芹菜转录组数据SSR标记的开发及其遗传多样性分析

发布时间：2021-11-11 23:53

　　芹菜（Apium graveolens）是一种世界范围内重要的叶类蔬菜。目前芹菜的遗传研究需要一些有价值的分子标记。本研究利用GenBank中芹菜3套转录组数据中的高质量reads,通过序列拼接,得到39 619个unigenes序列,从中共识别到4 034个SSR位点,其中二核苷酸重复类型最为丰富,占43.9%（1772）;其次为单核苷酸（26.7%, 1078）和三核苷酸类型（21.0%, 846）;四、五、六核苷酸总计占1.3%（52）;其余为复合型（7.1%, 286）。在设计的375对SSR引物中,有39对在选择的5种不同来源的代表性芹菜材料中被成功验证,产生了清晰而稳定的高质量特异PCR产物。利用荧光标记PCR及多重毛细管电泳技术,在供试的76种芹菜材料中39个位点共检测出110个等位变异,平均每个位点2.821个,变化范围为2～4个;基因型数目变化范围为2～9,平均每个位点为4.308;平均多态信息含量（polymorphism information content, PIC）为0.256,变化范围为0.013～0.581;鉴别力（power of discrimina... 

【文章来源】：农业生物技术学报. 2020,28(04)北大核心CSCD

【文章页数】：13 页

【部分图文】：

39个SSR标记评估的76种芹菜材料遗传关系

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3489787