莲藕PPO与GLK1、NADH的表达分析及互作结构域确定
发布时间：2021-05-01 00:18
莲藕（Nelumbo nucifera Gaertn.）为多年生草本水生植物藕莲膨出肥大的根状茎,是一种深受人们喜欢的药食同源性食品。由于它有着丰富的药用价值与营养价值,人们对其加工品及鲜食的需求量不断加大。但是,莲藕在加工、贮藏与运输过程中普遍存在失水萎蔫、褐变等问题,导致商品性下降,鲜食货架期短,严重影响了莲藕鲜食和加工产品的出口创汇。由前人探索发现,多酚氧化酶（polyphenol oxidase,PPO）是导致莲藕发生酶促褐变的关键酶之一。本文利用生物信息学方法鉴定并分析了所有PPO基因家族成员,并通过试剂盒以及q RT-PCR方法分别检测PPO和其家族基因在不同组织、不同生长时间、不同诱导因子下的活性与响应。在实验室前期的基础上,通过q RT-PCR以及酵母双杂交方法对PPO1与其互作基因GLK1、NADH的表达和互作位点进行分析。主要得出以下结果:1. 根据莲藕PPO家族序列的结构域,在莲基因组数据库中进行比对搜索,再通过Pfam网站验证得到4个基因家族成员:PPO1、PPO4、AS-1与AS-2。利用生物信息学方法对其理化性质、跨膜区、信号肽、基因结构、保守基序、二级与三...
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 莲藕概述
1.2 植物多酚氧化酶
1.2.1 PPO基因大小及结构特征
1.2.2 PPO的多基因家族性及其表达
1.2.3 PPO的生理功能与生化特性
1.3 GLK1转录因子概述
1.4 NADH脱氢酶概述
1.5 酵母双杂交系统
1.6 研究的目的及意义
第二章 莲藕PPO基因家族的鉴定与分析
2.1 试验材料
2.1.1 材料
2.1.2 试剂及试剂盒
2.1.3 引物合成
2.1.4 试剂的配制
2.2 试验方法
2.2.1 莲藕PPO基因家族成员的确定
2.2.2 家族成员的生物信息学分析
2.2.3 诱导处理液浓度的确定
2.2.4 多酚氧化酶活性的测定
2.2.5 家族成员基因的表达分析
2.3 结果分析
2.3.1 莲藕PPO基因家族的鉴定及理化性质分析
2.3.2 莲藕PPO家族成员蛋白跨膜区及信号肽的预测分析
2.3.3 莲藕PPO家族基因结构与蛋白保守基序的预测分析
2.3.4 莲藕PPO家族蛋白二级与三级结构预测分析
2.3.5 诱导处理液浓度的确定
2.3.6 多酚氧化酶活性分析
2.3.7 PPO基因的表达分析
2.4 讨论
第三章 莲藕PPO1 与其互作基因GLK1、NADH的表达分析
3.1 试验材料
3.1.1 材料
3.1.2 试剂及试剂盒
3.1.3 引物合成
3.1.4 试剂的配制
3.2 试验方法
3.2.1 叶绿素含量的测定
3.2.2 超氧阴离子自由基含量的测定
3.2.3 GLK1、NADH的表达分析
3.3 结果分析
3.3.1 叶绿素含量的分析
3.3.2 超氧阴离子自由基含量的分析
3.3.3 PPO1与其互做基因GLK1、NADH的表达分析
3.4 讨论
第四章 莲藕PPO1与GLK1互作结构域分析
4.1 试验材料
4.1.1 材料
4.1.2 试剂及试剂盒
4.1.3 菌株及质粒
4.1.4 引物合成与测序
4.1.5 常用培养基及试剂
4.2 试验方法
4.2.1 莲藕JD-PPO1互作结构域的确定
4.2.2 莲藕GLK1互作结构域的确定
4.3 结果分析
4.3.1 JD-PPO1的结构域分析与截短设计
4.3.2 GLK1的结构域分析与截短设计
4.3.3 JD-PPO1与GLK1 的截短互作验证
4.4 讨论
第五章 结论
参考文献
附录A 实验附表
附录B 试剂及常用培养基配方
附录C 核酸序列
致谢
作者简介
本文编号：3169764
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 莲藕概述
1.2 植物多酚氧化酶
1.2.1 PPO基因大小及结构特征
1.2.2 PPO的多基因家族性及其表达
1.2.3 PPO的生理功能与生化特性
1.3 GLK1转录因子概述
1.4 NADH脱氢酶概述
1.5 酵母双杂交系统
1.6 研究的目的及意义
第二章 莲藕PPO基因家族的鉴定与分析
2.1 试验材料
2.1.1 材料
2.1.2 试剂及试剂盒
2.1.3 引物合成
2.1.4 试剂的配制
2.2 试验方法
2.2.1 莲藕PPO基因家族成员的确定
2.2.2 家族成员的生物信息学分析
2.2.3 诱导处理液浓度的确定
2.2.4 多酚氧化酶活性的测定
2.2.5 家族成员基因的表达分析
2.3 结果分析
2.3.1 莲藕PPO基因家族的鉴定及理化性质分析
2.3.2 莲藕PPO家族成员蛋白跨膜区及信号肽的预测分析
2.3.3 莲藕PPO家族基因结构与蛋白保守基序的预测分析
2.3.4 莲藕PPO家族蛋白二级与三级结构预测分析
2.3.5 诱导处理液浓度的确定
2.3.6 多酚氧化酶活性分析
2.3.7 PPO基因的表达分析
2.4 讨论
第三章 莲藕PPO1 与其互作基因GLK1、NADH的表达分析
3.1 试验材料
3.1.1 材料
3.1.2 试剂及试剂盒
3.1.3 引物合成
3.1.4 试剂的配制
3.2 试验方法
3.2.1 叶绿素含量的测定
3.2.2 超氧阴离子自由基含量的测定
3.2.3 GLK1、NADH的表达分析
3.3 结果分析
3.3.1 叶绿素含量的分析
3.3.2 超氧阴离子自由基含量的分析
3.3.3 PPO1与其互做基因GLK1、NADH的表达分析
3.4 讨论
第四章 莲藕PPO1与GLK1互作结构域分析
4.1 试验材料
4.1.1 材料
4.1.2 试剂及试剂盒
4.1.3 菌株及质粒
4.1.4 引物合成与测序
4.1.5 常用培养基及试剂
4.2 试验方法
4.2.1 莲藕JD-PPO1互作结构域的确定
4.2.2 莲藕GLK1互作结构域的确定
4.3 结果分析
4.3.1 JD-PPO1的结构域分析与截短设计
4.3.2 GLK1的结构域分析与截短设计
4.3.3 JD-PPO1与GLK1 的截短互作验证
4.4 讨论
第五章 结论
参考文献
附录A 实验附表
附录B 试剂及常用培养基配方
附录C 核酸序列
致谢
作者简介
本文编号：3169764
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