标记的人工绘制植物品种鉴别图（MCID）法快速鉴定欧亚葡萄品种[J]. 张晓莹,张彦,宋长年,刘崇怀,房经贵,上官凌飞. 农业生物技术学报. 2012(06)
[4]SNP分子标记的研究及其应用进展[J]. 唐立群,肖层林,王伟平. 中国农学通报. 2012(12)
[5]深水稻品种赤禾纹枯病抗性QTLs定位[J]. 陆岗,李丹婷,农保选,夏秀忠,梁耀懋,黎坤爱. 西南农业学报. 2009(06)
[6]湖南省10个现行栽培桑树品种的AFLP指纹图谱分析[J]. 黄仁志,颜新培,李健,张学文. 蚕业科学. 2009(04)
[7]AFLP与SSR标记及其在油菜研究中的应用[J]. 李丽,黄先群,Chokchai Wannup,黄团. 贵州农业科学. 2009(11)
[8]分子标记技术及在水稻遗传研究中的应用[J]. 吕瑞玲,吴小凤,刘敏超. 中国农学通报. 2009(04)
[9]植物EST-SSR技术及其应用[J]. 姜春芽,廖娇,徐小彪,辜青青,刘善军,陈金印. 分子植物育种. 2009(01)
[10]SNP的研究进展及其在家畜育种中的应用[J]. 石磊,岳文斌. 畜禽业. 2007(03)
博士论文
[1]番茄遗传多样性及几个重要农艺性状的关联分析[D]. 王涛.沈阳农业大学 2016
[2]柑橘高密度遗传连锁图谱的构建及落叶性状的QTL定位[D]. 刘升锐.华中农业大学 2016
[3]小麦—长穗偃麦草杂种后代的分子细胞遗传学分析及种质材料的筛选鉴定[D]. 何方.山东农业大学 2014
[4]梅花遗传连锁图谱构建和表型性状QTLs分析[D]. 孙丽丹.北京林业大学 2013
[5]马铃薯杂交种ISSR鉴定与高产优质株系选育研究[D]. 甘霖.内蒙古农业大学 2013
[6]大豆对疫病的抗性评价、抗病基因挖掘及候选基因分析[D]. 张吉清.中国农业科学院 2013
[7]长白山牛皮杜鹃的遗传多样性与分子亲缘地理学研究[D]. 刘雁飞.吉林大学 2013
[8]作物品种分子标记鉴定及指纹图谱构建研究[D]. 朱岩芳.浙江大学 2013
[9]基于分子标记和DNA条形码的大别山特产柿种质的遗传多样性和系统发育学[D]. 袁录霞.华中农业大学 2012
[10]中国核桃品种的遗传多样性研究[D]. 马庆国.中国林业科学研究院 2012
硕士论文
[1]基于EST-SSR的紫斑牡丹品种遗传多样性研究[D]. 安宗燕.甘肃农业大学 2018
[2]15个果桑品种的EST-SSR和SRAP遗传多样性分析[D]. 延娜.西北农林科技大学 2016
[3]甜瓜主栽品种指纹图谱库的构建及遗传多样性分析[D]. 李瑞峰.东北农业大学 2014
[4]向日葵SRAP分子标记遗传连锁图谱的构建[D]. 于志贤.内蒙古农业大学 2014
[5]西（籽）瓜杂交种种子纯度鉴定及指纹图谱构建的研究[D]. 张高原.甘肃农业大学 2013
[6]茄子种质资源遗传多样性SSR和SRAP分析[D]. 管志坤.河北农业大学 2012
[7]荷花种质资源遗传多样性的SRAP和ISSR研究[D]. 孙祖霞.南京农业大学 2012
[8]果桑种质资源的研究[D]. 陈艺.西北农林科技大学 2011
[9]基于AFLP标记的盐肤木种群遗传多样性和遗传结构[D]. 段立柱.山西大学 2010
[10]厚朴遗传多样性和遗传关系研究及ITS序列分析[D]. 于华会.中国林业科学研究院 2010
本文编号：3102623
【文章来源】：河北农业大学河北省
【文章页数】：47 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
果桑DNA的琼脂糖凝胶电泳图谱
1图 3-2 引物 E3、E5 在 33 个果桑品种间的扩增图谱Figure 3-2Amplication profiles of 33 mulberry variteis with primers E3 and E51.白玉王；2.白果桑；3.白龙桑；4.朝金；5.蛋白桑；6.大 10 ；7.观赏果桑；8.印度桑；9.黑珍珠；10.会泽 7 号；11.红玛瑙；12.红果桑 2；13.九纹龙桑；14.龙桑；15.辽 10 号；16.孟简；17.四季果桑；18.石棉 24 号；19.石棉 3号；20.胜寒；21.台湾四季果桑；22.台 14-1；23.蛋白桑 2 ；24.叶用桑 1；25.叶用桑 2 ；26. 辽桑育 171 号；27意大利桑；28.云南长果桑 29.中桑 5801； 30.10 ；31.长果桑 32.蛋白桑 3 ；33.红果桑 1；M: Marker本试验总共采集到 37 份果桑材料，其中重名品种有四个各 2 份材料，分别为白玉王、长果桑、中桑 5801 和叶用桑 1。利用引物 E3 验证四个品种，这两对引物分别可以把这四个不确定的品种与确定名称的品种区分开，分别是白玉王、叶用桑 1、长果桑、中桑 5801（图 3-3）。
图 3-3 引物 E3 在 8 个同名材料间的扩增图谱e 3-3Amplication profiles of primer E3 among 8 mulberry variteis；2.白玉王（重名）；3.叶用桑 1；4.叶用桑（重名）5.长果桑；68.中桑 5801（重名）传多样性分析e 软件对 SSR 位点进行遗传多样性研究（表 3 33 个果桑材料中扩增出的谱带清晰、多态性好基因（Na），平均每个位点扩增出 8 个等位基平均值为 0.874；He 的变化范围是 0.452-0.926均出现在位点 P61，其次为 E3，最小值出现 可知，等位基因在供试材料中分布相对均匀；性较高。IC 值是衡量 SSR 位点多态性的一个重要指标5<PIC<0.5 时为中度多态性位点，当 PIC>0.5，PIC 的范围为 0.389-0.913，其中引物 P23 的
【参考文献】：
期刊论文
[1]桑树EST-SSR引物开发[J]. 高丽霞. 南方农业学报. 2013(08)
[2]果桑不同品种表型性状研究[J]. 张瑞娟,李吉鹏,于天水. 科技信息. 2012(30)
[3]利用基于DNA标记的人工绘制植物品种鉴别图（MCID）法快速鉴定欧亚葡萄品种[J]. 张晓莹,张彦,宋长年,刘崇怀,房经贵,上官凌飞. 农业生物技术学报. 2012(06)
[4]SNP分子标记的研究及其应用进展[J]. 唐立群,肖层林,王伟平. 中国农学通报. 2012(12)
[5]深水稻品种赤禾纹枯病抗性QTLs定位[J]. 陆岗,李丹婷,农保选,夏秀忠,梁耀懋,黎坤爱. 西南农业学报. 2009(06)
[6]湖南省10个现行栽培桑树品种的AFLP指纹图谱分析[J]. 黄仁志,颜新培,李健,张学文. 蚕业科学. 2009(04)
[7]AFLP与SSR标记及其在油菜研究中的应用[J]. 李丽,黄先群,Chokchai Wannup,黄团. 贵州农业科学. 2009(11)
[8]分子标记技术及在水稻遗传研究中的应用[J]. 吕瑞玲,吴小凤,刘敏超. 中国农学通报. 2009(04)
[9]植物EST-SSR技术及其应用[J]. 姜春芽,廖娇,徐小彪,辜青青,刘善军,陈金印. 分子植物育种. 2009(01)
[10]SNP的研究进展及其在家畜育种中的应用[J]. 石磊,岳文斌. 畜禽业. 2007(03)
博士论文
[1]番茄遗传多样性及几个重要农艺性状的关联分析[D]. 王涛.沈阳农业大学 2016
[2]柑橘高密度遗传连锁图谱的构建及落叶性状的QTL定位[D]. 刘升锐.华中农业大学 2016
[3]小麦—长穗偃麦草杂种后代的分子细胞遗传学分析及种质材料的筛选鉴定[D]. 何方.山东农业大学 2014
[4]梅花遗传连锁图谱构建和表型性状QTLs分析[D]. 孙丽丹.北京林业大学 2013
[5]马铃薯杂交种ISSR鉴定与高产优质株系选育研究[D]. 甘霖.内蒙古农业大学 2013
[6]大豆对疫病的抗性评价、抗病基因挖掘及候选基因分析[D]. 张吉清.中国农业科学院 2013
[7]长白山牛皮杜鹃的遗传多样性与分子亲缘地理学研究[D]. 刘雁飞.吉林大学 2013
[8]作物品种分子标记鉴定及指纹图谱构建研究[D]. 朱岩芳.浙江大学 2013
[9]基于分子标记和DNA条形码的大别山特产柿种质的遗传多样性和系统发育学[D]. 袁录霞.华中农业大学 2012
[10]中国核桃品种的遗传多样性研究[D]. 马庆国.中国林业科学研究院 2012
硕士论文
[1]基于EST-SSR的紫斑牡丹品种遗传多样性研究[D]. 安宗燕.甘肃农业大学 2018
[2]15个果桑品种的EST-SSR和SRAP遗传多样性分析[D]. 延娜.西北农林科技大学 2016
[3]甜瓜主栽品种指纹图谱库的构建及遗传多样性分析[D]. 李瑞峰.东北农业大学 2014
[4]向日葵SRAP分子标记遗传连锁图谱的构建[D]. 于志贤.内蒙古农业大学 2014
[5]西（籽）瓜杂交种种子纯度鉴定及指纹图谱构建的研究[D]. 张高原.甘肃农业大学 2013
[6]茄子种质资源遗传多样性SSR和SRAP分析[D]. 管志坤.河北农业大学 2012
[7]荷花种质资源遗传多样性的SRAP和ISSR研究[D]. 孙祖霞.南京农业大学 2012
[8]果桑种质资源的研究[D]. 陈艺.西北农林科技大学 2011
[9]基于AFLP标记的盐肤木种群遗传多样性和遗传结构[D]. 段立柱.山西大学 2010
[10]厚朴遗传多样性和遗传关系研究及ITS序列分析[D]. 于华会.中国林业科学研究院 2010
本文编号：3102623
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/yylw/3102623.html
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