柑橘叶表细菌种群结构与溃疡病的关联研究
发布时间：2021-06-29 18:37
柑橘溃疡病是一种世界性的植物检疫病害,发病后在叶、枝和果上形成火山口状病斑,影响果实外观,严重时造成落叶落果,影响果树长势、柑橘产量和品质,造成严重的经济损失。柑橘溃疡病的发生除了与品种抗性、田间管理和防治措施等因素密切相关外,还与叶际微生物种群结构及其多样性有一定的关系。而柑橘溃疡病病叶与未发病叶片叶表细菌种群结构的差异,以及叶际微生物与溃疡病菌种群数量变化之间的相关分析一直鲜见报道。因此,本文以患溃疡病的冰糖橙植株为研究对象,采用基于16s rDNA的V3-V4可变区的Miseq测序技术和荧光定量PCR（qPCR）,比较分析发病与未发病冰糖橙叶表细菌种群结构、数量以及叶际细菌与柑橘溃疡病菌种群数量及发病情况的关系；分析讨论溃疡病溃疡病菌发病对冰糖橙叶际细菌种群结构和组成的影响以及发生过程中可能的协同或拮抗菌群。具体研究结果如下：（1）病叶叶表细菌Miseq高通量测序的数据量多于未发病叶片样品。通过Miseq平台测序和后续生物信息学分析,总共从20个样品中获得了390,929条Tags,平均每个样品19,546.45条tags。其中未发病叶片叶表总序列有187,012条tags,平均...
【文章来源】：湖南农业大学湖南省
【文章页数】：62 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
1 前言
1.1 叶际微生物
1.1.1 叶际微生物群落组成
1.1.2 叶际微生物的特点
1.1.3 叶际微生物与外界的互作
1.1.4 影响叶际微生物种群多样性的因素
1.2 柑橘溃疡病
1.3 基于免培养法的微生物多样性研究进展
1.4 本论文的研究目的与意义
2 冰糖橙叶表细菌多样性分析
2.1 试验材料
2.1.1 供试材料
2.1.2 本研究采用的试剂盒及常用试剂
2.1.3 仪器设备
2.2 试验方法
2.2.1 叶表微生物宏基因组DNA的提取
2.2.2 叶表微生物宏基因组DNA质量检测
2.2.3 建立文库与测序
2.3 结果与分析
2.3.1 叶表面微生物宏基因组DNA质量检测
2.3.2 叶表细菌的Miseq测序与分析
2.4 讨论
2.4.1 高通量测序及数据处理
2.4.2 叶表细菌物种及其丰度分析
3 柑橘溃疡病菌种群丰度与发病的关联分析
3.1 试验材料
3.1.1 样品来源
3.1.2 仪器设备
3.2 试验方法
3.2.1 柑橘溃疡病的分离和鉴定
3.2.2 溃疡病发病情指数调查
3.2.3 柑橘溃疡病菌种群丰度的相对定量分析
3.2.4 一些叶表细菌群落与Xanthomonas种群丰度的关联分析
3.3 结果与分析
3.3.1 菌种分离和保存
3.3.2 溃疡病的鉴定
3.3.3 溃疡病发病情况调查结果
3.3.4 柑橘溃疡病菌种群丰度的相对定量分析
3.3.5 一些优势属与Xanthomonas种群丰度的关联分析
3.4 讨论
4 全文总结
4.1 主要结论
4.2 创新点
4.3 展望
参考文献
致谢
作者简历
【参考文献】：
期刊论文
[1]三七疫霉病拮抗根际土壤细菌的筛选及初步鉴定[J]. 杨丽芬,杨建,高玲玲,郭建伟,洪亮,程加省,孔琼,田学军. 红河学院学报. 2016(02)
[2]应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析玉米内生细菌多样性[J]. 陈泽斌,李冰,王定康,余磊,徐胜光,任禛,靳松,戴丽君. 现代食品科技. 2016(02)
[3]5种表面活性剂对铜制剂防治冰糖橙溃疡病效果的影响[J]. 李建挥,张浩琪,李娜,舒广平,谷元洪,邓子牛. 湖南农业科学. 2013(05)
[4]高通量测序技术及其应用[J]. 王兴春,杨致荣,王敏,李玮,李生才. 中国生物工程杂志. 2012(01)
[5]益生菌对肠道菌群的影响——以Lactobacillus casei Zhang研究为例[J]. 张家超,郭壮,孙志宏,陈卫,张和平. 中国食品学报. 2011(09)
[6]利用双重PCR技术检测柑橘溃疡病菌[J]. 陈小帆,莫瑾,左静,王象贤,王光锋,彭梓,钟文英,朱金国. 华南农业大学学报. 2010(03)
[7]荧光定量PCR技术及其应用研究进展[J]. 郭杨,陈世界,郭万柱,李璟. 动物医学进展. 2009(02)
[8]鞘氨醇单胞菌:降解芳香化合物的新型微生物资源[J]. 苟敏,曲媛媛,杨桦,周集体,李昂,关晓燕,艾芳芳. 应用与环境生物学报. 2008(02)
[9]荧光定量PCR技术在环境微生物检测中的应用[J]. 左丽丽,刘永军. 西安航空技术高等专科学校学报. 2008(01)
[10]柑橘溃疡病拮抗菌的分离筛选及其田间防效[J]. 张洪波,巢进,王跃强,王山,谢新文,肖启明. 湖南农业大学学报(自然科学版). 2007(05)
硕士论文
[1]中国四个地区人母乳中微生物多样性研究[D]. 黄卫强.内蒙古农业大学 2015
[2]高通量测序等分子生物学技术研究填埋场生物反应器脱氮微生物群落变化[D]. 王洁.华东师范大学 2014
本文编号：3256948
【文章来源】：湖南农业大学湖南省
【文章页数】：62 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
1 前言
1.1 叶际微生物
1.1.1 叶际微生物群落组成
1.1.2 叶际微生物的特点
1.1.3 叶际微生物与外界的互作
1.1.4 影响叶际微生物种群多样性的因素
1.2 柑橘溃疡病
1.3 基于免培养法的微生物多样性研究进展
1.4 本论文的研究目的与意义
2 冰糖橙叶表细菌多样性分析
2.1 试验材料
2.1.1 供试材料
2.1.2 本研究采用的试剂盒及常用试剂
2.1.3 仪器设备
2.2 试验方法
2.2.1 叶表微生物宏基因组DNA的提取
2.2.2 叶表微生物宏基因组DNA质量检测
2.2.3 建立文库与测序
2.3 结果与分析
2.3.1 叶表面微生物宏基因组DNA质量检测
2.3.2 叶表细菌的Miseq测序与分析
2.4 讨论
2.4.1 高通量测序及数据处理
2.4.2 叶表细菌物种及其丰度分析
3 柑橘溃疡病菌种群丰度与发病的关联分析
3.1 试验材料
3.1.1 样品来源
3.1.2 仪器设备
3.2 试验方法
3.2.1 柑橘溃疡病的分离和鉴定
3.2.2 溃疡病发病情指数调查
3.2.3 柑橘溃疡病菌种群丰度的相对定量分析
3.2.4 一些叶表细菌群落与Xanthomonas种群丰度的关联分析
3.3 结果与分析
3.3.1 菌种分离和保存
3.3.2 溃疡病的鉴定
3.3.3 溃疡病发病情况调查结果
3.3.4 柑橘溃疡病菌种群丰度的相对定量分析
3.3.5 一些优势属与Xanthomonas种群丰度的关联分析
3.4 讨论
4 全文总结
4.1 主要结论
4.2 创新点
4.3 展望
参考文献
致谢
作者简历
【参考文献】：
期刊论文
[1]三七疫霉病拮抗根际土壤细菌的筛选及初步鉴定[J]. 杨丽芬,杨建,高玲玲,郭建伟,洪亮,程加省,孔琼,田学军. 红河学院学报. 2016(02)
[2]应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析玉米内生细菌多样性[J]. 陈泽斌,李冰,王定康,余磊,徐胜光,任禛,靳松,戴丽君. 现代食品科技. 2016(02)
[3]5种表面活性剂对铜制剂防治冰糖橙溃疡病效果的影响[J]. 李建挥,张浩琪,李娜,舒广平,谷元洪,邓子牛. 湖南农业科学. 2013(05)
[4]高通量测序技术及其应用[J]. 王兴春,杨致荣,王敏,李玮,李生才. 中国生物工程杂志. 2012(01)
[5]益生菌对肠道菌群的影响——以Lactobacillus casei Zhang研究为例[J]. 张家超,郭壮,孙志宏,陈卫,张和平. 中国食品学报. 2011(09)
[6]利用双重PCR技术检测柑橘溃疡病菌[J]. 陈小帆,莫瑾,左静,王象贤,王光锋,彭梓,钟文英,朱金国. 华南农业大学学报. 2010(03)
[7]荧光定量PCR技术及其应用研究进展[J]. 郭杨,陈世界,郭万柱,李璟. 动物医学进展. 2009(02)
[8]鞘氨醇单胞菌:降解芳香化合物的新型微生物资源[J]. 苟敏,曲媛媛,杨桦,周集体,李昂,关晓燕,艾芳芳. 应用与环境生物学报. 2008(02)
[9]荧光定量PCR技术在环境微生物检测中的应用[J]. 左丽丽,刘永军. 西安航空技术高等专科学校学报. 2008(01)
[10]柑橘溃疡病拮抗菌的分离筛选及其田间防效[J]. 张洪波,巢进,王跃强,王山,谢新文,肖启明. 湖南农业大学学报(自然科学版). 2007(05)
硕士论文
[1]中国四个地区人母乳中微生物多样性研究[D]. 黄卫强.内蒙古农业大学 2015
[2]高通量测序等分子生物学技术研究填埋场生物反应器脱氮微生物群落变化[D]. 王洁.华东师范大学 2014
本文编号：3256948
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