黄花菜秋水仙碱合成相关基因筛选及遗传图谱构建
发布时间：2021-07-11 14:31
黄花菜（Hemerocallis citrina Baroni）是一种在我国栽培范围广泛的药食兼用型功能性蔬菜,由于新鲜花蕾含有次生代谢物秋水仙碱,过量食用易引起中毒反应。同时,我国黄花菜种质资源丰富,由于有性繁殖世代周期长,生产上多采用无性繁殖,导致黄花菜有性杂交育种进展缓慢,缺少对优良品种与性状的系统性选育。开展黄花菜秋水仙碱生物合成相关基因筛选及遗传图谱构建,有利于完成黄花菜农艺性状相关基因的定位与克隆,摸清黄花菜秋水仙碱合成相关基因,为后期分子标记辅助选择育种奠定理论基础。本研究以山西大同地方品种’大同’黄花菜盛花期的根、即将开放花蕾和叶为试验材料,基于IlluminaHiSeq 2500平台进行转录组测序,筛选与秋水仙碱合成相关的基因;开发适用于黄花菜实时荧光定量PCR的内参基因,并对其稳定性进行评价;以转录组测序为基础,开发EST-SSR分子标记,利用黄花菜种内、黄花菜与萱草种间杂交群体构建种内及种间遗传图谱,为黄花菜基因定位、表达分析及分子标记辅助选择育种奠定基础。主要研究结果如下:1.以黄花菜地方品种’大同’盛花期的根、即将开放花蕾和叶为材料进行转录组测序,经组装获得9...
【文章来源】：山西农业大学山西省
【文章页数】：129 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图１－２遗传重组与配子类型??
占全部Ｕｎｉｇｅｎｅ的１４．２１％。各长度范围内Ｕｎｉｇｅｎｅ数量如图２－２所不。??表２－１样品测序数据评估统计??Ｔａｂｌｅ?２－１?Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ?ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ?ｏｆ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｄａｔａ?ｆｒｏｍ?ｓａｍｐｌｅｓ??￣Ｒｅａｄｓ总数?ＧＣ含量￣￣质量值ＳＯ的碱基百分比??Ｓａｍｐｌｅ?Ｒｅａｄｓ?ｎｕｍｂｅｒ?ＧＣ?ｃｏｎｔｅｎｔ?Ｑ３０?ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ??根?１７８２８６５２?４７．４４％?９１．４７％??花蕾?１９８６１３９３?４７．８８％?９０．３２％??叶?１８４７０４７０?４９．３４％?９０．０９％???Ｈｅｍｅｒｏｃａｌｌｉｓ?Ｕｎｉｇｅｎｅ?Ｌｅｎｇｔｈ?Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??１０００００?－??１００００?－?Ｉ?Ｉ??ｉ：?Ｍｌｌｌｉ麵ｉｌｌ??識爾滞ｐ鱗ＰＳ？纖娜娜，??Ｌｅｎｇｔｈ?（ｎｔ）??图２－２?Ｕｎｉｇｅｎｅ长度分布图??Ｆｉｇ．?２－２?Ｕｎｉｇｅｎｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??２．２基因功能注释??利用ＢＬＡＳＴ软件对Ｕｎｉｇｅｎｅ进行功能注释，将Ｕｎｉｇｅｎｅ序列与ＮＲ、Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ、??ＧＯ、ＣＯＧ、ＫＯＧ、ＫＥＧＧ及Ｐｆｃｍ等７个数据库进行比对，获得Ｕｎｉｇｅｎｅ的功能注释（表??２－２）。ＢＬＡＳＴ?参数?Ｅ－ｖａｌｕｅ?不大于?ＫＴ５，?ＨＭＭＥＲ?参数?Ｅ－ｖａｌｕｅ?不大于?ＨＴ＇?通过?ＢＬＡＳＴ??比对，最终获得４１７９６个有注释信息的Ｕｎｉｇｅｎｅ。其中ＮＲ数据库中注释到的Ｕｎｉｇｅｎｅ??数目最多
其余催化反应中所涉及到的６种酶（多酚氧化酶、酪氨酸脱羧酶、细胞色素??Ｐ－４５０氧化酶、０－甲基转移酶、脱甲酰酶、Ｎ－乙酰转移酶）均已经过生物化学同位素示??踪法鉴定（图２－３）。??ｃｙｔｏｃｌｉｒｏｔｉｉ？?０－??Ｐ－４Ｓ８?（０？＞?（Ｃ？ｔ）??Ｕ４．２１??（Ｓ）－ａｕｔｕｍｎａｌｍｅ??ＭＳ）?－ｉｓｏ?ｔｌｒｏｃｙ?ｍｂｉ？ｅ????？？０－ｎｖｅｔｈｖｌＡ？ｎＪｒ〇＃郑浚浚猓椋浚觯澹崳?（＼?＾??Ｍ?２?Ｈ２０?ａｄｅｎｏ？ｙｌ－ｌ?－ｍｅｔｈｉｏｎｉｎｅ?＾＇－ａ＾ｅｔｔｏｓ＾－ｔ－ｈｏｍｏｅｖｓｔｅｉｎｅ??ｏｘｙｅｊｅｓｉ?ｒｊＡＤＰ＂?Ｈ４??ＮＡＤＰＨ?ｃｖｔｏｃｈｒｏｍｅ?Ｐ４ＳＳ?／??Ｉ?１４?１３．－?、、＇＊Ｈｌ２．０??ｄｇＡｃｅｔ＾ｋｏｋｈｉｃｉｆｉａ?Ｎ－?Ｎ－ｆ〇ｆｔ？＾ｄｆｔｍｅｃａｆｃｉ？ｅ??ａｃｅｔｙｌｔｒａｉ＾ｓｆｅｒＡｓｅ?（Ｃａ）?ｌ＾ｐｏｉ＾ｔｉｃｄ｝?＜Ｓｅｆｏｎ｝？ｖｌａｓｃ?｛Ｃａ）??２?３?Ｓ?－?１?１４．１３－?３５１?－?＾??（Ｓ）－ｃｏｌｃｈｉｃｉｎｅ－＾?—??ｄｅａｃｃｔｖｌｃｏｋＷｃｒｎｅ－４?—－－ｒ—ｄｅｍｅｃｅｉｃｍｅ－＾ｉ??Ｎ－ｆｏｒｎｔｙｌｄｅｎｖｅｃｏｌｃｕｉｅ??ｉ?＼?ｔ?＼
【参考文献】：
期刊论文
[1]杉木多倍体变异苗诱导及倍性鉴定[J]. 胡瑞阳,段红静,林华忠,吴博,纳静,方禄明,余小龙,孙宇涵,李云. 核农学报. 2016(08)
[2]庆阳黄花菜的优势分析及产业化建议[J]. 张博,石国玺,李东波. 北方园艺. 2016(11)
[3]黄花菜种植技术[J]. 孙波,任金华,洪静. 特种经济动植物. 2015(11)
[4]昼夜开花萱草杂交后代花朵开闭时间[J]. 贾贺燕,高亦珂,何琦,朱琳,张启翔. 东北林业大学学报. 2014(07)
[5]百合三种主要病毒的RT-PCR检测及脱毒技术研究[J]. 陈进,李晓昕,袁雪,易瑾,罗弦,赵阳,义鸣放. 农业生物技术学报. 2013(04)
[6]兰州百合多倍体诱导及鉴定[J]. 刘静,赵庆芳,丁兰. 北方园艺. 2011(18)
[7]植物萜类合成酶及其代谢调控的研究进展[J]. 岳跃冲,范燕萍. 园艺学报. 2011(02)
[8]基于高通量测序454 GS FLX的丹参转录组学研究[J]. 李滢,孙超,罗红梅,李西文,牛云云,陈士林. 药学学报. 2010(04)
[9]秋水仙碱诱导梨离体叶片再生多倍体[J]. 孙洪雁,孙清荣,辛力. 西北植物学报. 2009(09)
[10]大豆分子标记遗传图谱的整合及其应用[J]. 周斌,邢邯,陈受宜,盖钧镒. 大豆科学. 2009(04)
博士论文
[1]茶树遗传图谱与品种指纹图谱构建及几个重要性状的QTL定位[D]. 谭礼强.四川农业大学 2016
[2]苹果高密度遗传连锁图谱构建与重要果实品质性状QTL定位[D]. 孙瑞.中国农业大学 2015
[3]郁金香遗传连锁图谱构建及主要真菌病害抗性QTL定位[D]. 唐楠.西北农林科技大学 2014
[4]中药治疗痛风的疗效及不良反应的循证研究[D]. 吴莹.广州中医药大学 2014
[5]基于转录组测序的石斛生物碱和人参皂苷生物合成相关基因的发掘、克隆及鉴定[D]. 郭溆.北京协和医学院 2013
[6]莲野生居群遗传多样性评价及高密度遗传连锁图谱的构建[D]. 刘艳玲.华中农业大学 2013
[7]茶树高密度遗传图谱构建及重要性状QTL定位[D]. 马建强.中国农业科学院 2013
[8]杜仲遗传连锁图谱构建及重要性状的分子标记[D]. 王大玮.西北农林科技大学 2011
[9]萱草属（Hemerocallis spp.）种质资源亲缘关系及种内杂交新种质选择[D]. 朱云华.南京林业大学 2010
[10]萱草属部分种和栽培品种资源调查及亲缘关系研究[D]. 黎海利.北京林业大学 2008
硕士论文
[1]红掌分子图谱构建及与花色连锁分子标记筛选[D]. 蒋锦雷.华南农业大学 2016
[2]萝卜四倍体的诱导及离体再生体系的建立[D]. 黄俊豪.山东农业大学 2016
[3]两个大花萱草品种杂交后代形态学和细胞学研究[D]. 高超利.河北农业大学 2015
[4]二倍体马铃薯遗传图谱构建及薯形QTL分析[D]. 李梦台.华中农业大学 2015
[5]萱草属植物营养成分分析及品质评价[D]. 杨利.吉林农业大学 2014
[6]基于RNA-Seq的阳春砂果实发育过程中糖和萜类代谢的研究[D]. 于安民.广州中医药大学 2014
[7]漳州水仙鳞茎盘转录组分析及类黄酮合成途径基因的表达[D]. 罗鹏.福建农林大学 2014
[8]不同倍性大花萱草杂交亲和性的研究[D]. 雷媛.山西农业大学 2013
[9]黄花菜中秋水仙碱的提取及其抑菌性能研究[D]. 朱礼芳.福建农林大学 2013
[10]不同倍性萱草（Hemerocallis spp.&cvs.）杂交育种研究[D]. 何琦.北京林业大学 2012
本文编号：3278276
【文章来源】：山西农业大学山西省
【文章页数】：129 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图１－２遗传重组与配子类型??
占全部Ｕｎｉｇｅｎｅ的１４．２１％。各长度范围内Ｕｎｉｇｅｎｅ数量如图２－２所不。??表２－１样品测序数据评估统计??Ｔａｂｌｅ?２－１?Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ?ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ?ｏｆ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｄａｔａ?ｆｒｏｍ?ｓａｍｐｌｅｓ??￣Ｒｅａｄｓ总数?ＧＣ含量￣￣质量值ＳＯ的碱基百分比??Ｓａｍｐｌｅ?Ｒｅａｄｓ?ｎｕｍｂｅｒ?ＧＣ?ｃｏｎｔｅｎｔ?Ｑ３０?ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ??根?１７８２８６５２?４７．４４％?９１．４７％??花蕾?１９８６１３９３?４７．８８％?９０．３２％??叶?１８４７０４７０?４９．３４％?９０．０９％???Ｈｅｍｅｒｏｃａｌｌｉｓ?Ｕｎｉｇｅｎｅ?Ｌｅｎｇｔｈ?Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??１０００００?－??１００００?－?Ｉ?Ｉ??ｉ：?Ｍｌｌｌｉ麵ｉｌｌ??識爾滞ｐ鱗ＰＳ？纖娜娜，??Ｌｅｎｇｔｈ?（ｎｔ）??图２－２?Ｕｎｉｇｅｎｅ长度分布图??Ｆｉｇ．?２－２?Ｕｎｉｇｅｎｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??２．２基因功能注释??利用ＢＬＡＳＴ软件对Ｕｎｉｇｅｎｅ进行功能注释，将Ｕｎｉｇｅｎｅ序列与ＮＲ、Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ、??ＧＯ、ＣＯＧ、ＫＯＧ、ＫＥＧＧ及Ｐｆｃｍ等７个数据库进行比对，获得Ｕｎｉｇｅｎｅ的功能注释（表??２－２）。ＢＬＡＳＴ?参数?Ｅ－ｖａｌｕｅ?不大于?ＫＴ５，?ＨＭＭＥＲ?参数?Ｅ－ｖａｌｕｅ?不大于?ＨＴ＇?通过?ＢＬＡＳＴ??比对，最终获得４１７９６个有注释信息的Ｕｎｉｇｅｎｅ。其中ＮＲ数据库中注释到的Ｕｎｉｇｅｎｅ??数目最多
其余催化反应中所涉及到的６种酶（多酚氧化酶、酪氨酸脱羧酶、细胞色素??Ｐ－４５０氧化酶、０－甲基转移酶、脱甲酰酶、Ｎ－乙酰转移酶）均已经过生物化学同位素示??踪法鉴定（图２－３）。??ｃｙｔｏｃｌｉｒｏｔｉｉ？?０－??Ｐ－４Ｓ８?（０？＞?（Ｃ？ｔ）??Ｕ４．２１??（Ｓ）－ａｕｔｕｍｎａｌｍｅ??ＭＳ）?－ｉｓｏ?ｔｌｒｏｃｙ?ｍｂｉ？ｅ????？？０－ｎｖｅｔｈｖｌＡ？ｎＪｒ〇＃郑浚浚猓椋浚觯澹崳?（＼?＾??Ｍ?２?Ｈ２０?ａｄｅｎｏ？ｙｌ－ｌ?－ｍｅｔｈｉｏｎｉｎｅ?＾＇－ａ＾ｅｔｔｏｓ＾－ｔ－ｈｏｍｏｅｖｓｔｅｉｎｅ??ｏｘｙｅｊｅｓｉ?ｒｊＡＤＰ＂?Ｈ４??ＮＡＤＰＨ?ｃｖｔｏｃｈｒｏｍｅ?Ｐ４ＳＳ?／??Ｉ?１４?１３．－?、、＇＊Ｈｌ２．０??ｄｇＡｃｅｔ＾ｋｏｋｈｉｃｉｆｉａ?Ｎ－?Ｎ－ｆ〇ｆｔ？＾ｄｆｔｍｅｃａｆｃｉ？ｅ??ａｃｅｔｙｌｔｒａｉ＾ｓｆｅｒＡｓｅ?（Ｃａ）?ｌ＾ｐｏｉ＾ｔｉｃｄ｝?＜Ｓｅｆｏｎ｝？ｖｌａｓｃ?｛Ｃａ）??２?３?Ｓ?－?１?１４．１３－?３５１?－?＾??（Ｓ）－ｃｏｌｃｈｉｃｉｎｅ－＾?—??ｄｅａｃｃｔｖｌｃｏｋＷｃｒｎｅ－４?—－－ｒ—ｄｅｍｅｃｅｉｃｍｅ－＾ｉ??Ｎ－ｆｏｒｎｔｙｌｄｅｎｖｅｃｏｌｃｕｉｅ??ｉ?＼?ｔ?＼
【参考文献】：
期刊论文
[1]杉木多倍体变异苗诱导及倍性鉴定[J]. 胡瑞阳,段红静,林华忠,吴博,纳静,方禄明,余小龙,孙宇涵,李云. 核农学报. 2016(08)
[2]庆阳黄花菜的优势分析及产业化建议[J]. 张博,石国玺,李东波. 北方园艺. 2016(11)
[3]黄花菜种植技术[J]. 孙波,任金华,洪静. 特种经济动植物. 2015(11)
[4]昼夜开花萱草杂交后代花朵开闭时间[J]. 贾贺燕,高亦珂,何琦,朱琳,张启翔. 东北林业大学学报. 2014(07)
[5]百合三种主要病毒的RT-PCR检测及脱毒技术研究[J]. 陈进,李晓昕,袁雪,易瑾,罗弦,赵阳,义鸣放. 农业生物技术学报. 2013(04)
[6]兰州百合多倍体诱导及鉴定[J]. 刘静,赵庆芳,丁兰. 北方园艺. 2011(18)
[7]植物萜类合成酶及其代谢调控的研究进展[J]. 岳跃冲,范燕萍. 园艺学报. 2011(02)
[8]基于高通量测序454 GS FLX的丹参转录组学研究[J]. 李滢,孙超,罗红梅,李西文,牛云云,陈士林. 药学学报. 2010(04)
[9]秋水仙碱诱导梨离体叶片再生多倍体[J]. 孙洪雁,孙清荣,辛力. 西北植物学报. 2009(09)
[10]大豆分子标记遗传图谱的整合及其应用[J]. 周斌,邢邯,陈受宜,盖钧镒. 大豆科学. 2009(04)
博士论文
[1]茶树遗传图谱与品种指纹图谱构建及几个重要性状的QTL定位[D]. 谭礼强.四川农业大学 2016
[2]苹果高密度遗传连锁图谱构建与重要果实品质性状QTL定位[D]. 孙瑞.中国农业大学 2015
[3]郁金香遗传连锁图谱构建及主要真菌病害抗性QTL定位[D]. 唐楠.西北农林科技大学 2014
[4]中药治疗痛风的疗效及不良反应的循证研究[D]. 吴莹.广州中医药大学 2014
[5]基于转录组测序的石斛生物碱和人参皂苷生物合成相关基因的发掘、克隆及鉴定[D]. 郭溆.北京协和医学院 2013
[6]莲野生居群遗传多样性评价及高密度遗传连锁图谱的构建[D]. 刘艳玲.华中农业大学 2013
[7]茶树高密度遗传图谱构建及重要性状QTL定位[D]. 马建强.中国农业科学院 2013
[8]杜仲遗传连锁图谱构建及重要性状的分子标记[D]. 王大玮.西北农林科技大学 2011
[9]萱草属（Hemerocallis spp.）种质资源亲缘关系及种内杂交新种质选择[D]. 朱云华.南京林业大学 2010
[10]萱草属部分种和栽培品种资源调查及亲缘关系研究[D]. 黎海利.北京林业大学 2008
硕士论文
[1]红掌分子图谱构建及与花色连锁分子标记筛选[D]. 蒋锦雷.华南农业大学 2016
[2]萝卜四倍体的诱导及离体再生体系的建立[D]. 黄俊豪.山东农业大学 2016
[3]两个大花萱草品种杂交后代形态学和细胞学研究[D]. 高超利.河北农业大学 2015
[4]二倍体马铃薯遗传图谱构建及薯形QTL分析[D]. 李梦台.华中农业大学 2015
[5]萱草属植物营养成分分析及品质评价[D]. 杨利.吉林农业大学 2014
[6]基于RNA-Seq的阳春砂果实发育过程中糖和萜类代谢的研究[D]. 于安民.广州中医药大学 2014
[7]漳州水仙鳞茎盘转录组分析及类黄酮合成途径基因的表达[D]. 罗鹏.福建农林大学 2014
[8]不同倍性大花萱草杂交亲和性的研究[D]. 雷媛.山西农业大学 2013
[9]黄花菜中秋水仙碱的提取及其抑菌性能研究[D]. 朱礼芳.福建农林大学 2013
[10]不同倍性萱草（Hemerocallis spp.&cvs.）杂交育种研究[D]. 何琦.北京林业大学 2012
本文编号：3278276
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