基于转录组测序枇杷EST-SSR标记的开发与利用
发布时间：2021-05-14 12:45
枇杷（Eriobotrya japonica Lindl.）起源于我国东南部,是中国特色水果,具有极高医疗保健价值,栽培历史悠久,品种繁多,与其他国家相比我国枇杷种质资源更为丰富。但目前对枇杷的遗传研究及基因组信息研究较少,因此我们需要对枇杷进行更深一步的分子基因组研究,为其种质资源分类、遗传多样性分析及分子标记辅助选育等研究奠定基础。本试验通过对洞庭枇杷的转录组进行大规模测序,利用获得的转录组序列进行EST-SSR分子标记的开发,将开发的标记进行枇杷及其近缘物种间的通用性分析和遗传多样性分析,并对洞庭野生型和突变型枇杷进行特异EST-SSR片段克隆进而对其差异基因进行探讨,主要研究结果如下：1.我们总共获得61587个Unigene,对其进行微卫星搜索,得到6693个Unigene包含7649个SSR位点。在对SSR位点进行重复类型统计发现,在二核苷酸到六核苷酸之间,重复类型最多的是二核苷酸其数量总计4593,占所有重复类型的60.05%;最少的重复类型是五核苷酸,占总数的2.08%。在对重复类型最多的序列进行统计发现,重复序列中出现频率最高的是二核苷酸重复类型中的AG/CT,占所有...
【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
缩略词汇
前言
1 文献综述
1.1 遗传标记
1.1.1 遗传标记类型
1.1.2 分子标记的分类
1.2 枇杷分子标记的研究
1.2.1 枇杷种质资源概述
1.2.2 分子标记在枇杷种质资源上的研究
1.3 SSR标记的开发及利用现状
1.3.1 SSR分子标记的原理及特点
1.3.2 SSR分子标记的开发分析路线
1.3.3 SSR分子标记的研究现状
2 试验目的与意义
3 材料与方法
3.1 试验材料
3.2 主要仪器设备
3.3 试验方法
3.3.1 DNA的提取
3.3.2 转录组微卫星搜索及SSR引物设计
3.3.3 SSR分子标记扩增
3.3.4 枇杷SSR标记通用性及遗传多样性分析
3.3.5 特异EST-SSR片段的获取
3.3.6 特异EST-SSR片段的纯化
3.3.7 目的片段连接与转化
3.3.8 重组菌落PCR鉴定
3.3.9 质粒提取及测序分析
4 结果与分析
4.1 DNA提取结果分析
4.2 转录组SSR信息搜索及SSR引物确定
4.2.1 转录组SSR信息分析
4.2.2 EST-SSR引物确定
4.2.3 EST-SSR引物的筛选
4.3 枇杷EST-SSR分子标记通用性及遗传多样性分析
4.3.1 通用性分析
4.3.2 遗传多样性分析
4.4 特异EST-SSR片段克隆测序分析
4.4.1 特异EST-SSR片段的确定
4.4.2 质粒纯度检测分析
4.4.3 特异EST-SSR片段序列分析
5 讨论
5.1 DNA提取方法
5.2 引物筛选及通用性研究
5.3 遗传多样性研究
5.4 特异EST-SSR片段测序研究
6 总结
6.1 主要结论
6.1.1 枇杷转录组信息搜索
6.1.2 枇杷EST-SSR分子标记获得
6.1.3 分子标记通用性及遗传多样性研究
6.1.4 特异EST-SSR片段测序结果
6.2 存在的问题及不足
6.3 今后研究方向
参考文献
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]枇杷种质资源SSR标记指纹图谱的构建[J]. 岳娜,胡倩倩,方星,邱学林,储春荣,祁红丽,孟祥勋. 中国农学通报. 2012(16)
[2]福建道地药材枇杷叶ISSR反应体系的建立与优化[J]. 李婷,徐榕青,林文津,张亚敏. 中国现代应用药学. 2012(04)
[3]枇杷SSR反应体系的建立及优化[J]. 谢丽雪,张小艳,张立杰,郑姗,李韬. 福建果树. 2011(04)
[4]枇杷核基因组DNA提取方法的改良及其SSR分析[J]. 仲艳,杜青珍,李海芬,孟祥勋,袁卫民,王化坤,郗红丽. 安徽农业科学. 2010(18)
[5]不同倍性“早红3号”枇杷基因组AFLP分析[J]. 边禹,汪卫星,韩国辉,梁国鲁. 山西农业大学学报(自然科学版). 2010(03)
[6]枇杷属植物遗传多样性的ISSR分析[J]. 王永清,付燕,杨芩,罗楠,邓群仙,严娟,曾建国,阮光伦. 林业科学. 2010(04)
[7]枇杷ISSR扩增反应体系的优化[J]. 赵依杰,王江波,张小红,施维属,林航. 中国农学通报. 2010(07)
[8]基于连锁群定位SSR标记的蟠桃分子指纹检索表构建[J]. 葛志刚,俞明亮,马瑞娟,沈志军. 江苏农业科学. 2009(06)
[9]EST-SSR荧光标记毛细管电泳检测法在豌豆上的应用及评价[J]. 龚亚明,胡齐赞,毛伟华,李亚丹,张古文,丁桔. 浙江农业学报. 2009(06)
[10]利用SSR标记分析部分烟草种质的遗传多样性[J]. 刘胜传,刘仁祥,雷红梅,陈春艳. 贵州农业科学. 2009(07)
博士论文
[1]基于AFLP和SSR分子标记的中国杨梅遗传多样性分析[D]. 张水明.浙江大学 2009
[2]柑橘胚胎发生过程中DNA甲基化/去甲基化研究及SSR标记开发[D]. 孟海军.华中农业大学 2006
[3]枇杷属的等位酶遗传多样性和种间关系及品种鉴定研究[D]. 蔡礼鸿.华中农业大学 2000
硕士论文
[1]枇杷属植物的遗传多样性分析和指纹图谱初步构建[D]. 龙治坚.西南大学 2013
[2]枇杷叶的ISSR遗传差异分析及化学成分含量相关性研究[D]. 李婷.福建中医药大学 2011
[3]苹果EST-SSR引物的开发及部分品种亲缘关系分析[D]. 王娟.河南农业大学 2009
[4]苹果抗褐斑病性遗传分析与SSR分子标记[D]. 寿园园.东北农业大学 2009
[5]白沙枇杷离体再生及ISSR分子标记研究[D]. 范晨昕.南京农业大学 2008
[6]苹果属EST-SSR标记开发及其在梨属上的转移性[D]. 姚利华.浙江大学 2008
[7]白沙枇杷优良单株—苏白1号的选育及其分子鉴定[D]. 盛良明.南京农业大学 2006
[8]桃、李、杏、核桃不同品种的SSR指纹图谱构建[D]. 杨本芸.河北农业大学 2006
本文编号：3185663
【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
缩略词汇
前言
1 文献综述
1.1 遗传标记
1.1.1 遗传标记类型
1.1.2 分子标记的分类
1.2 枇杷分子标记的研究
1.2.1 枇杷种质资源概述
1.2.2 分子标记在枇杷种质资源上的研究
1.3 SSR标记的开发及利用现状
1.3.1 SSR分子标记的原理及特点
1.3.2 SSR分子标记的开发分析路线
1.3.3 SSR分子标记的研究现状
2 试验目的与意义
3 材料与方法
3.1 试验材料
3.2 主要仪器设备
3.3 试验方法
3.3.1 DNA的提取
3.3.2 转录组微卫星搜索及SSR引物设计
3.3.3 SSR分子标记扩增
3.3.4 枇杷SSR标记通用性及遗传多样性分析
3.3.5 特异EST-SSR片段的获取
3.3.6 特异EST-SSR片段的纯化
3.3.7 目的片段连接与转化
3.3.8 重组菌落PCR鉴定
3.3.9 质粒提取及测序分析
4 结果与分析
4.1 DNA提取结果分析
4.2 转录组SSR信息搜索及SSR引物确定
4.2.1 转录组SSR信息分析
4.2.2 EST-SSR引物确定
4.2.3 EST-SSR引物的筛选
4.3 枇杷EST-SSR分子标记通用性及遗传多样性分析
4.3.1 通用性分析
4.3.2 遗传多样性分析
4.4 特异EST-SSR片段克隆测序分析
4.4.1 特异EST-SSR片段的确定
4.4.2 质粒纯度检测分析
4.4.3 特异EST-SSR片段序列分析
5 讨论
5.1 DNA提取方法
5.2 引物筛选及通用性研究
5.3 遗传多样性研究
5.4 特异EST-SSR片段测序研究
6 总结
6.1 主要结论
6.1.1 枇杷转录组信息搜索
6.1.2 枇杷EST-SSR分子标记获得
6.1.3 分子标记通用性及遗传多样性研究
6.1.4 特异EST-SSR片段测序结果
6.2 存在的问题及不足
6.3 今后研究方向
参考文献
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]枇杷种质资源SSR标记指纹图谱的构建[J]. 岳娜,胡倩倩,方星,邱学林,储春荣,祁红丽,孟祥勋. 中国农学通报. 2012(16)
[2]福建道地药材枇杷叶ISSR反应体系的建立与优化[J]. 李婷,徐榕青,林文津,张亚敏. 中国现代应用药学. 2012(04)
[3]枇杷SSR反应体系的建立及优化[J]. 谢丽雪,张小艳,张立杰,郑姗,李韬. 福建果树. 2011(04)
[4]枇杷核基因组DNA提取方法的改良及其SSR分析[J]. 仲艳,杜青珍,李海芬,孟祥勋,袁卫民,王化坤,郗红丽. 安徽农业科学. 2010(18)
[5]不同倍性“早红3号”枇杷基因组AFLP分析[J]. 边禹,汪卫星,韩国辉,梁国鲁. 山西农业大学学报(自然科学版). 2010(03)
[6]枇杷属植物遗传多样性的ISSR分析[J]. 王永清,付燕,杨芩,罗楠,邓群仙,严娟,曾建国,阮光伦. 林业科学. 2010(04)
[7]枇杷ISSR扩增反应体系的优化[J]. 赵依杰,王江波,张小红,施维属,林航. 中国农学通报. 2010(07)
[8]基于连锁群定位SSR标记的蟠桃分子指纹检索表构建[J]. 葛志刚,俞明亮,马瑞娟,沈志军. 江苏农业科学. 2009(06)
[9]EST-SSR荧光标记毛细管电泳检测法在豌豆上的应用及评价[J]. 龚亚明,胡齐赞,毛伟华,李亚丹,张古文,丁桔. 浙江农业学报. 2009(06)
[10]利用SSR标记分析部分烟草种质的遗传多样性[J]. 刘胜传,刘仁祥,雷红梅,陈春艳. 贵州农业科学. 2009(07)
博士论文
[1]基于AFLP和SSR分子标记的中国杨梅遗传多样性分析[D]. 张水明.浙江大学 2009
[2]柑橘胚胎发生过程中DNA甲基化/去甲基化研究及SSR标记开发[D]. 孟海军.华中农业大学 2006
[3]枇杷属的等位酶遗传多样性和种间关系及品种鉴定研究[D]. 蔡礼鸿.华中农业大学 2000
硕士论文
[1]枇杷属植物的遗传多样性分析和指纹图谱初步构建[D]. 龙治坚.西南大学 2013
[2]枇杷叶的ISSR遗传差异分析及化学成分含量相关性研究[D]. 李婷.福建中医药大学 2011
[3]苹果EST-SSR引物的开发及部分品种亲缘关系分析[D]. 王娟.河南农业大学 2009
[4]苹果抗褐斑病性遗传分析与SSR分子标记[D]. 寿园园.东北农业大学 2009
[5]白沙枇杷离体再生及ISSR分子标记研究[D]. 范晨昕.南京农业大学 2008
[6]苹果属EST-SSR标记开发及其在梨属上的转移性[D]. 姚利华.浙江大学 2008
[7]白沙枇杷优良单株—苏白1号的选育及其分子鉴定[D]. 盛良明.南京农业大学 2006
[8]桃、李、杏、核桃不同品种的SSR指纹图谱构建[D]. 杨本芸.河北农业大学 2006
本文编号：3185663
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