桃高密度SNP图谱构建于果实质地和酸度全基因组关联分析
发布时间：2021-06-17 05:37
桃（Prunus persica [L.] Batsch）原产中国,是世界上栽培范围最为广泛的树种,也是蔷薇科李属重要的核果类果树。果实质地与酸度是果实品质的重要指标,硬溶质可延长桃的货架期,酸含量是决定果实口感的主要因素之一。但不同的遗传群体其遗传基础目前仍不清楚,蕴藏着较大的研究价值。我国是桃的起源地,资源丰富,因此有必要探索与质地和酸度相关联的分子标记,从而在分子水平上阐明其遗传机理,了解其遗传特性,这对培育高品质桃品种具有重大意义。本研究利用8个高多态性的SSR标记对亲本组合’Chula’×’02-25-106’及其593个杂交后代在ABI3130测序系统中进行亲子鉴定,选择出真杂种为杂交群体,采用Illumina peach 9K SNP芯片对亲本及筛选的杂交群体进行SNP位点检测,构建遗传连锁图谱以及简单性状的全基因组关联分析和QTL定位。主要结果如下：1.杂交实生苗的亲子鉴定及分析从桃T×E遗传连锁图谱上选取均匀分布于8条连锁群上的16对SSR引物,以母本‘Chula’和父本‘02-25-106’为模板,进行SSR测试,从中筛选出8对具有父本特征性条带且清晰的SSR引物。...
【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
致谢
摘要
Abstract
缩略语表
1 绪论
1.1 基因组学研究
1.1.1 连锁图谱构建
1.1.2 桃全基因组测序
1.1.3 桃重要候选基因的定位
1.1.4 桃数量性状的基因定位
1.1.5 分子标记在桃遗传育种中的应用
1.1.6 SNP分子标记的开发及应用
1.1.7 分子标记辅助育种的应用
1.2 全基因组关联分析
1.2.1 全基因组关联分析的概念及其基本原理
1.2.2 全基因组关联分析在植物复杂性状分析中的应用
1.2.3 全基因组关联分析在桃上的应用
1.3 本论文研究意义和主要内容
2 桃亲子鉴定与F1代杂交群体构建
2.1 材料和方法
2.1.1 植物材料DNA提取
2.1.2 引物来源
2.1.3 PCR反应体系和程序
2.2 数据分析
2.3 结果与分析
2.3.1 桃基因组DNA质量检测与浓度调整
2.3.2 多态性引物筛选及特异性分析
2.3.3 杂交后代筛选
2.4 讨论
2.5 本章小结
3 桃高密度SNP遗传图谱构建
3.1 材料和方法
3.1.1 植物材料及DNA的提取
3.1.2 仪器与试剂
3.1.3 桃Illumina 9K SNP芯片检测的步骤
3.2 数据分析
3.2.1 SNP基因分型
3.2.2 SNP图谱构建
3.3 结果与分析
3.3.1 SNP基因分型
3.3.2 作图群体SNP标记多态性分析与分离检测
3.3.3 高密度SNP图谱构建
3.4 讨论
3.4.1 偏分离现象
3.4.2 ‘C0’连锁图谱及其与桃基因组测序数据比对
3.5 本章小结
4 基于连锁图谱的QTL定位
4.1 材料与方法
4.1.1 作图群体
4.1.2 SNP标记检测
4.1.3 表型检测
4.1.4 遗传图谱的构建
4.2 数据分析
4.3 结果与分析
4.3.1 作图群体的表型性状的统计与描述
4.3.2 酸度、质地关联分析及QTL定位
4.4 讨论
4.4.1 F1代杂交群体表型性状的多态性
4.4.2 表型性状的QTL分析
4.5 本章小结
5 结论与展望
参考文献
作者简介及在校期间取得的科研成果
【参考文献】：
期刊论文
[1]全基因组关联分析研究进展[J]. 段忠取,朱军. 浙江大学学报(农业与生命科学版). 2015(04)
[2]应用SSR分子标记技术鉴定张氏红山茶杂交F1代真实性的研究[J]. 李琳琳,黄万坚,刘信凯,高继银,李凯凯,叶创兴,石祥刚. 广东园林. 2014(02)
[3]辣椒杂交种SSR分子标记鉴定及表型比较分析[J]. 刘子记,李静婷,杨衍,曹振木. 华北农学报. 2014(01)
[4]桃基因组及全基因组关/联分析研究进展[J]. 李雄伟,贾惠娟,高中山. 遗传. 2013(10)
[5]几种DNA提取方法对红树植物秋茄叶片DNA提取效果的比较[J]. 仇建标,丁文勇,陈少波. 浙江海洋学院学报(自然科学版). 2012(05)
[6]SSR技术检测‘津优48’种子纯度试验[J]. 杨瑞环,崔兴华,李鹏宇,张桂华,李淑菊. 北方园艺. 2012(16)
[7]茄子SSR多态性引物的筛选及品种纯度鉴定[J]. 王利英,乔军,石瑶,王振英,李素文. 华北农学报. 2012(04)
[8]甘蓝一代杂种纯度SSR鉴定与田间鉴定的一致性研究[J]. 高海娜,张恩慧,李殿荣,王灏,马英夏,许忠民. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2012(05)
[9]梨AFLP标记遗传图谱构建及果实相关性状的QTL定位[J]. 张瑞萍,吴俊,李秀根,杨健,王龙,王苏珂,张绍铃. 园艺学报. 2011(10)
[10]花椰菜新品种浙801杂交种纯度的SSR鉴定[J]. 赵振卿,盛小光,虞慧芳,王建升,张晓辉,顾宏辉. 长江蔬菜. 2011(18)
本文编号：3234581
【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
致谢
摘要
Abstract
缩略语表
1 绪论
1.1 基因组学研究
1.1.1 连锁图谱构建
1.1.2 桃全基因组测序
1.1.3 桃重要候选基因的定位
1.1.4 桃数量性状的基因定位
1.1.5 分子标记在桃遗传育种中的应用
1.1.6 SNP分子标记的开发及应用
1.1.7 分子标记辅助育种的应用
1.2 全基因组关联分析
1.2.1 全基因组关联分析的概念及其基本原理
1.2.2 全基因组关联分析在植物复杂性状分析中的应用
1.2.3 全基因组关联分析在桃上的应用
1.3 本论文研究意义和主要内容
2 桃亲子鉴定与F1代杂交群体构建
2.1 材料和方法
2.1.1 植物材料DNA提取
2.1.2 引物来源
2.1.3 PCR反应体系和程序
2.2 数据分析
2.3 结果与分析
2.3.1 桃基因组DNA质量检测与浓度调整
2.3.2 多态性引物筛选及特异性分析
2.3.3 杂交后代筛选
2.4 讨论
2.5 本章小结
3 桃高密度SNP遗传图谱构建
3.1 材料和方法
3.1.1 植物材料及DNA的提取
3.1.2 仪器与试剂
3.1.3 桃Illumina 9K SNP芯片检测的步骤
3.2 数据分析
3.2.1 SNP基因分型
3.2.2 SNP图谱构建
3.3 结果与分析
3.3.1 SNP基因分型
3.3.2 作图群体SNP标记多态性分析与分离检测
3.3.3 高密度SNP图谱构建
3.4 讨论
3.4.1 偏分离现象
3.4.2 ‘C0’连锁图谱及其与桃基因组测序数据比对
3.5 本章小结
4 基于连锁图谱的QTL定位
4.1 材料与方法
4.1.1 作图群体
4.1.2 SNP标记检测
4.1.3 表型检测
4.1.4 遗传图谱的构建
4.2 数据分析
4.3 结果与分析
4.3.1 作图群体的表型性状的统计与描述
4.3.2 酸度、质地关联分析及QTL定位
4.4 讨论
4.4.1 F1代杂交群体表型性状的多态性
4.4.2 表型性状的QTL分析
4.5 本章小结
5 结论与展望
参考文献
作者简介及在校期间取得的科研成果
【参考文献】：
期刊论文
[1]全基因组关联分析研究进展[J]. 段忠取,朱军. 浙江大学学报(农业与生命科学版). 2015(04)
[2]应用SSR分子标记技术鉴定张氏红山茶杂交F1代真实性的研究[J]. 李琳琳,黄万坚,刘信凯,高继银,李凯凯,叶创兴,石祥刚. 广东园林. 2014(02)
[3]辣椒杂交种SSR分子标记鉴定及表型比较分析[J]. 刘子记,李静婷,杨衍,曹振木. 华北农学报. 2014(01)
[4]桃基因组及全基因组关/联分析研究进展[J]. 李雄伟,贾惠娟,高中山. 遗传. 2013(10)
[5]几种DNA提取方法对红树植物秋茄叶片DNA提取效果的比较[J]. 仇建标,丁文勇,陈少波. 浙江海洋学院学报(自然科学版). 2012(05)
[6]SSR技术检测‘津优48’种子纯度试验[J]. 杨瑞环,崔兴华,李鹏宇,张桂华,李淑菊. 北方园艺. 2012(16)
[7]茄子SSR多态性引物的筛选及品种纯度鉴定[J]. 王利英,乔军,石瑶,王振英,李素文. 华北农学报. 2012(04)
[8]甘蓝一代杂种纯度SSR鉴定与田间鉴定的一致性研究[J]. 高海娜,张恩慧,李殿荣,王灏,马英夏,许忠民. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2012(05)
[9]梨AFLP标记遗传图谱构建及果实相关性状的QTL定位[J]. 张瑞萍,吴俊,李秀根,杨健,王龙,王苏珂,张绍铃. 园艺学报. 2011(10)
[10]花椰菜新品种浙801杂交种纯度的SSR鉴定[J]. 赵振卿,盛小光,虞慧芳,王建升,张晓辉,顾宏辉. 长江蔬菜. 2011(18)
本文编号：3234581
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