低温胁迫下菊花叶片转录组比较分析
发布时间：2021-07-10 12:40
菊花为我国十大传统名花之一,在园林观赏植物中具有重要地位。菊花在秋冬季节开花过程中经常遭受低温伤害,严重影响其经济和观赏价值,因此关于菊花抗寒性的研究,对菊花生产应用具有重要的意义。本文将菊花品种“金龙腾云”分为两组进行不同温度处理,一组为室温处理（T01）,一组为-8℃处理（T02）,之后通过高通量测序技术对其叶片c DNA进行测序并分析,主要研究结果如下:1)完成2个样品的转录组测序,共得到13.54Gb Clean Data,各样品的Clean Data均达到6.54Gb。De novo组装后获得71,917条Unigene,对Unigene进行功能注释,包括与NR、Swiss-Prot、KEGG、COG、GO数据库的比对,共获得33,282条Unigene的注释结果。并运用MISA软件从Unigene中鉴定出7种类型的SSR。2)对unigene进行Nr、Swiss-Prot注释,COG、GO分类分析,有9,579条序列被注释到COG数据库并被分为24类。一般功能基因预测数目最多,包含2,664条unigene,占27.8%,之后为复制、重组和修复,有1,569条,占16.4%...
【文章来源】：河南农业大学河南省
【文章页数】：51 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
Unigene长度分布图
288(0.05%) 20,669(8.67%) 4,635(6.44%)Total Number 8,120,672 238,436 71,917Total Length 376,073,043 220,175,111 49,945,972N50 Length 47 1,336 1,181Mean Length 46.31 923.41 694.494.3 基因结构分析4.3.1 ORF 预测将 Unigene 与 NR，Swiss-Prot，KEGG 等蛋白数据库进行比对，得到与已知蛋白的基因序列相同或相似的 Unigene，并提取比对结果中的编码区序列（Coding Sequence，CDS）信息。然后按照密码子表将编码区的序列译成氨基酸序列。对于未与已知蛋白库比对上的Unigene，使用 Getorf 软件(http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/getorf.html)进行预测，该软件从正向和反向的前三个碱基开始预测，遇到起始/终止密码子预测结束，选取预测结果中最长的片段作为该 Unigene 最终的 CDS，由此获得这些基因编码的氨基酸序列（图 2，表 3）。在 0-300bpORF 长度 Unigene 比例最高，占到了 69.57％：大于 2000bpORF长度的最少，仅为 2.26％。
河南农业大学硕士论文 结果与分析part）、细胞（cell）和细胞器（organelle）所占的比例最高，分别有 14,984 条、14,812 条和12,638 条。分子功能类型中催化活性（catalytic activity）和蛋白结合（binding）所占的比例最高，各有 12,594 条和 11,555 条。生物过程类型中，代谢过程（metabolic process）和细胞过程（cellular process）所占的比例最高，分别为 16,249 条与 15,085 条。
【参考文献】：
期刊论文
[1]低温胁迫下脱落酸对金钗石斛膜透性和内源激素的影响[J]. 陈明辉,张志录,佟伟霜,杨风岭. 北方园艺. 2015(23)
[2]杉木转录组SSR挖掘及EST-SSR标记规模化开发[J]. 文亚峰,韩文军,周宏,徐刚标. 林业科学. 2015(11)
[3]冷诱导基因转录因子CBF1转入黄瓜的研究[J]. 谭克,赵福顺,吴慧杰,宋述尧. 北方园艺. 2015(09)
[4]牡丹‘洛阳红’芽休眠低温解除中需冷量和生理生化动态变化[J]. 高燕,蒋昌华,宋垚,叶康,奉树成. 林业科技开发. 2015(03)
[5]枇杷幼果PLD和LOX对低温胁迫的响应[J]. 吴锦程,吴毕莎,黄审剑,陈祠贤,颜亮,许宏斌,林建琼. 植物科学学报. 2015(02)
[6]低温下冬小麦水分含量的变化与抗寒性鉴定[J]. 王涛,王晓楠,王明芳,孙莹璐,李卓夫,付连双. 作物杂志. 2015(01)
[7]菊花脂肪酸脱饱和酶基因CmFAD7的克隆与表达分析[J]. 李永华,王翠丽,李永,杨秋生. 园艺学报. 2015(01)
[8]低温条件下不同抗寒性薰衣草内源激素的变化[J]. 田小霞,孟林,毛培春,郭强. 植物生理学报. 2014(11)
[9]低温胁迫下火龙果的半致死温度及抗寒性分析[J]. 邓仁菊,范建新,王永清,金吉芬,刘涛. 植物生理学报. 2014(11)
[10]低温胁迫下不同种源香椿含水量和渗透调节物质含量差异及其与抗寒性的相关性[J]. 杨玉珍,陈刚,彭方仁,王国霞,罗青,马晓. 植物资源与环境学报. 2014(04)
博士论文
[1]麻疯树的抗冷性和SAD基因的克隆及表达研究[D]. 罗通.四川大学 2006
本文编号：3275927
【文章来源】：河南农业大学河南省
【文章页数】：51 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
Unigene长度分布图
288(0.05%) 20,669(8.67%) 4,635(6.44%)Total Number 8,120,672 238,436 71,917Total Length 376,073,043 220,175,111 49,945,972N50 Length 47 1,336 1,181Mean Length 46.31 923.41 694.494.3 基因结构分析4.3.1 ORF 预测将 Unigene 与 NR，Swiss-Prot，KEGG 等蛋白数据库进行比对，得到与已知蛋白的基因序列相同或相似的 Unigene，并提取比对结果中的编码区序列（Coding Sequence，CDS）信息。然后按照密码子表将编码区的序列译成氨基酸序列。对于未与已知蛋白库比对上的Unigene，使用 Getorf 软件(http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/getorf.html)进行预测，该软件从正向和反向的前三个碱基开始预测，遇到起始/终止密码子预测结束，选取预测结果中最长的片段作为该 Unigene 最终的 CDS，由此获得这些基因编码的氨基酸序列（图 2，表 3）。在 0-300bpORF 长度 Unigene 比例最高，占到了 69.57％：大于 2000bpORF长度的最少，仅为 2.26％。
河南农业大学硕士论文 结果与分析part）、细胞（cell）和细胞器（organelle）所占的比例最高，分别有 14,984 条、14,812 条和12,638 条。分子功能类型中催化活性（catalytic activity）和蛋白结合（binding）所占的比例最高，各有 12,594 条和 11,555 条。生物过程类型中，代谢过程（metabolic process）和细胞过程（cellular process）所占的比例最高，分别为 16,249 条与 15,085 条。
【参考文献】：
期刊论文
[1]低温胁迫下脱落酸对金钗石斛膜透性和内源激素的影响[J]. 陈明辉,张志录,佟伟霜,杨风岭. 北方园艺. 2015(23)
[2]杉木转录组SSR挖掘及EST-SSR标记规模化开发[J]. 文亚峰,韩文军,周宏,徐刚标. 林业科学. 2015(11)
[3]冷诱导基因转录因子CBF1转入黄瓜的研究[J]. 谭克,赵福顺,吴慧杰,宋述尧. 北方园艺. 2015(09)
[4]牡丹‘洛阳红’芽休眠低温解除中需冷量和生理生化动态变化[J]. 高燕,蒋昌华,宋垚,叶康,奉树成. 林业科技开发. 2015(03)
[5]枇杷幼果PLD和LOX对低温胁迫的响应[J]. 吴锦程,吴毕莎,黄审剑,陈祠贤,颜亮,许宏斌,林建琼. 植物科学学报. 2015(02)
[6]低温下冬小麦水分含量的变化与抗寒性鉴定[J]. 王涛,王晓楠,王明芳,孙莹璐,李卓夫,付连双. 作物杂志. 2015(01)
[7]菊花脂肪酸脱饱和酶基因CmFAD7的克隆与表达分析[J]. 李永华,王翠丽,李永,杨秋生. 园艺学报. 2015(01)
[8]低温条件下不同抗寒性薰衣草内源激素的变化[J]. 田小霞,孟林,毛培春,郭强. 植物生理学报. 2014(11)
[9]低温胁迫下火龙果的半致死温度及抗寒性分析[J]. 邓仁菊,范建新,王永清,金吉芬,刘涛. 植物生理学报. 2014(11)
[10]低温胁迫下不同种源香椿含水量和渗透调节物质含量差异及其与抗寒性的相关性[J]. 杨玉珍,陈刚,彭方仁,王国霞,罗青,马晓. 植物资源与环境学报. 2014(04)
博士论文
[1]麻疯树的抗冷性和SAD基因的克隆及表达研究[D]. 罗通.四川大学 2006
本文编号：3275927
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/yylw/3275927.html
