芸薹属蔬菜低深度测序SNP分型及其应用

发布时间：2021-05-21 17:47

　　单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphisms,SNPs）是指在基因组某一特定核苷酸位置上发生单个核苷酸的转换或颠换所引起的DNA序列多态性。SNPs广泛应用于图谱构建、基因定位、群体进化分析等领域。近年来,SNPs基因分型技术逐渐成为研究热点。尽管目前已发展了多种快速、稳定、高效的SNPs分型技术（如基因芯片、TaqMan探针法等）,但是仍无法满足实际研究中对通量、成本以及可靠性等方面的要求。随着测序技术的不断发展,高通量测序在SNPs基因分型方面的优势逐渐显现。为了节约成本,提高通量,采用群体低深度重测序的方法进行SNPs基因分型是一条可选途径。但是,在利用低深度重测序数据检测SNPs时,通常会出现准确性和覆盖度偏低的问题。针对该问题,本研究开发了一套SNPs高效鉴定的流程,称为Pooled Mapping。该流程可以去除由测序错误和比对错误产生的假阳性结果,从而有效地提高SNPs分型的准确性。主要结果如下:1.建立了Pooled Mapping算法,该算法主要分三步:（1）将群体中所有样本的重测序reads比对到参考基因组上,鉴定群体基因组上的高可... 

【文章来源】：中国农业科学院北京市

【文章页数】：49 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 引言
    1.1 分子标记的种类
        1.1.1 单核苷酸多态性标记
        1.1.2 插入缺失标记
    1.2 SNPS基因分型技术
        1.2.1 基于DNA构象的SNPs分型技术
        1.2.2 基于PCR和酶切的SNPs分型技术
        1.2.3 基于杂交的SNPs分型技术
    1.3 高通量测序在SNPS分型中的应用概况
        1.3.1 高通量测序在SNPs分型中的应用
        1.3.2 利用高通量测序进行SNPs分型的不足
    1.4 研究目的意义及技术路线
        1.4.1 研究目的和意义
        1.4.2 技术路线
第二章 低深度测序SNP分型算法与流程的开发
    2.1 试验材料
    2.2 试验方法
        2.2.1 白菜模拟重测序数据集的产生
        2.2.2 模拟重测序数据的过滤与SNPs检测
        2.2.3 Pooled Mapping流程
    2.3 结果与分析
        2.3.1 Pooled Mapping的算法和流程开发
        2.3.2 常规方法检测SNPs的准确性评估
        2.3.3 Pooled Mapping法检测SNPs的准确性评估
    2.4 小结
第三章 Pooled Mapping在白菜和甘蓝类蔬菜中的应用
    3.1 白菜和甘蓝低深度重测序Pooled Mappling分析
        3.1.1 试验材料
        3.1.2 试验方法
        3.1.3 结果与分析
    3.2 CAPS/dCAPS与KASP基因分型验证
        3.2.1 试验材料
        3.2.2 试验方法
        3.2.3 结果与分析
    3.3 小结
第四章 全文结论
参考文献
附录
致谢
作者简介


【参考文献】：
期刊论文
[1]基于TaqMan探针荧光定量PCR技术快速检测乳中金黄色葡萄球菌肠毒素A[J]. 刘继超,姜铁民,姜阿赤,岳华,李建涛,王群,陈历俊.  中国食品学报. 2015(06)
[2]第二代测序技术在植物遗传研究中的应用[J]. 罗纯,张青林,罗正荣.  广东农业科学. 2015(03)
[3]枣实蝇及其他5种检疫性实蝇的PCR-RFLP快速鉴定[J]. 程晓甜,阿地力·沙塔尔,张伟,李新泉.  南京林业大学学报(自然科学版). 2014(01)
[4]高通量测序技术在动植物研究领域中的应用[J]. 岳桂东,高强,罗龙海,王军一,许姣卉,尹烨.  中国科学:生命科学. 2012(02)
[5]利用等位基因特异性PCR技术检测番茄高色素基因hp1和hp2的单核苷酸多态性[J]. 金凤媚,杨迎霞,薛俊,郏艳红,刘仲齐.  农业生物技术学报. 2009(05)
[6]SNPs基因分型技术[J]. 高爱保,肖剑,吴登俊.  生物技术. 2004(03)
[7]定量聚合酶链反应的研究进展与临床应用[J]. 张华,许叔祥.  中华检验医学杂志. 2000(02)



本文编号：3200121