利用转录组信息揭示刺芹侧耳单核和双核菌丝中小RNA的表达差异

发布时间：2021-11-04 10:29

　　利用Illumina HiSeq 2500高通量测序平台,对刺芹侧耳（Pleurotus eryngii）双核菌株‘杏韩’及其原生质体单核化菌株‘181’和‘183’菌丝的小RNA文库进行测序分析。将测序获得的高质量reads与Rfam数据库和刺芹侧耳基因组测序数据进行比对,发现来源于rRNA、tRNA、snRNA和snoRNA等非编码RNA的reads占47.4%,来源于mRNA降解的reads占15.5%。将剩余的37.1%reads与miRBase数据库比对,发现946条小RNA匹配数据库中其他物种的成熟miRNA。进一步对这些小RNA在单核菌株和双核菌株中的表达量进行比较,发现双核菌株中高表达量的小RNA比单核菌株中多19.4%。单核和双核菌株差异表达小RNA分析结果显示,单核菌株中只有39条小RNA表达量上调,而双核菌株中有196条小RNA表达量上调。 

【文章来源】：食用菌学报. 2020,27(02)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【图文】：

菌株之间差异表达小RNA的比例比较

差异表达小RNA的韦恩图

2.3 unique reads与miRBase数据库的比对分析去除以上数据库比对后确定了来源的小RNA,将剩余37.12%的unique reads与miRBase数据库[18]中的miRNA进行比对分析,结果显示有946条小RNA匹配数据库中其他物种的成熟miRNA。miRNA家族是一组来自同一祖先的miRNA,通常具有相似的生物功能,使用miRBase上已知miRNA家族信息对946条小RNA进行分析,发现其中648条小RNA分别属于217个家族,另外298条小RNA不属于任何家族。图3显示了包含小RNA条数排在前20的miRNA家族信息。其中包含了39条小RNA的miR166是一个高度保守的的小RNA家族,植物中的研究表明该家族的miRNA在种子发育与抗非生物胁迫中起重要作用[21]。包含36条小RNA的miR159家族也与生长发育的调控密切相关,拟南芥中的miR159通过抑制miR156来调节幼年期到成年期的转变[22]。

【参考文献】：
期刊论文
[1]担子菌类食用菌交配型位点结构的研究进展[J]. 鲍大鹏.  菌物学报. 2019(12)
[2]Identification of microRNA-like RNAs in Ophiocordyceps sinensis[J]. Wen Zhang,Xiaona Li,Lina Ma,Uzair Urrehman,Xilinqiqige Bao,Yujing Zhang,Chen-Yu Zhang,Dongxia Hou,Zhen Zhou.  Science China（Life Sciences）. 2019(03)
[3]食药用菌系统演化及多组学研究进展[J]. 龚明,汪滢,尚俊军,唐利华,尚晓冬,张劲松,谭琦,鲍大鹏.  食用菌学报. 2018(04)



本文编号：3475551