荸荠上携带病毒种类的鉴定及其分子生物学特性研究

发布时间：2021-10-19 15:39

　　荸荠是一种营养价值很高的水生蔬菜,广泛种植于世界各地,一经病毒感染会严重影响其品质和产量,使营养价值降低。近年来,小RNA深度测序以及生物信息学分析是鉴定植物病毒的一种高效方法。本研究自2013年至2015年通过对来源于产区湖北团风县和广西农科院资源圃的荸荠样品进行了疑似病毒病害调查,采集其叶状茎材料进行小RNA深度测序及其生物信息学分析,PCR扩增及其序列分析获得一种整合于荸荠基因组中的内源性DNA病毒以及2种+ssRNA病毒,明确了以上3种病毒的分子特性；具体取得的结果如下：1.首次报道荸荠上携带属于大豆褪绿斑驳病毒属（Soymovirus）的一种内源I)NA病毒新成员（WaterChestnut Soymovirus-1,WCSV-1）。荸荠DNA病毒的基因组全长为7,535 bp,与花椰菜花叶病毒科（Caulimoviridae）成员的序列相似性为42%-52%,推导含有9个ORFs,分别编码MP、CP、RT、转录激活因子及其他5个假定蛋白,具有与花椰菜花叶病毒科成员类似的保守结构域。基于基因组核酸序列和氨基酸序列分析表明该病毒为大豆褪绿斑驳病毒属（Soymovirus）的一个... 

【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：87 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
缩略词表
第一章 文献综述
第二章 荸荠携带DNA病毒的鉴定及其分子特性分析
    2.1 材料与方法
        2.1.1 采集荸荠样品信息
        2.1.2 主要试剂
        2.1.3 小RNA测序及其生物信息学分析
        2.1.4 CTAB法提取荸荠基因组总DNA
        2.1.5 WCSV-1的PCR检测田间样品感染率
        2.1.6 PCR及其产物回收、克隆和测序
        2.1.7 Southern Blot
    2.2 结果与分析
        2.2.1 小RNA测序的clean reads数据分析
        2.2.2 WCSV-1全基因组序列扩增结果
        2.2.3 WCSV-1基因组结构及其序列分析
        2.2.4 来源于病毒的sRNAs的分析
        2.2.5 荸荠样品潜带WCSV-1的检测
        2.2.6 Southern Blot分析
    2.3 讨论
第三章 荸荠携带两种RNA病毒的基因组克隆及分子特性分析
    3.1 材料与方法
        3.1.1 植物材料与主要试剂
        3.1.2 小RNA测序及生物信息学分析
        3.1.3 引物设计与合成
        3.1.4 荸荠样品总RNA的提取
        3.1.5 cDNA的合成
        3.1.6 RT-PCR
        3.1.7 RT-PCR产物回收、克隆及测序
        3.1.8 WCV-1和WCV-2的检测引物
    3.2 结果与分析
        3.2.1 小RNA测序的数据分析
        3.2.2 荸荠WCV-1序列扩增及其分析
        3.2.3 荸荠WCV-2序列扩增及其分析
        3.2.4 田间荸荠样品潜带WCV-1和WCV-2的RT-PCR检测
    3.3 讨论
第四章 结论与展望
参考文献
附录1 常用试剂和培养基配方
附录2 pMD18-T & pMD19-T克隆载体图谱
附录3 WCSV-1全基因组序列(7535 nt)
附录4 研究生期间发表的研究论文和会议摘要
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]我国水生蔬菜科研与生产发展概况[J]. 柯卫东,黄新芳,李建洪,严守雷,刘义满,李峰.  长江蔬菜. 2015(14)
[2]基于DIG-化学发光法的Southern blot方法优化[J]. 张晓,张锐,于源华,史计,孟志刚,孙国清,周焘,郭三堆.  生物技术通报. 2011(09)
[3]菠萝杆状DNA病毒的全基因组序列测定及分析[J]. 吴丽婷,阮小蕾,沈文锦,谭小勇,翟国会,李华平.  中国农业科学. 2010(09)
[4]地高辛随机引物法标记探针的Southern杂交技术优化[J]. 周长发,张锐,张晓,罗淑萍,郭三堆.  中国农业科技导报. 2009(04)
[5]蚕豆萎焉病毒2号侵染豌豆的细胞病理变化[J]. 洪健,周雪平.  电子显微学报. 2002(05)



本文编号：3445148