菊花反转录转座子鉴定及分子标记开发
发布时间：2021-10-24 12:57
菊花（Chrysanthemum×morifolium Ramat）是菊科、菊属多年生草本植物,是中国十大传统名花之一,具有重要的观赏和经济价值。菊花在1600多年的栽培历史中产生了丰富的变异,呈现出千姿百态,菊花变异起源的问题一直是研究者普遍关注的一个重要命题。在一些研究中发现转座子转座可导致物种产生变异,但菊花中还未有相关报道。对菊花转座子进行深入研究,探明其起源与进化的历程,对了解菊花的进化过程及培育新品种材料都有重要的意义。由于菊花基因组比较大、变异性和结构都很复杂,目前对菊花基因组进行全面测序比较困难,没有可供利用的观赏型多倍体基因组序列,这限制了对菊花反转录转座子的深入研究。近年来,随着高通量测序技术快速发展,单分子实时测序技术（该技术能对较长片段进行测序,现已成为全长转录组测序的主要采用方法之一）得以广泛应用。本研究利用该方法对传统菊花品种‘金背大红’进行了全长转录组测序。本研究以测序分析结果为依据,通过信息学分析对全长转录本中的长末端重复反转录转座子（Long terminal repeat,LTR）和微型终端重复反转录转座子（Terminal-repeat retro...
【文章来源】：河南大学河南省
【文章页数】：90 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
长度及质量分布
i图 2-2 功能注释统计结果，横坐标为分类，纵坐标左边为基因数目所占百分比，右边为基因数分类内容，纵坐标为基因数目；i： KEGG 分类图，横坐标为基因所纵坐标为分类。Fig 2-2 Functional notes statistical results classification map, abscissa for classification, ordinate left for the percenr the number of genes; h: KOG classification map, abscissa for classificatimber of genes; i: KEGG classification map, abscissa is the percentage of geis the classification.
点总数的 24.6%；5’UTR 区有 28,651 个，占所有 SSR 位点总数的 44.2%；3’,903 个，占所有 SSR 位点总数的 30.7%，如表 2-1。表 2-1 SSR 位点鉴定及分布统计结果展示Table 2-1 Statistical results of SSR loci identification and distributionD SSR nr SSR type SSR size start end SSR_distrib59/1679 1 P2(AC)6 12 43 54 5-UTR60/2009 1 P3(ACA)6 18 1304 1321 CDS37/1659 1 P2(CA)14 28 5 32 5-UTR37/1659 2 P1(T)10 10 1319 1328 3-UTR48/1989 1 P3(ACA)5 15 1286 1300 CDS.3.4 CDS 及长链非编码 RNA 预测过BLAST比对NR数据库和ESTScan对141,817个高质量非冗余FLNC进行STScan 软件预测的 CDS 的结果如图 2-3，高质量非冗余 FLNC CDS 预测的表 2-2。
【参考文献】：
期刊论文
[1]菊花Ty1-copia类反转录转座子RT基因的分离与序列分析[J]. 王晓宇,王亚楠,李茫茫,李帅磊,丁红旭,王子成. 北方园艺. 2019(02)
[2]基于植物转座子的分子标记研究进展[J]. 何虎翼,樊吴静,唐洲萍,杨鑫,李丽淑,谭冠宁,何新民. 江苏农业科学. 2018(23)
[3]菊花花期调控技术研究进展[J]. 敖地秀,黄丛林. 安徽农业科学. 2018(05)
[4]SSR、AFLP和SRAP分子标记用于玉米杂交种鉴定的多态性比较[J]. 赵欣欣,赵晓东,王奇,宋丽荣,何文安,蔚荣海. 吉林农业大学学报. 2018(05)
[5]基于SSR标记的李种质资源遗传多样性研究[J]. 孙萍,林贤锐,沈建生. 江西农业学报. 2017(02)
[6]菠菜转录组SSR位点分析及其分子标记的开发[J]. 潜宗伟,陈海丽,崔彦玲. 农业生物技术学报. 2016(11)
[7]梨Ty1-copia反转录转座子的克隆及IRAP分子标记体系的建立[J]. 周鹏,张士伟,翟锐,王志刚,徐凌飞. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2016(02)
[8]牡丹LINE类反转录转座子RT序列的克隆及分析[J]. 宋程威,郭大龙,张曦,郭丽丽,侯小改. 园艺学报. 2014(01)
[9]植物LTR类反转录转座子序列分析识别方法[J]. 侯小改,张曦,郭大龙. 遗传. 2012(11)
[10]利用AFLP和SSAP研究短芒大麦突变系种群遗传多样性[J]. 单晓辉,李毅丹,李彦舫,原亚萍. 生态学杂志. 2012(04)
硕士论文
[1]菊花栽培品种遗传多样性的AFLP分析及SSR分子标记的开发[D]. 刘路贤.河南大学 2013
本文编号：3455325
【文章来源】：河南大学河南省
【文章页数】：90 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
长度及质量分布
i图 2-2 功能注释统计结果，横坐标为分类，纵坐标左边为基因数目所占百分比，右边为基因数分类内容，纵坐标为基因数目；i： KEGG 分类图，横坐标为基因所纵坐标为分类。Fig 2-2 Functional notes statistical results classification map, abscissa for classification, ordinate left for the percenr the number of genes; h: KOG classification map, abscissa for classificatimber of genes; i: KEGG classification map, abscissa is the percentage of geis the classification.
点总数的 24.6%；5’UTR 区有 28,651 个，占所有 SSR 位点总数的 44.2%；3’,903 个，占所有 SSR 位点总数的 30.7%，如表 2-1。表 2-1 SSR 位点鉴定及分布统计结果展示Table 2-1 Statistical results of SSR loci identification and distributionD SSR nr SSR type SSR size start end SSR_distrib59/1679 1 P2(AC)6 12 43 54 5-UTR60/2009 1 P3(ACA)6 18 1304 1321 CDS37/1659 1 P2(CA)14 28 5 32 5-UTR37/1659 2 P1(T)10 10 1319 1328 3-UTR48/1989 1 P3(ACA)5 15 1286 1300 CDS.3.4 CDS 及长链非编码 RNA 预测过BLAST比对NR数据库和ESTScan对141,817个高质量非冗余FLNC进行STScan 软件预测的 CDS 的结果如图 2-3，高质量非冗余 FLNC CDS 预测的表 2-2。
【参考文献】：
期刊论文
[1]菊花Ty1-copia类反转录转座子RT基因的分离与序列分析[J]. 王晓宇,王亚楠,李茫茫,李帅磊,丁红旭,王子成. 北方园艺. 2019(02)
[2]基于植物转座子的分子标记研究进展[J]. 何虎翼,樊吴静,唐洲萍,杨鑫,李丽淑,谭冠宁,何新民. 江苏农业科学. 2018(23)
[3]菊花花期调控技术研究进展[J]. 敖地秀,黄丛林. 安徽农业科学. 2018(05)
[4]SSR、AFLP和SRAP分子标记用于玉米杂交种鉴定的多态性比较[J]. 赵欣欣,赵晓东,王奇,宋丽荣,何文安,蔚荣海. 吉林农业大学学报. 2018(05)
[5]基于SSR标记的李种质资源遗传多样性研究[J]. 孙萍,林贤锐,沈建生. 江西农业学报. 2017(02)
[6]菠菜转录组SSR位点分析及其分子标记的开发[J]. 潜宗伟,陈海丽,崔彦玲. 农业生物技术学报. 2016(11)
[7]梨Ty1-copia反转录转座子的克隆及IRAP分子标记体系的建立[J]. 周鹏,张士伟,翟锐,王志刚,徐凌飞. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2016(02)
[8]牡丹LINE类反转录转座子RT序列的克隆及分析[J]. 宋程威,郭大龙,张曦,郭丽丽,侯小改. 园艺学报. 2014(01)
[9]植物LTR类反转录转座子序列分析识别方法[J]. 侯小改,张曦,郭大龙. 遗传. 2012(11)
[10]利用AFLP和SSAP研究短芒大麦突变系种群遗传多样性[J]. 单晓辉,李毅丹,李彦舫,原亚萍. 生态学杂志. 2012(04)
硕士论文
[1]菊花栽培品种遗传多样性的AFLP分析及SSR分子标记的开发[D]. 刘路贤.河南大学 2013
本文编号：3455325
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/yylw/3455325.html
