番茄长链非编码RNA的进化和基于片段相似性鉴定番茄驯化过程中InDels

发布时间：2021-09-05 14:41

　　长链非编码RNA（lncRNA）是一类长度介于200 nt-100000 nt之间,但是不具备编码蛋白能力的RNA片段。LncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,是RNA聚合酶II的副产物,是不具有生物学功能的“垃圾”序列。最近几年,随着测序技术的发展,越来越多的lncRNA被广泛的研究,但是,lncRNA在植物上的表达及起源却仍旧不清楚。为了进一步了解lncRNA在植物中的表达特性及进化模式。本研究通过对栽培番茄（Heinz1706）和醋栗番茄（LA1589）的转录组分析,总共鉴定了353和595个基因座产生的413和709个多外显子的lncRNA转录本。通过系统的比较lncRNA的相对表达水平和序列差异,发现lncRNA的保守性很差,大约只有0.4%的lncRNA在茄科中都被鉴定出来。与潘那利番茄基因组相比,有75%的特有lncRNA在启动子或者转录区域存在着片段的插入缺失,并且多个lncRNA的形成都与转座事件密切相关。进一步对一个果实特异表达的lncRNA-314分析发现,lncRNA-314是通过两次进化事件才形成的:首先在多毛番茄和潘那利番茄分化的时候,在番茄的10号染... 

【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校

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【学位级别】：博士

【图文】：

LncRNAs的类型

图 1-2 lncRNA 调控编码基因表达的模型。Fig.1-2 Model of lncRNAinvolvement in regulating coding genes (Wierzbicki 2012)..1.1.2 长链非编码 RNA 的分布和意义

lncRNA的主要作用方式


本文编号：3385535