小兰屿蝴蝶兰AP2/ERF基因家族生物信息学分析

发布时间：2021-06-22 20:03

　　AP2/ERF（APETALA2/ethylene-responsive element binding factor）家族,是一类植物转录因子,它们与植物的生长发育和胁迫应答有着密切的联系,是一类备受科学工作者关注的重要转录因子。兰科植物作为世界上最大和分布最广泛的植物大家族之一,拥有着大约736个科属的大约28,000种,以其多种多样的生长形式和复杂特殊的结构而备受关注。小兰屿蝴蝶兰（Phalaenopsis equestris）基因组草图的完成,让我们得以拥有丰富的数据来研究兰科植物的AP2/ERF家族。我们以小兰屿蝴蝶兰全基因组数据为基础,利用生物信息学手段,明确了小兰屿蝴蝶兰AP2/ERF家族的107个转录因子,根据这些转录因子的AP2/ERF结构域特点,系统进化关系以及基因结构,我们将107个AP2/ERF家族转录因子分成了4个亚家族（AP2、ERF、RAV、Soloist）,并在ERF亚家族下分成10个亚组。结合高通量测序数据分析AP2/ERF基因家族在小兰屿蝴蝶兰花、叶、茎、根四个器官中的表达模式,预测小兰屿蝴蝶兰AP2/ERF家族基因可能具有的功能。本研究所获得的结果... 

【文章来源】：中国林业科学研究院北京市

【文章页数】：75 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 绪论
    1.1 引言
        1.1.1 研究背景
        1.1.2 国内外研究现状及评述
    1.2 研究目标和主要研究内容
        1.2.1 关键科学问题与研究目标
        1.2.2 主要研究内容
    1.3 研究技术路线
第二章 试验材料与方法
    2.1 基因预测
    2.2 序列多重比对及系统进化树构建
    2.3 基因结构和保守结构域分析
    2.4 miR172靶基因的预测
    2.5 基因表达模式分析
第三章 结果与分析
    3.1 小兰屿蝴蝶兰AP2/ERF基因的预测
    3.2 系统进化关系分析和序列多重比对
        3.2.1 序列多重比对
        3.2.2 系统进化关系分析
    3.3 基因结构和保守结构域分析
        3.3.1 基因结构分析
        3.3.2 基因保守结构域分析
    3.4 miR172靶基因的预测
    3.5 表达模式分析
第四章 结论与讨论
    4.1 结论
    4.2 讨论
    4.3 展望
参考文献
附录 小兰屿蝴蝶兰AP2/ERF基因家族成员与特征
致谢
详细摘要


【参考文献】：
期刊论文
[1]番茄NAC转录因子家族的鉴定及生物信息学分析[J]. 陈秀玲,王傲雪,张珍珠,李景富.  植物生理学报. 2014(04)
[2]中国兰科植物研究杂记(英文)[J]. 金伟涛,何疆海,朱正明,金效华.  热带亚热带植物学报. 2014(01)
[3]一个小麦AP2/ERF转录因子家族单独亚族基因的克隆及分析[J]. 庄静,陈建民,彭日荷,高峰,朱波,付晓燕,熊爱生,姚泉洪.  麦类作物学报. 2009(05)
[4]毛竹基因组大小和序列构成的比较分析[J]. 桂毅杰,王晟,全丽艳,周昌平,龙士豹,郑华军,金亮,张宪银,马乃训,樊龙江.  中国科学（C辑:生命科学）. 2007(04)
[5]蝴蝶兰组织培养与快速繁殖技术研究进展[J]. 肖丽红,黄鑫文,陈创国.  广东农业科学. 2007(03)
[6]Arabidopsis RAV1 is down-regulated by brassinosteroid and may act as a negative regulator during plant development[J]. Yu Xin HU~*, Yong Hong WANG~*, Xin Fang LIU, Jia Yang LI~(**) Institute of Genetics and Developmental Biology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China..  Cell Research. 2004(01)

博士论文
[1]梅花脱水素基因家族的克隆与功能分析[D]. 杜栋良.北京林业大学 2013

硕士论文
[1]蝴蝶兰组培快繁体系的研究[D]. 杨海燕.安徽农业大学 2006



本文编号：3243452