金针菇类扩张蛋白fvexpl2鉴定及其表达模式分析

发布时间：2021-07-19 21:15

　　基于金针菇基因组与转录组数据,利用在线软件BLAST鉴定了一个扩张蛋白类似物编码基因,命名为fvexpl2,并对其基因结构进行了鉴定,通过构建进化树的方法分析了fvexpl2与担子菌、子囊菌扩张蛋白类似物以及植物扩张蛋白之间的亲缘关系。结果表明:扩张蛋白类似物外显子的数目为4个,内含子的数目为3个,并且CDS的长度是438 bp,分子量为15 746.88 Da,等电点为4.93;进化树图显示fvexpl2与担子菌类扩张蛋白处于同一亚支,亲缘关系较近。实时荧光定量PCR结果则表明fvexpl2在菌柄伸长部位具有较高的表达水平,其表达水平远远高于菌盖、原基以及菌丝部位的表达水平,且其在伸长较快部位表达水平显著高于伸长较慢部位表达水平,所以fvexpl2可能对菌柄伸长起重要作用。 

【文章来源】：北方园艺. 2020,(12)北大核心

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

FVEXPL2系统进化分析

对fvexpl2基因组序列前后延长500 bp,作为参考序列,传至ZOOM软件利用金针菇转录组数据进行结构分析,发现其有4个外显子,3个内含子,内含子与外显子相接处为GT-AG,起止位置分别为638～688、806～859和948～997,长度分别是51、54、50 bp。去除内含子序列后,得到fvexpl2的CDS序列,长438 bp,可编码146个氨基酸。利用GSDS2.0绘制其结构(图2)。参数设置:reads为pair-end的模式;reads的容错长度为40 bp。图2 fvexpl2的基因结构

fvexpl2的基因结构

【参考文献】：
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本文编号：3291445