印度南瓜高通量转录组测序与数据分析
发布时间：2021-07-10 01:14
【目的】获得印度南瓜转录组信息特征,为后续印度南瓜基因功能、分子标记、次生代谢途径及其调控机制等分析研究提供科学依据。【方法】本文以印度南瓜叶片为研究对象,采用Illumina HiSeqTM 2000进行高通量转录组测序并进行数据分析。【结果】转录组测序共获得26 083 711个高质量片段（clean reads）,经Trinity de novo组装获得68 073条Unigenes,平均长度1236.73 nt。BLAST分析显示分别有37 542（占总Unigenes的98.34%）、23 946（62.72%）、20 011（52.42%）、15 074（39.48%）、9938（26.03%）、21 414（56.10%）、21 823（57.16%）和33 927（88.87%）个Unigenes在Nr、Swiss-port、KOG、KEGG、COG、GO、Pfam和eggNOG数据库得到注释信息,涉及127个KEGG标准代谢通路,其中包括类黄酮、莨菪烷、哌啶、吡啶生物碱、花色素苷和芥子油苷等次生代谢产物合成途径。借助MISA软件发现5391个SS...
【文章来源】：西南农业学报. 2020,33(10)北大核心CSCD
【文章页数】：13 页
【部分图文】：
Unigene的Nr(A、B、C)及SwissPort(D、E、F)分析
印度南瓜Unigene GO分类
使用BLAST[23]软件将西葫芦转录组测序获得的Unigene序列分别与六大数据库Nr、Swiss-Prot、GO、COG、KOG、eggNOG 4.5和KEGG进行比对。利用KOBAS 2.0和HMMER软件分别与KEGG、Pfam数据库比对获取Unigene响应的注释信息。在各数据库获得的功能注释Unigene统计数如图2所示,总共有38 177条Unigene在上述8个数据库得到注释,其中,Nr数据库注释的Unigene最多,为37 542条(占总Unigenes的98.34 %),其次为Pfam数据库,为33 927条,在COG数据库中注释的结果最少,为9938条(仅占总Unigenes的26.03 %)。图2 Unigene注释统计
【参考文献】：
期刊论文
[1]籽用南瓜种质资源形态学多样性分析[J]. 屈淑平,刘超,葛宇,王冬杰,李雪,崔崇士. 东北农业大学学报. 2013(10)
本文编号：3274879
【文章来源】：西南农业学报. 2020,33(10)北大核心CSCD
【文章页数】：13 页
【部分图文】：
Unigene的Nr(A、B、C)及SwissPort(D、E、F)分析
印度南瓜Unigene GO分类
使用BLAST[23]软件将西葫芦转录组测序获得的Unigene序列分别与六大数据库Nr、Swiss-Prot、GO、COG、KOG、eggNOG 4.5和KEGG进行比对。利用KOBAS 2.0和HMMER软件分别与KEGG、Pfam数据库比对获取Unigene响应的注释信息。在各数据库获得的功能注释Unigene统计数如图2所示,总共有38 177条Unigene在上述8个数据库得到注释,其中,Nr数据库注释的Unigene最多,为37 542条(占总Unigenes的98.34 %),其次为Pfam数据库,为33 927条,在COG数据库中注释的结果最少,为9938条(仅占总Unigenes的26.03 %)。图2 Unigene注释统计
【参考文献】：
期刊论文
[1]籽用南瓜种质资源形态学多样性分析[J]. 屈淑平,刘超,葛宇,王冬杰,李雪,崔崇士. 东北农业大学学报. 2013(10)
本文编号：3274879
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/yylw/3274879.html
