基于RNA-Seq的核桃内果皮发育转录组信息分析
发布时间：2021-05-14 18:17
核桃（Juglans regia L.）又名胡桃、羌桃,属核桃科（Juglandaceae）、核桃属（Juglans）,是世界著名的四大干果之一。近年来,转录组测序技术在生物测序中逐渐兴起,在生物遗传研究中被广泛认可。而核桃作为四大干果之一,在转录组序列信息、分析中鲜有研究,特别是对核桃内果皮形成的分子机理的研究,更是少之又少。因此,为了加强研究核桃的转录组信息,了解核桃内果皮形成的分子机制,掌握影响核桃内果皮的主要遗传信息,本论文以“纸皮”、“温138”两个品种核桃硬壳形成期的内果皮为试验材料,提取内果皮中的RNA,并进行转录组测序及数据信息分析,主要结果如下:1、利用Illumina HiSeq?2000测序仪进行测序,共获得342 785 132条的raw reads,通过过滤除杂后得到clean reads 318 196 894条,长度为28 637 720 460 nt。在获得信息的准确率为99%的条件下,有98.6%的序列信息符合分析要求,所获得的数据信息量较大。对获得数据信息进行拼接组装后,获得总Unigene 77 570条,总长97 085 606 nt,平均长度1...
【文章来源】：塔里木大学新疆维吾尔自治区
【文章页数】：94 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第1章 绪论
1.1 核桃的概述
1.1.1 核桃种质资源的概述
1.1.2 核桃果皮的发育研究
1.1.3 核桃的国内外研究进展
1.2 转录组的基本概述
1.2.1 转录组的简介及测序技术的演变
1.2.2 转录组的国内外研究进展
1.3 转录组测序技术在核桃研究中的应用
1.4 课题的研究意义
第2章 试验材料与方法
2.1 试验材料
2.2 试验方法
2.3 Illumina测序和组装
2.3.1 测序的基本原理
2.3.2 转录组数据的获得
2.3.3 转录组数据的组装
2.4 RNA——De novo注释
2.4.1 注释原理
2.4.2 转录组注释数据库
2.4.3 差异表达分析
2.4.4 SSR位点的查找与分析
第3章 测序结果与分析
3.1 测序结果
3.2 组装结果评估
3.3 注释结果
3.3.1 NR注释结果分析
3.3.2 COG注释结果分析
3.3.3 GO注释结果分析
3.3.4 KEGG代谢通路分析
3.4 SSR信息分析
第4章 差异表达基因的筛选与分析
4.1 条件特异表达基因的筛选
4.2 差异表达基因分析
4.2.1 差异表达基因的数量分析
4.2.2 差异表达基因的GO功能注释
4.2.3 差异表达基因的KEGG功能注释
4.2.4 共表达基因的表达模式及聚类分析
第5章 木质素代谢相关基因的筛选与分析
5.1 木质素代谢相关基因的筛选
5.2 木质素代谢相关基因的功能注释
5.3 木质素代谢关键酶相关基因的差异表达分析
5.4 木质素代谢通路分析
第6章 讨论
6.1 核桃内果皮转录组测序
6.2 转录组序列信息功能注释
6.3 SSR位点分析
6.4 差异基因的表达分析
6.5 木质素代谢
第7章 结论
参考文献
附录
致谢
作者简历
在读期间发表论文情况
【参考文献】：
期刊论文
[1]新疆阿克苏地区核桃品质分析[J]. 贾昌路,张锐利,张宏,徐崇志,高山,张琦,张锐. 江苏农业科学. 2016(04)
[2]基于种子发育过程RNA-Seq的山核桃SSR位点分析[J]. 赵国淼,曾燕如,黄有军,李娟,贾宁,徐亚楠,唐研耀. 分子植物育种. 2015(11)
[3]基于RNA-Seq技术的“紫娟”茶树转录组分析[J]. 陈林波,夏丽飞,周萌,宋维希,李晓霞,焉文光,梁名志. 分子植物育种. 2015(10)
[4]核桃坚果硬壳发育研究进展[J]. 靳丽鑫,陈梦华,王玉莲,张雪梅,李保国. 北方园艺. 2015(05)
[5]刺梨转录组SSR信息分析及其分子标记开发[J]. 鄢秀芹,鲁敏,安华明. 园艺学报. 2015(02)
[6]漾濞大泡核桃病程相关蛋白10基因JsPR10-1的克隆与表达分析[J]. 何华,陈朝银,韩青,张南南,葛锋,刘迪秋. 植物科学学报. 2014(06)
[7]新疆核桃产业化发展研究[J]. 李忠新,杨莉玲,阿布力孜·巴斯提,闫圣坤,刘奎,朱占江,杨忠强,刘佳,沈晓贺,买合木江,马文强. 新疆农业科学. 2014(05)
[8]大刍草苗期转录组RNA-Seq数据的de novo拼接[J]. 肖之夏,郑用琏. 华中农业大学学报. 2014(02)
[9]单细胞转录组研究进展[J]. 周超平,李鑫辉. 生物化学与生物物理进展. 2013(12)
[10]基于杜仲转录组序列的SSR分子标记的开发[J]. 黄海燕,杜红岩,乌云塔娜,刘攀峰. 林业科学. 2013(05)
博士论文
[1]百合不同器官转录组分析及SSR标记开发应用[D]. 杜方.浙江大学 2014
[2]牦牛基因组数据库建设[D]. 胡泉军.兰州大学 2014
[3]杨树木质素合成酶PAL基因的克隆、鉴定及其表达载体的构建[D]. 薛永常.中国林业科学研究院 2001
硕士论文
[1]核桃胚脂肪积累期转录组分析[D]. 张楠.山东农业大学 2014
[2]人参根、茎、叶转录组测序及差异表达基因分析[D]. 林艳玲.长春中医药大学 2013
[3]基于RNA-seq测序的梅花转录组分析[D]. 石文芳.北京林业大学 2012
[4]核桃坚果硬壳发育与木质素代谢关系的研究[D]. 李夕勃.河北农业大学 2012
[5]多辊挤压式核桃破壳机的设计及试验研究[D]. 董诗韩.新疆农业大学 2011
[6]早实核桃品质与矿质营养元素的关系研究[D]. 辛洪河.河北科技师范学院 2011
[7]一个芥菜型油菜品种资源的线粒体基因组序列分析[D]. 杜同庆.南京农业大学 2011
[8]中国主栽区核桃坚果品质研究[D]. 齐静.河北农业大学 2009
[9]核桃硬壳结构与坚果品质相关性的研究[D]. 赵悦平.河北农业大学 2004
本文编号：3186105
【文章来源】：塔里木大学新疆维吾尔自治区
【文章页数】：94 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第1章 绪论
1.1 核桃的概述
1.1.1 核桃种质资源的概述
1.1.2 核桃果皮的发育研究
1.1.3 核桃的国内外研究进展
1.2 转录组的基本概述
1.2.1 转录组的简介及测序技术的演变
1.2.2 转录组的国内外研究进展
1.3 转录组测序技术在核桃研究中的应用
1.4 课题的研究意义
第2章 试验材料与方法
2.1 试验材料
2.2 试验方法
2.3 Illumina测序和组装
2.3.1 测序的基本原理
2.3.2 转录组数据的获得
2.3.3 转录组数据的组装
2.4 RNA——De novo注释
2.4.1 注释原理
2.4.2 转录组注释数据库
2.4.3 差异表达分析
2.4.4 SSR位点的查找与分析
第3章 测序结果与分析
3.1 测序结果
3.2 组装结果评估
3.3 注释结果
3.3.1 NR注释结果分析
3.3.2 COG注释结果分析
3.3.3 GO注释结果分析
3.3.4 KEGG代谢通路分析
3.4 SSR信息分析
第4章 差异表达基因的筛选与分析
4.1 条件特异表达基因的筛选
4.2 差异表达基因分析
4.2.1 差异表达基因的数量分析
4.2.2 差异表达基因的GO功能注释
4.2.3 差异表达基因的KEGG功能注释
4.2.4 共表达基因的表达模式及聚类分析
第5章 木质素代谢相关基因的筛选与分析
5.1 木质素代谢相关基因的筛选
5.2 木质素代谢相关基因的功能注释
5.3 木质素代谢关键酶相关基因的差异表达分析
5.4 木质素代谢通路分析
第6章 讨论
6.1 核桃内果皮转录组测序
6.2 转录组序列信息功能注释
6.3 SSR位点分析
6.4 差异基因的表达分析
6.5 木质素代谢
第7章 结论
参考文献
附录
致谢
作者简历
在读期间发表论文情况
【参考文献】：
期刊论文
[1]新疆阿克苏地区核桃品质分析[J]. 贾昌路,张锐利,张宏,徐崇志,高山,张琦,张锐. 江苏农业科学. 2016(04)
[2]基于种子发育过程RNA-Seq的山核桃SSR位点分析[J]. 赵国淼,曾燕如,黄有军,李娟,贾宁,徐亚楠,唐研耀. 分子植物育种. 2015(11)
[3]基于RNA-Seq技术的“紫娟”茶树转录组分析[J]. 陈林波,夏丽飞,周萌,宋维希,李晓霞,焉文光,梁名志. 分子植物育种. 2015(10)
[4]核桃坚果硬壳发育研究进展[J]. 靳丽鑫,陈梦华,王玉莲,张雪梅,李保国. 北方园艺. 2015(05)
[5]刺梨转录组SSR信息分析及其分子标记开发[J]. 鄢秀芹,鲁敏,安华明. 园艺学报. 2015(02)
[6]漾濞大泡核桃病程相关蛋白10基因JsPR10-1的克隆与表达分析[J]. 何华,陈朝银,韩青,张南南,葛锋,刘迪秋. 植物科学学报. 2014(06)
[7]新疆核桃产业化发展研究[J]. 李忠新,杨莉玲,阿布力孜·巴斯提,闫圣坤,刘奎,朱占江,杨忠强,刘佳,沈晓贺,买合木江,马文强. 新疆农业科学. 2014(05)
[8]大刍草苗期转录组RNA-Seq数据的de novo拼接[J]. 肖之夏,郑用琏. 华中农业大学学报. 2014(02)
[9]单细胞转录组研究进展[J]. 周超平,李鑫辉. 生物化学与生物物理进展. 2013(12)
[10]基于杜仲转录组序列的SSR分子标记的开发[J]. 黄海燕,杜红岩,乌云塔娜,刘攀峰. 林业科学. 2013(05)
博士论文
[1]百合不同器官转录组分析及SSR标记开发应用[D]. 杜方.浙江大学 2014
[2]牦牛基因组数据库建设[D]. 胡泉军.兰州大学 2014
[3]杨树木质素合成酶PAL基因的克隆、鉴定及其表达载体的构建[D]. 薛永常.中国林业科学研究院 2001
硕士论文
[1]核桃胚脂肪积累期转录组分析[D]. 张楠.山东农业大学 2014
[2]人参根、茎、叶转录组测序及差异表达基因分析[D]. 林艳玲.长春中医药大学 2013
[3]基于RNA-seq测序的梅花转录组分析[D]. 石文芳.北京林业大学 2012
[4]核桃坚果硬壳发育与木质素代谢关系的研究[D]. 李夕勃.河北农业大学 2012
[5]多辊挤压式核桃破壳机的设计及试验研究[D]. 董诗韩.新疆农业大学 2011
[6]早实核桃品质与矿质营养元素的关系研究[D]. 辛洪河.河北科技师范学院 2011
[7]一个芥菜型油菜品种资源的线粒体基因组序列分析[D]. 杜同庆.南京农业大学 2011
[8]中国主栽区核桃坚果品质研究[D]. 齐静.河北农业大学 2009
[9]核桃硬壳结构与坚果品质相关性的研究[D]. 赵悦平.河北农业大学 2004
本文编号：3186105
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