束花石斛自交不亲和转录组学分析以及相关miRNA的挖掘

发布时间：2021-07-03 10:17

　　植物自交不亲和性（self-incompatibility,SI）是植物在进化过程中形成的一种遗传机制,能够维持植物的遗传多样性,实现遗传重组,在被子植物的进化过程中发挥了重要的作用。目前,在兰科植物中自交亲和性植株占大多数,但也存在自交不亲和的类群,其中束花石斛又占了大约3/4。本研究以国家兰科中心栽培的束花石斛为材料,通过Illumina技术对束花石斛自交和异交的转录组进行了测序及组装,并利用基因克隆、遗传转化等研究手段对束花石斛自交亲和、不亲和的分子机制进行了分析研究,初步筛选出一些有关束花石斛自交不亲和的基因。具体研究结果如下;1)首次对束花石斛进行转录组测序,共获得51,577,372条clean reads,数据量达到5.16G。利用SOAPdenovo软件以及Trinity软件最终组装到91,457个有功能注释的unigenes,其平均长度为1105bp。2)通过对蛋白质数据库进行Blast搜索,共有25,208条Unigene被注释,其中多数基因可划归于44个功能条目、25个蛋白族和256条KEGG途径。3)将束花石斛三个转录组中的All-Unigenes按照表达量（R... 

【文章来源】：深圳大学广东省

【文章页数】：76 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

pCAMBIA1302载体结构示意图

图 6 miRNA 测序信息分析流程2.2.6.3 基于同源性筛选出的潜在候选 miRNA我们可参考 FriedlanderMR 以及 WenM 等人的方法来进行筛选[51,52]。具体方法见附录 72.2.6.4 候选 miRNA 的靶基因预测我们对通过测序得到的 known-miRNA 以及 novel-miRNA 进行靶基因的预测，根据植物 miRNA 独有的特点(与靶基因匹配度高)，因此我们采用了计算机预测的方法对其进行靶基因预测。

束花石斛自交不亲和的转录组学分析及相关 miRNA 的挖掘3、结果与分析石斛转录组测序及其生物信息学分析石斛总 RNA 提取及其质量检测 RNA 经核酸电泳检测结果如下图所示，三个组样品所提28S 两条带，凝胶电泳显示无明显降解情况。通过 NanoDH4、ZH4、CK 组的 RNA 样品的 A260/A280 比值，分别为 1 1.9 和 2.2 之间，并且三个组的 RNA 浓度分别为：325ng/μL、RNA 总量都在 30μg 以上；符合建库要求。

【参考文献】：
期刊论文
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博士论文
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本文编号：3262389