三色堇（Viola×wittrockiana Gams.）转录组测序及花色相关基因的发掘与表达验证
发布时间：2021-10-22 07:39
三色堇（Viola×wittrockiana Gams.）,堇菜科（Violaceae）堇菜属（Viola）花卉,是北方常见的一二年重要的冬春观赏花卉。三色堇花的直径约两到三英寸,花瓣由内部平开的三个花瓣和外围两个略微重叠的花瓣组成。三色堇的花色众多,主要分红色系、黄色系、和蓝色系。带色斑或条纹的三色堇品种花斑面积大、稳定、观赏价值高,因其独特的造型被称为“猫脸花”,且相关研究表明,三色堇是研究植物色斑形成的理想材料。为了更为清楚地了解三色堇花斑形成的分子机理,我们以大花三色堇’梦蝶’（黄底黑斑）品种为材料,利用denovo转录组测序Illumina HiSeq 2000对其进行转录组测序,总结了其中与花色相关的基因,推测了可能的花色合成途径,并对其中花色素苷合成相关的基因在不同花色三色堇中的表达进行了对比分析,同时对花斑形成关键基因的启动子进行了初步克隆,优化了克隆启动子所用的FPNI-PCR体系。具体结果如下:（1）转录组测序:共获得118747的transcripts（转录本）,大约有43908个unigenes从转录本中进一步获得并比对6个数据库加以注释。总共有18979 un...
【文章来源】：海南大学海南省 211工程院校
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－３甜菜素生物合成途径??Ｆｉｇ．?１－３?Ｔｈｅ?ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ?ｐａｔｈｗａｙ?ｏｆ?ｂｅｔａｌａｉｎｓ??１．?１．５
海南大学硕士学位论文??２转录组测序??与方法??材料??测序所用材料为：栽培于海南大学园艺园林学院基地三色堇（期处于第Ｖ期的黄底黑斑品种的三色堇花瓣。??康的三色堇花瓣，无菌水清洗擦干，迅速投入液氮速冻后，用，用于后续总ＲＮＡ的提取。??验室先前的研究，人为地将三色堇花期分为ＶＩＩ个时期，其中，完全转色时期，根据课题组先前研究推测，此时期三色堇基因极为重要（李琴，２０１３；孙海燕，２０１５）。??
对真核生物的ｍＲＮＡ进行富集。富集后先后合成ｃＤＮＡ的第－条链和第二条链??并纯化，然后对纯化后的双链ｃＤＮＡ进行一系列的修饰及修饰和的浓度检验，以??确保所获得的ｃＤＮＡ文库的质量，具体文库构建原理如图２－２。??ｍＲＮＡ??５＊??ＡＡＡＡ（ｎ）??＾?ｆｒａｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ??ｊ?ｒｅｖｅｒｓｅ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ??５＊?????？?Ａ／Ａ／Ａ／Ａ／Ａ／／Ｖ??｜?ｄＴＸｒ．?ｄＡＴＰ．?ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ??５＊?????—??????????５＊??Ｉ?３９?ａｄｄ?Ａ??５＊??Ａ??Ａ????５－??Ｉ?Ａｄａｐｔｏｒ?ｌｉｇａｔｉｏｎ?Ｐ７??Ｒｄ?ｌ?ＳＰ?Ｒｄ２?ＳＰ＾＾ｘｄｅｘ??Ｒｄ２?ＳＰ?Ｒｄｌ?ＳＰ??Ｉ?ＰＣ：Ｒ??Ｐ５?????Ｒｄ２?ＳＰ?Ｐ?ｒ??Ｒｃｌｌ?ＳＰ?＂＂＂ＴＴｉ＾ｅ＾ｒ??Ｐ５?Ｒｄ２?ＳＰ??Ｒｄｌ?ＳＰ?ｉｎｄｅ－ｃ?＊??图２－２?ｃＤＮＡ文库构建流程图??Ｆｉｇ．?２－２?Ｔｈｅ?ｗｏｒｋｆｌｏｗ?ｏｆ?ｃ
【参考文献】：
期刊论文
[1]园艺植物中类胡萝卜素合成与调控的研究进展[J]. 高慧君,明家琪,张雅娟,徐娟. 园艺学报. 2015(09)
[2]三色堇花色素合成途径中部分结构基因的克隆及生物信息学分析[J]. 龚胜,孙海燕,张珂,曾媛,李婧,王健,李新国. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2015(07)
[3]三色堇叶片DNA不同提取方法比较[J]. 尚啸,王健,龚胜,张珂,孙海燕. 湖北农业科学. 2014(20)
[4]芜菁花青素合成关键酶DFR基因启动子的克隆及功能分析[J]. 许志茹,马静,崔国新,李玉花. 园艺学报. 2014(08)
[5]植物花斑形成分子机理研究进展[J]. 尚啸,王健,李琴,龚胜,孙海燕,张玄兵. 园艺学报. 2014(07)
[6]利用转录组测序分析大豆矮小突变体中差异表达基因[J]. 张峰,赵云霞,黄先忠. 石河子大学学报(自然科学版). 2014(02)
[7]基于PCR方法的基因序列全长获取策略[J]. 李昆鹏,朱化彬,郝海生,赵学明,冯荣,秦彤,张林波,王栋. 中国生物工程杂志. 2012(11)
[8]菊花CmDFR与CmANS基因启动子序列克隆与瞬时表达分析[J]. 唐杏姣,韩科厅,胡可,孟丽,戴思兰. 生物技术通报. 2012(05)
[9]中药植物虎杖根的高通量转录组测序及转录组特性分析[J]. 郝大程,马培,穆军,陈士林,肖培根,彭勇,霍利,许利嘉,孙超. 中国科学:生命科学. 2012(05)
[10]新一代测序技术在植物转录组研究中的应用[J]. 梁烨,陈双燕,刘公社. 遗传. 2011(12)
博士论文
[1]玉米抗细菌性褐斑病候选基因的克隆与鉴定及NIL的转录组分析[D]. 吴晓军.中国农业大学 2014
[2]基于EST数据库和转录组测序的茶树DNA分子标记开发与应用研究[D]. 王丽鸳.中国农业科学院 2011
硕士论文
[1]三色堇VwANS和VwF3’H基因克隆及VwANS和VwDFR基因表达分析[D]. 孙海燕.海南大学 2015
[2]基于转录组比较探究茶树对茶尺蠖抗性分子机制[D]. 王丹.中国农业科学院 2015
[3]蜡梅查尔酮合成酶基因（CHS）启动子及相关转录因子的克隆与功能分析[D]. 方子义.华中农业大学 2014
[4]三色堇花色素合成结构基因的克隆与表达差异分析[D]. 李琴.海南大学 2013
[5]甜菜红色素的分离纯化及抗氧化与抗疲劳活性的研究[D]. 郝秀梅.东北林业大学 2011
[6]百合花色形成关键基因（CHS）启动子功能分析[D]. 娄倩.西北农林科技大学 2010
本文编号：3450660
【文章来源】：海南大学海南省 211工程院校
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－３甜菜素生物合成途径??Ｆｉｇ．?１－３?Ｔｈｅ?ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ?ｐａｔｈｗａｙ?ｏｆ?ｂｅｔａｌａｉｎｓ??１．?１．５
海南大学硕士学位论文??２转录组测序??与方法??材料??测序所用材料为：栽培于海南大学园艺园林学院基地三色堇（期处于第Ｖ期的黄底黑斑品种的三色堇花瓣。??康的三色堇花瓣，无菌水清洗擦干，迅速投入液氮速冻后，用，用于后续总ＲＮＡ的提取。??验室先前的研究，人为地将三色堇花期分为ＶＩＩ个时期，其中，完全转色时期，根据课题组先前研究推测，此时期三色堇基因极为重要（李琴，２０１３；孙海燕，２０１５）。??
对真核生物的ｍＲＮＡ进行富集。富集后先后合成ｃＤＮＡ的第－条链和第二条链??并纯化，然后对纯化后的双链ｃＤＮＡ进行一系列的修饰及修饰和的浓度检验，以??确保所获得的ｃＤＮＡ文库的质量，具体文库构建原理如图２－２。??ｍＲＮＡ??５＊??ＡＡＡＡ（ｎ）??＾?ｆｒａｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ??ｊ?ｒｅｖｅｒｓｅ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ??５＊?????？?Ａ／Ａ／Ａ／Ａ／Ａ／／Ｖ??｜?ｄＴＸｒ．?ｄＡＴＰ．?ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ??５＊?????—??????????５＊??Ｉ?３９?ａｄｄ?Ａ??５＊??Ａ??Ａ????５－??Ｉ?Ａｄａｐｔｏｒ?ｌｉｇａｔｉｏｎ?Ｐ７??Ｒｄ?ｌ?ＳＰ?Ｒｄ２?ＳＰ＾＾ｘｄｅｘ??Ｒｄ２?ＳＰ?Ｒｄｌ?ＳＰ??Ｉ?ＰＣ：Ｒ??Ｐ５?????Ｒｄ２?ＳＰ?Ｐ?ｒ??Ｒｃｌｌ?ＳＰ?＂＂＂ＴＴｉ＾ｅ＾ｒ??Ｐ５?Ｒｄ２?ＳＰ??Ｒｄｌ?ＳＰ?ｉｎｄｅ－ｃ?＊??图２－２?ｃＤＮＡ文库构建流程图??Ｆｉｇ．?２－２?Ｔｈｅ?ｗｏｒｋｆｌｏｗ?ｏｆ?ｃ
【参考文献】：
期刊论文
[1]园艺植物中类胡萝卜素合成与调控的研究进展[J]. 高慧君,明家琪,张雅娟,徐娟. 园艺学报. 2015(09)
[2]三色堇花色素合成途径中部分结构基因的克隆及生物信息学分析[J]. 龚胜,孙海燕,张珂,曾媛,李婧,王健,李新国. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2015(07)
[3]三色堇叶片DNA不同提取方法比较[J]. 尚啸,王健,龚胜,张珂,孙海燕. 湖北农业科学. 2014(20)
[4]芜菁花青素合成关键酶DFR基因启动子的克隆及功能分析[J]. 许志茹,马静,崔国新,李玉花. 园艺学报. 2014(08)
[5]植物花斑形成分子机理研究进展[J]. 尚啸,王健,李琴,龚胜,孙海燕,张玄兵. 园艺学报. 2014(07)
[6]利用转录组测序分析大豆矮小突变体中差异表达基因[J]. 张峰,赵云霞,黄先忠. 石河子大学学报(自然科学版). 2014(02)
[7]基于PCR方法的基因序列全长获取策略[J]. 李昆鹏,朱化彬,郝海生,赵学明,冯荣,秦彤,张林波,王栋. 中国生物工程杂志. 2012(11)
[8]菊花CmDFR与CmANS基因启动子序列克隆与瞬时表达分析[J]. 唐杏姣,韩科厅,胡可,孟丽,戴思兰. 生物技术通报. 2012(05)
[9]中药植物虎杖根的高通量转录组测序及转录组特性分析[J]. 郝大程,马培,穆军,陈士林,肖培根,彭勇,霍利,许利嘉,孙超. 中国科学:生命科学. 2012(05)
[10]新一代测序技术在植物转录组研究中的应用[J]. 梁烨,陈双燕,刘公社. 遗传. 2011(12)
博士论文
[1]玉米抗细菌性褐斑病候选基因的克隆与鉴定及NIL的转录组分析[D]. 吴晓军.中国农业大学 2014
[2]基于EST数据库和转录组测序的茶树DNA分子标记开发与应用研究[D]. 王丽鸳.中国农业科学院 2011
硕士论文
[1]三色堇VwANS和VwF3’H基因克隆及VwANS和VwDFR基因表达分析[D]. 孙海燕.海南大学 2015
[2]基于转录组比较探究茶树对茶尺蠖抗性分子机制[D]. 王丹.中国农业科学院 2015
[3]蜡梅查尔酮合成酶基因（CHS）启动子及相关转录因子的克隆与功能分析[D]. 方子义.华中农业大学 2014
[4]三色堇花色素合成结构基因的克隆与表达差异分析[D]. 李琴.海南大学 2013
[5]甜菜红色素的分离纯化及抗氧化与抗疲劳活性的研究[D]. 郝秀梅.东北林业大学 2011
[6]百合花色形成关键基因（CHS）启动子功能分析[D]. 娄倩.西北农林科技大学 2010
本文编号：3450660
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/yylw/3450660.html
