枣树高密度遗传图谱优化及重要性状的QTL定位

发布时间：2021-06-14 05:39

　　枣（Ziziphus jujuba Mill.2n=2x=24）,隶属鼠李科（Rhamnaceae）枣属（Ziziphus Mill.）,是我国重要的经济林树种,在我国农林业产业中占有重要地位。良种是枣产业持续健康发展的基础,目前,枣树育种主要依赖常规育种,育种周期长,效率低。分子标记辅助选择能够极大地提高育种效率,缩短育种周期,但是枣树遗传图谱构建和分子辅助选择方面的研究明显落后于其他果树。本研究以99株‘冬枣’和‘映山红’杂交F1子代为作图群体,采用限制性酶切位点关联DNA测序（RAD-seq）技术,开发大量SNP标记和InDel标记,结合SSR标记,构建并优化了枣树高密度遗传图谱,并对枣树生长相关性状以及抗寒性状进行了QTL定位分析。主要研究结果如下：1.将RAD-seq技术获得的序列（-98.76 Gb clean reads）比对到参考基因组,通过一系列筛选过滤,最终得到符合孟德尔分离比的标记7939个,其中SNP标记7026个和InDel标记913个。2.将RAD技术所得标记加入97个SSR标记,采用“拟测交”策略进行遗传图谱构建。最终4669个标记被定位到遗传图谱上,其中... 

【文章来源】：北京林业大学北京市 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：75 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
引言
1. 文献综述
    1.1 枣产业现状和育种目标
    1.2 枣育种进展
        1.2.1 野生资源的驯化利用和种质资源调查
        1.2.2 常规育种
        1.2.3 生物技术育种
            1.2.3.1 离体培养的研究
            1.2.3.2 分子育种研究
    1.3 遗传图谱构建
        1.3.1 作图群体的创建
        1.3.2 遗传标记的选择
            1.3.2.1 经典遗传标记
            1.3.2.2 分子标记
        1.3.3 数据统计分析
    1.4 QTL定位
    1.5 本研究的立项依据,主要研究内容和技术路线
2. 材料与方法
    2.1 实验材料
        2.1.1 作图群体获得
        2.1.2 实验试剂
        2.1.3 实验仪器设备
    2.2 实验方法
        2.2.1 基因组DNA提取与检测
        2.2.2 RAD文库构建
        2.2.3 上机测序
        2.2.4 RAD序列分析、标记检测与过滤
            2.2.4.1 RAD序列分离和质控
            2.2.4.2 标记检测和过滤
            2.2.4.3 图谱标记筛选
        2.2.5 连锁群划分及图谱构建
        2.2.6 基因组长度估算
        2.2.7 遗传图谱与物理图谱共线性分析
        2.2.8 表型性状调查
            2.2.8.1 株高和地径
            2.2.8.2 叶面积
            2.2.8.3 抗寒性
        2.2.9 QTL定位
3. 结果与分析
    3.1 RAD测序结果分析
    3.2 标记开发与上图标记筛选
    3.3 图谱构建
    3.4 遗传图谱与物理图谱共线性
    3.5 作图群体表型性状统计分析
    3.6 QTL定位
4. 讨论
    4.1. 亲本选择及作图群体构建
    4.2 作图标记的开发
    4.3 枣树高密度遗传图谱的构建和应用
    4.4 遗传图谱与物理图谱的比较
    4.5 枣树重要性状的QTL定位
5. 结论和展望
    5.1 主要结论
    5.2 存在问题和展望
参考文献
附录
个人简介
导师简介
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]枣组织培养及相关生物技术研究进展[J]. 赵宁,冯建灿,叶霞,谭彬,李继东,郑先波,齐贤,连晓东.  果树学报. 2015(06)
[2]中国枣生产与科研成就及前沿进展[J]. 刘孟军,王玖瑞,刘平,赵锦,赵智慧,代丽,李宪松,刘志国.  园艺学报. 2015(09)
[3]主要果树果实品质遗传改良与提升实践[J]. 陈学森,郭文武,徐娟,丛佩华,王力荣,刘崇怀,李秀根,吴树敬,姚玉新,陈晓流.  中国农业科学. 2015(17)
[4]电阻抗图谱法与电导法测定枣树枝条抗寒性的相关性[J]. 张振东,弓瑞娟,王哲,高姣,李颖岳,张钢,庞晓明.  中国农学通报. 2015(04)
[5]枣基因组的微卫星特征[J]. 马秋月,戴晓港,陈赢男,张得芳,廖卓毅,李淑娴.  林业科学. 2013(12)
[6]枣抗裂果种质的筛选与评价[J]. 苑赞,卢艳清,赵锦,刘孟军.  中国农业科学. 2013(23)
[7]枣树育种技术研究进展[J]. 李百云,魏天军.  宁夏农林科技. 2013(11)
[8]RAD-seq技术在基因组研究中的现状及展望[J]. 王洋坤,胡艳,张天真.  遗传. 2014(01)
[9]枣和酸枣基因组大小测定[J]. 吴丽萍,唐岩,李颖岳,尹丹妮,庞晓明.  北京林业大学学报. 2013(03)
[10]利用SSR标记进行枣树子代苗父本鉴定[J]. 王斯琪,唐诗哲,孔德仓,贺润平,刘华波,麻丽颖,刘君,王哲,李颖岳,申连英,庞晓明.  园艺学报. 2012(11)

博士论文
[1]牡丹高密度遗传图谱构建及重要性状QTL分析[D]. 蔡长福.北京林业大学 2015
[2]梅花遗传连锁图谱构建和表型性状QTLs分析[D]. 孙丽丹.北京林业大学 2013
[3]茶树高密度遗传图谱构建及重要性状QTL定位[D]. 马建强.中国农业科学院 2013
[4]枣（Ziziphus jujuba Mill.）遗传连锁图谱构建及性状的QTL定位研究[D]. 申连英.河北农业大学 2005

硕士论文
[1]利用RAD-seq测序构建美洲黑杨×小叶杨高密度遗传连锁图谱[D]. 王莹.南京林业大学 2014
[2]枣树再生体系的建立及离体加倍的初步研究[D]. 金琪.北京林业大学 2014
[3]枣、酸枣离体培养研究[D]. 王艳.河北农业大学 2011
[4]冬枣实生后代主要性状遗传变异规律及枣实生苗抗寒性研究[D]. 马庆华.河北农业大学 2004
[5]枣实生后代主要性状遗传变异规律的研究[D]. 李鹏丽.河北农业大学 2003



本文编号：3229179