康定樱桃居群遗传多样性的SSR分析
发布时间：2021-08-07 00:03
康定樱桃（Cerasus tatsienensis（Batal.）Yu et Li）隶属于蔷薇科Rosaceae樱属Cerasus,为我国特有种,种质资源丰富,广泛分布于中国的中部和西南部。其观赏价值与木材加工价值很高,可在引种驯化后投入应用。不过,野生康定樱桃的生存空间受到了自然环境恶化和人为破坏等因素的冲击,且国内外对康定樱桃野生资源的系统研究极少。因此,对康定樱桃开展居群遗传多样性与遗传结构的研究,收集利用野生优良康定樱桃资源,以及改良康定樱桃的遗传特性等都具有重要意义。从康定樱桃自然分布区中,采集了17个具有代表性群体的实验材料,经过CTAB-硅珠法提取其总DNA,筛选得到的25对SSR引物,用10μl的PCR体系进行扩增,再经过8%尿素-聚丙烯酰胺变性胶电泳及银染过程得到目的条带。运用GenAlEx 6.502软件、Popgen 32软件、NTSYSpc 2.10e软件、Structure软件分析康定樱桃的相关遗传数据,分析康定樱桃居群的遗传多样性及遗传结构,讨论影响其遗传多样性及遗传结构的内外部因素。主要研究结果如下:（1）康定樱桃的遗传多样性。对上述17个居群的251个个...
【文章来源】：南京林业大学江苏省
【文章页数】：62 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
康定樱桃全国采集居群地点标注Figure2-2MarkingofcollectingplaceofC.tatsienensisinChina从中国野生康定樱桃自然分布区中，采集具有代表性的康定樱桃居群的实验材料，每
图 3-1 CTAB-硅珠法提取的康定樱桃总 DNA 电泳图Figure3-1 The electrophoresis of total extracted DNA of C. tatsienensis by CTAB - silicon bead methods3.2 引物筛选与 PCR 扩增利用已提好的康定樱桃 DNA 进行初筛，得到了 31 对具有多态性的 SSR 引物，再经过比较与分析，复筛得到了 25 对多态性强、扩增条带稳定、特异性好的 SSR 引物，各引物的具体信息见表 3-2，部分引物的扩增情况见图 3-3。从已筛得的引物信息上可以看出，引物得到的片段长短不一，大部分片段长度在 20bp 以下，少数片段长度达到 300 bp 以上，这种情况下需要对聚丙烯酰胺凝胶电泳时的电泳时间作调整，不能一概而论。电泳时间过长会导致目的条带跑出胶条外，导致实验失败电泳时间过短，目的条带表现紧凑，读数误差偏大。从退火温度 Tm来看，大多数引物适应于 55 ℃条件下，最低 Tm为 50 ℃，最高 Tm为 60 ℃。从循环次数来看，绝大多数引物在循环次数为 30 次时，表现出良好的特异性。
引物序列primer sequence (5 -3 )观测片段长度observed fragmentsize/bp退火温度(Tm)annealingtemperature/℃循环数circle/次来源originAGTTCAGTGTCTACACTCACATCATTCAGCCACTGC174-191 55 30ArmeniacacathayanaEST-SSRTCCCAGGTTAAACTCTTTGACACATGC132-152 58 30sweet cheerygenomic DNAAGGCCAAGGCAACCCGGTTATATGC160-188 55 30C. pseudocerasSSRTCCCAGGTTAAACTCCTTTTGACACATGC122-146 58 30C. pseudocerasSSRCTGGGCTATGGCGCACATTTACGACAGGG253 59 30P. persica(peacSSR
本文编号：3326743
【文章来源】：南京林业大学江苏省
【文章页数】：62 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
康定樱桃全国采集居群地点标注Figure2-2MarkingofcollectingplaceofC.tatsienensisinChina从中国野生康定樱桃自然分布区中，采集具有代表性的康定樱桃居群的实验材料，每
图 3-1 CTAB-硅珠法提取的康定樱桃总 DNA 电泳图Figure3-1 The electrophoresis of total extracted DNA of C. tatsienensis by CTAB - silicon bead methods3.2 引物筛选与 PCR 扩增利用已提好的康定樱桃 DNA 进行初筛，得到了 31 对具有多态性的 SSR 引物，再经过比较与分析，复筛得到了 25 对多态性强、扩增条带稳定、特异性好的 SSR 引物，各引物的具体信息见表 3-2，部分引物的扩增情况见图 3-3。从已筛得的引物信息上可以看出，引物得到的片段长短不一，大部分片段长度在 20bp 以下，少数片段长度达到 300 bp 以上，这种情况下需要对聚丙烯酰胺凝胶电泳时的电泳时间作调整，不能一概而论。电泳时间过长会导致目的条带跑出胶条外，导致实验失败电泳时间过短，目的条带表现紧凑，读数误差偏大。从退火温度 Tm来看，大多数引物适应于 55 ℃条件下，最低 Tm为 50 ℃，最高 Tm为 60 ℃。从循环次数来看，绝大多数引物在循环次数为 30 次时，表现出良好的特异性。
引物序列primer sequence (5 -3 )观测片段长度observed fragmentsize/bp退火温度(Tm)annealingtemperature/℃循环数circle/次来源originAGTTCAGTGTCTACACTCACATCATTCAGCCACTGC174-191 55 30ArmeniacacathayanaEST-SSRTCCCAGGTTAAACTCTTTGACACATGC132-152 58 30sweet cheerygenomic DNAAGGCCAAGGCAACCCGGTTATATGC160-188 55 30C. pseudocerasSSRTCCCAGGTTAAACTCCTTTTGACACATGC122-146 58 30C. pseudocerasSSRCTGGGCTATGGCGCACATTTACGACAGGG253 59 30P. persica(peacSSR
本文编号：3326743
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