基于InDels分子标记的扁豆遗传多样性分析
发布时间：2021-11-02 06:37
扁豆是一种古老农作物和重要的经济作物,系豆科、蝶形花亚科、扁豆属。具有优良的品质和较高的营养价值。扁豆的用途广泛,可食用、药用,其茎叶亦可用作家畜的饲料。但由于扁豆是小众的栽培作物,在我国较少有大面积的种植,在遗传育种、品质改良等方面的基础研究也较为缺乏,如何选育优良的扁豆品种并提高品质是当前农业科技工作者面临的一大难题。我们对其遗传多样性的分析,有利于扁豆种质资源的收集、保存和利用,对进一步探明扁豆品种间的亲缘关系,以及下一步开展遗传改良和育种提供相关的理论依据。本研究根据豫翠扁1号与原始种白扁豆转录组的测序结果,获得了118035个非重复序列的Unigenes,其中共含有12365个插入/缺失位点（In Dels位点）,我们挑选出其中插入/缺失大于5bp的突变位点,并根据插入/缺失位点两侧的碱基序列设计In Dels引物。利用琼脂糖凝胶电泳筛选已设计的引物;利用聚丙烯酰胺凝胶电泳对白扁豆和豫翠扁1号两品种基因组间的插入/缺失进行验证以及对相关疑似的杂交品种进行鉴定分析;并利用已筛选的引物和高效毛细管电泳对21个扁豆品种进行遗传多样性分析。主要研究结果如下:1.依据转录组的测序结果,...
【文章来源】：河南工业大学河南省
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
1 引言
1.1 扁豆的概述
1.2 遗传多样性的概念及研究意义
1.3 遗传多样性的研究方法
1.3.1 形态标记
1.3.2 细胞学标记
1.3.3 生化标记
1.3.4 分子标记
1.3.4.1 分子标记的种类和特点
1.3.4.2 第三代分子标记—In Dels标记
1.4 分子标记在扁豆种质资源中的应用
1.5 分子标记的电泳检测技术之比较
1.6 研究的目的和意义
2 材料与方法
2.1 实验材料
2.1.1 In Dels引物的筛选材料
2.1.2 遗传多样性分析材料
2.1.3 杂交扁豆的鉴定材料
2.1.4 主要仪器和耗材
2.1.5 主要试剂和溶液
2.2 实验方法
2.2.1 引物设计
2.2.2 DNA的提取
2.2.3 DNA的质量检测
2.2.4 PCR扩增
2.2.5 PCR扩增产物的电泳检测
2.2.5.1 琼脂糖凝胶电泳筛选引物
2.2.5.2 聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳检测
2.2.5.3 高效毛细管电泳检测
2.2.6 数据处理与分析
3 结果与分析
3.1 提取DNA的质量检测结果
3.2 PCR反应体系中退火温度的筛选
3.3 In Dels引物的琼脂糖凝胶电泳筛选结果
3.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳的检测结果
3.5 遗传多样性的分析结果
3.5.1 毛细管电泳检测分析结果
3.5.2 部分In Dels引物的多态性
3.5.3 21 份扁豆品种的聚类分析结果
4 讨论
4.1 扁豆DNA的提取质量
4.2 引物退火温度的确定
4.3 PAGE电泳与银染及判读条带
4.4 毛细管电泳技术的应用
4.5 扁豆种质遗传多样性及亲缘关系的探讨
4.6 转录组测序的In Dels原始数据与实验结果之间的对比
4.7 In Dels分子标记的应用前景
结论
参考文献
致谢
个人简历
【参考文献】：
期刊论文
[1]樱桃番茄种质资源亲缘关系的InDel和SSR标记分析[J]. 郭爽,张素平,丘漫宇,刘玉平,吴蓓. 热带作物学报. 2014(08)
[2]中国328个玉米品种（组合）SSR标记遗传多样性分析[J]. 王凤格,田红丽,赵久然,王璐,易红梅,宋伟,高玉倩,杨国航. 中国农业科学. 2014(05)
[3]基于黄瓜基因组重测序的InDel标记开发及其应用[J]. 李斯更,沈镝,刘博,邱杨,张晓辉,张忠华,王海平,李锡香. 植物遗传资源学报. 2013(02)
[4]大麦SSR标记遗传多样性及其与农艺性状关联分析[J]. 赖勇,王鹏喜,范贵强,司二静,王晋,杨轲,孟亚雄,李葆春,马小乐,尚勋武,王化俊. 中国农业科学. 2013(02)
[5]高效毛细管电泳在食品安全检测中的应用进展[J]. 董亚蕾,陈晓姣,胡敬,陈兴国. 色谱. 2012(11)
[6]玉米SSR分子标记的荧光多重PCR体系的构建及优化[J]. 武文艳,易红梅,王凤格,宋伟. 作物杂志. 2012(05)
[7]扁豆的研究概况[J]. 沈奇,王显生,高文瑞,李华勇,吴燕. 金陵科技学院学报. 2012(02)
[8]白扁豆多糖抗神经细胞缺氧性坏死与凋亡[J]. 姚于飞,胡国柱,高幼奇,文珠. 中药药理与临床. 2012(03)
[9]利用SSR和InDel标记构建白菜×芜菁分子遗传图谱[J]. 赵湘,于拴仓,薛林宝,张凤兰,赵凡,余阳俊,赵岫云,张德双,汪维红. 西北农业学报. 2011(12)
[10]黄瓜果实苦味（Bt）基因的插入缺失（Indel）标记[J]. 张圣平,苗晗,程周超,张忠华,武剑,孙日飞,顾兴芳. 农业生物技术学报. 2011(04)
博士论文
[1]中国核桃品种的遗传多样性研究[D]. 马庆国.中国林业科学研究院 2012
硕士论文
[1]基于SSR荧光标记毛细管电泳的油菜品种DNA指纹鉴定技术平台的建立与应用[D]. 宋伟林.中国农业科学院 2013
[2]基于SSR荧光标记和毛细管电泳检测技术的我国烟草审（认）定品种遗传多样性研究[D]. 陈雅琼.中国农业科学院 2011
[3]高通量SSR检测方法在玉米遗传图谱构建中的应用[D]. 邹丽梅.海南大学 2010
[4]黄瓜高密度SSR遗传图谱构建及其应用[D]. 任毅.中国农业科学院 2009
[5]扁豆DNA提取方法研究[D]. 田广厚.西北农林科技大学 2007
[6]荞麦种质资源遗传多样性分析[D]. 赵丽娟.中国农业科学院 2006
本文编号：3471526
【文章来源】：河南工业大学河南省
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
1 引言
1.1 扁豆的概述
1.2 遗传多样性的概念及研究意义
1.3 遗传多样性的研究方法
1.3.1 形态标记
1.3.2 细胞学标记
1.3.3 生化标记
1.3.4 分子标记
1.3.4.1 分子标记的种类和特点
1.3.4.2 第三代分子标记—In Dels标记
1.4 分子标记在扁豆种质资源中的应用
1.5 分子标记的电泳检测技术之比较
1.6 研究的目的和意义
2 材料与方法
2.1 实验材料
2.1.1 In Dels引物的筛选材料
2.1.2 遗传多样性分析材料
2.1.3 杂交扁豆的鉴定材料
2.1.4 主要仪器和耗材
2.1.5 主要试剂和溶液
2.2 实验方法
2.2.1 引物设计
2.2.2 DNA的提取
2.2.3 DNA的质量检测
2.2.4 PCR扩增
2.2.5 PCR扩增产物的电泳检测
2.2.5.1 琼脂糖凝胶电泳筛选引物
2.2.5.2 聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳检测
2.2.5.3 高效毛细管电泳检测
2.2.6 数据处理与分析
3 结果与分析
3.1 提取DNA的质量检测结果
3.2 PCR反应体系中退火温度的筛选
3.3 In Dels引物的琼脂糖凝胶电泳筛选结果
3.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳的检测结果
3.5 遗传多样性的分析结果
3.5.1 毛细管电泳检测分析结果
3.5.2 部分In Dels引物的多态性
3.5.3 21 份扁豆品种的聚类分析结果
4 讨论
4.1 扁豆DNA的提取质量
4.2 引物退火温度的确定
4.3 PAGE电泳与银染及判读条带
4.4 毛细管电泳技术的应用
4.5 扁豆种质遗传多样性及亲缘关系的探讨
4.6 转录组测序的In Dels原始数据与实验结果之间的对比
4.7 In Dels分子标记的应用前景
结论
参考文献
致谢
个人简历
【参考文献】：
期刊论文
[1]樱桃番茄种质资源亲缘关系的InDel和SSR标记分析[J]. 郭爽,张素平,丘漫宇,刘玉平,吴蓓. 热带作物学报. 2014(08)
[2]中国328个玉米品种（组合）SSR标记遗传多样性分析[J]. 王凤格,田红丽,赵久然,王璐,易红梅,宋伟,高玉倩,杨国航. 中国农业科学. 2014(05)
[3]基于黄瓜基因组重测序的InDel标记开发及其应用[J]. 李斯更,沈镝,刘博,邱杨,张晓辉,张忠华,王海平,李锡香. 植物遗传资源学报. 2013(02)
[4]大麦SSR标记遗传多样性及其与农艺性状关联分析[J]. 赖勇,王鹏喜,范贵强,司二静,王晋,杨轲,孟亚雄,李葆春,马小乐,尚勋武,王化俊. 中国农业科学. 2013(02)
[5]高效毛细管电泳在食品安全检测中的应用进展[J]. 董亚蕾,陈晓姣,胡敬,陈兴国. 色谱. 2012(11)
[6]玉米SSR分子标记的荧光多重PCR体系的构建及优化[J]. 武文艳,易红梅,王凤格,宋伟. 作物杂志. 2012(05)
[7]扁豆的研究概况[J]. 沈奇,王显生,高文瑞,李华勇,吴燕. 金陵科技学院学报. 2012(02)
[8]白扁豆多糖抗神经细胞缺氧性坏死与凋亡[J]. 姚于飞,胡国柱,高幼奇,文珠. 中药药理与临床. 2012(03)
[9]利用SSR和InDel标记构建白菜×芜菁分子遗传图谱[J]. 赵湘,于拴仓,薛林宝,张凤兰,赵凡,余阳俊,赵岫云,张德双,汪维红. 西北农业学报. 2011(12)
[10]黄瓜果实苦味（Bt）基因的插入缺失（Indel）标记[J]. 张圣平,苗晗,程周超,张忠华,武剑,孙日飞,顾兴芳. 农业生物技术学报. 2011(04)
博士论文
[1]中国核桃品种的遗传多样性研究[D]. 马庆国.中国林业科学研究院 2012
硕士论文
[1]基于SSR荧光标记毛细管电泳的油菜品种DNA指纹鉴定技术平台的建立与应用[D]. 宋伟林.中国农业科学院 2013
[2]基于SSR荧光标记和毛细管电泳检测技术的我国烟草审（认）定品种遗传多样性研究[D]. 陈雅琼.中国农业科学院 2011
[3]高通量SSR检测方法在玉米遗传图谱构建中的应用[D]. 邹丽梅.海南大学 2010
[4]黄瓜高密度SSR遗传图谱构建及其应用[D]. 任毅.中国农业科学院 2009
[5]扁豆DNA提取方法研究[D]. 田广厚.西北农林科技大学 2007
[6]荞麦种质资源遗传多样性分析[D]. 赵丽娟.中国农业科学院 2006
本文编号：3471526
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