基于叶绿体基因组的葡萄属分子系统学研究
发布时间：2021-07-10 14:02
全世界分布葡萄属植物约有70余种,由于种间杂交频繁,形态变异较为复杂,部分葡萄属植物的分类存在争议。目前有关葡萄属的进化研究相对较少,而国内的研究也多停留在形态方面,分子系统学研究开展的较少。叶绿体基因组在研究植物系统进化关系方面具有独特的价值,本研究选取叶绿体基因组为研究对象。首先,对实验室前期组装得到的22个葡萄种的24个叶绿体基因组的重复序列、IR区段的收缩和扩张、基因组变异、密码子偏好性、序列分化等进行系列比较分析。进而,利用叶绿体基因组对葡萄属系统发育关系进行重建,主要的研究结果如下:1.重复序列分析表明,24个葡萄属植物重复序列多分布在叶绿体基因组的非编码区,不同种之间重复序列的数量均变化不大;IR区的收缩和扩张分析表明,大多数中国野生葡萄的ycf1假基因距JSA边界为0bp,北美野生葡萄ycf1假基因距JSA边界大都为20bp左右,表明与北美野生葡萄相比,中国野生葡萄叶绿体基因组IR序列发生了明显的收缩;去除叶绿体基因组的IRB区域后,以刺葡萄塘尾葡萄为参考序列,从其他23个葡萄属植物叶绿体基因组中共检测到2238个变异位点,其中包括1817个SNP位点,421个INDE...
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：51 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
4个葡萄属植物重复序列分析
16图 2.3 葡萄叶绿体基因组 SNP、INDEL 和核酸多样性（PI）的分布从内圈到外圈，分别显示了 GC 含量、SNP 的密度、Indel 密度及核酸多样性的分布Fig 2.3 Distribution of SNP, Indel and Pi in grape chloroplast genomeFrom the inner ring to the outer ring, the GC content, the density of the SNP, the Indel density, and thedistribution of nucleic acid diversity were shown
4个葡萄属植物叶绿体基因组遗传距离分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]普通油茶叶绿体基因组密码子偏好性分析[J]. 王鹏良,杨利平,吴红英,农有良,吴双成,肖玉菲,覃子海,王华宇,刘海龙. 广西植物. 2018(02)
[2]Whole genome re-sequencing reveals evolutionary patterns of sacred lotus（Nelumbo nucifera）[J]. Longyu Huang,Mei Yang,Ling Li,Hui Li,Dong Yang,Tao Shi,Pingfang Yang. Journal of Integrative Plant Biology. 2018(01)
[3]果树叶绿体基因组测序及系统发育研究进展[J]. 程慧,葛春峰,张红,乔玉山. 核农学报. 2018(01)
[4]马尾松叶绿体基因组密码子偏好性分析[J]. 叶友菊,倪州献,白天道,徐立安. 基因组学与应用生物学. 2018(10)
[5]为什么在物种概念上难以达成共识?[J]. 张德兴. 生物多样性. 2016(09)
[6]生物多样性事业需要科学、可操作的物种概念[J]. 洪德元. 生物多样性. 2016(09)
[7]什么是物种:进化连续性与分类间断性冲突的产物[J]. 卢宝荣,王哲. 科学通报. 2016(24)
[8]利用ISSR和叶绿体trnL-trnF序列变异研究葡萄种质资源的遗传多样性和系统发育关系[J]. 王蕾,张娟,刘林德,张莉,魏丽娟,胡德昌,邓世斌. 鲁东大学学报(自然科学版). 2015(01)
[9]刺葡萄花粉形态观察[J]. 王美军,黄乐,蒋建雄,杨国顺,刘昆玉,钟晓红,石雪晖. 果树学报. 2014(04)
[10]葡萄花粉形态学研究[J]. 宋军阳,侯鸿敏,周威,王西平. 西北农业学报. 2014(04)
博士论文
[1]杨属分子系统发育重建及其演化历史研究[D]. 刘霞.中国林业科学研究院 2017
硕士论文
[1]基于叶绿体基因组测序对中国野生葡萄进化及系统发育的研究[D]. 谢海坤.中国农业科学院 2017
[2]中国野生葡萄种质资源的亲缘关系研究[D]. 张旭彤.西北农林科技大学 2012
本文编号：3276049
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：51 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
4个葡萄属植物重复序列分析
16图 2.3 葡萄叶绿体基因组 SNP、INDEL 和核酸多样性（PI）的分布从内圈到外圈，分别显示了 GC 含量、SNP 的密度、Indel 密度及核酸多样性的分布Fig 2.3 Distribution of SNP, Indel and Pi in grape chloroplast genomeFrom the inner ring to the outer ring, the GC content, the density of the SNP, the Indel density, and thedistribution of nucleic acid diversity were shown
4个葡萄属植物叶绿体基因组遗传距离分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]普通油茶叶绿体基因组密码子偏好性分析[J]. 王鹏良,杨利平,吴红英,农有良,吴双成,肖玉菲,覃子海,王华宇,刘海龙. 广西植物. 2018(02)
[2]Whole genome re-sequencing reveals evolutionary patterns of sacred lotus（Nelumbo nucifera）[J]. Longyu Huang,Mei Yang,Ling Li,Hui Li,Dong Yang,Tao Shi,Pingfang Yang. Journal of Integrative Plant Biology. 2018(01)
[3]果树叶绿体基因组测序及系统发育研究进展[J]. 程慧,葛春峰,张红,乔玉山. 核农学报. 2018(01)
[4]马尾松叶绿体基因组密码子偏好性分析[J]. 叶友菊,倪州献,白天道,徐立安. 基因组学与应用生物学. 2018(10)
[5]为什么在物种概念上难以达成共识?[J]. 张德兴. 生物多样性. 2016(09)
[6]生物多样性事业需要科学、可操作的物种概念[J]. 洪德元. 生物多样性. 2016(09)
[7]什么是物种:进化连续性与分类间断性冲突的产物[J]. 卢宝荣,王哲. 科学通报. 2016(24)
[8]利用ISSR和叶绿体trnL-trnF序列变异研究葡萄种质资源的遗传多样性和系统发育关系[J]. 王蕾,张娟,刘林德,张莉,魏丽娟,胡德昌,邓世斌. 鲁东大学学报(自然科学版). 2015(01)
[9]刺葡萄花粉形态观察[J]. 王美军,黄乐,蒋建雄,杨国顺,刘昆玉,钟晓红,石雪晖. 果树学报. 2014(04)
[10]葡萄花粉形态学研究[J]. 宋军阳,侯鸿敏,周威,王西平. 西北农业学报. 2014(04)
博士论文
[1]杨属分子系统发育重建及其演化历史研究[D]. 刘霞.中国林业科学研究院 2017
硕士论文
[1]基于叶绿体基因组测序对中国野生葡萄进化及系统发育的研究[D]. 谢海坤.中国农业科学院 2017
[2]中国野生葡萄种质资源的亲缘关系研究[D]. 张旭彤.西北农林科技大学 2012
本文编号：3276049
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