早实核桃雌花芽分化关键microRNA及其靶基因的识别、鉴定与表达分析
发布时间：2021-11-17 03:56
核桃（Juglans regia L.）是世界4大坚果之一,是我国重要的经济林树种,也是新疆自治区的特色林果。核桃有早实和晚实之分,早实核桃一般三年就能开花结实,多数23年开花,少数品种可当年开花。早实性是核桃的重要性状,具有较高的遗传力。核桃花芽分化研究对于核桃品种改良、提质增效具有重要意义。本研究选用早实核桃‘新新2’雌花芽不同分化期的雌花芽（F1、F2和F3）和临界分化期叶芽（JRL）,构建small RNA（小RNA）和转录组测序文库,筛选雌花芽分化的关键miRNA,对其靶基因进行验证和表达分析。主要结果如下:（1）转录组测序拼接到132154个Unigene。不同分化期雌花芽间有差异基因2688个,临界期雌花芽与叶芽间有差异基因551个。小RNA测序获得123个miRNA,包括51个已知miRNA和72个新miRNA。在不同分化期雌花芽及临界期雌花芽与叶芽间共获得55个差异表达miRNA,包括17个已知miRNA和38个新miRNA。jre-miR157a-5p—SPL、jre-miR16...
【文章来源】：石河子大学新疆维吾尔自治区 211工程院校
【文章页数】：150 页
【学位级别】：博士
【图文】：
miRNA介导的植物开花途径（TeotiaandTang，2015）
1-2 植物 miRNA 的生物合成（Bartel et al.，2004re 1-2 miRNAbiogenesis in plants （Bartel et al.，20机制基因的结合大多数位于 3＇-非翻译区（3＇-untransl5＇-非翻译区（5＇-untranslated region，5＇-UTR）种：转录后水平对靶 mRNA 的剪切降解、抑制翻译和 RISC 中后通过碱基互补配对特异地识别靶基因 m为，如果 miRNA 与靶基因 mRNA 完全互补配对， 使其降解，反之则抑制靶基因 mRNA 的翻译（Bar；Park et al.，2005 ）。在植物中，由于 miRNA 与靶配对，miRNA 主要通过对靶 mRNA 的剪切作用导致位点多位于 3＇-UTR，miRNA 对 mRNA 的剪切产检测。5＇RACE 回收片段表明，miRNA 对其靶 mR的第 9、10 或 11 位碱基（Emery et al.，2003；Milla靶mRNA 的剪切降解作用外，也有一些miRNA通过
法A 提取、cDNA 文库的构建及 small RNA 测序态鉴定结果（Quan et al.，2019），对早实核桃‘新新 2’雌花芽分、中（F_2）、后（F_3）的雌花芽及雌花芽分化临界期的叶芽（JRRNA 测序，测序由北京诺禾致源生物公司完成。总 RNA 提取采用脂糖凝胶电泳（1.2%）检测 RNA 的降解程度，Nanodrop 检测 R/280），Qubit 对 RNA 浓度进行精确定量，Agilent2100 精确检测 R合格后，使用 Small RNA Sample Pre Kit 构建文库，利用 Small RN特殊结构（5＇端的磷酸基团，3＇端的羟基），以总 RNA 为起始样 两端加上接头，进行反转录合成 cDNA。然后进行 PCR 扩增，PA DNA 片段，切胶回收得到的即为 cDNA 文库（图 2-1）。文库构建完.0 进行初步定量，稀释文库至 1 ng/μl，再采用 Agilent2100 对文库测，最后使用 Q-PCR 对文库的有效浓度进行精确定量（文库有效合格后进行 HiSeq/MiSeq 测序。
【参考文献】：
期刊论文
[1]核桃不定根发生阶段内参基因筛选与关键基因表达分析[J]. 宋晓波,常英英,刘昊,徐慧敏,裴东. 园艺学报. 2019(10)
[2]梨花芽休眠进程中microRNA实时定量PCR内参基因的筛选[J]. 马鑫瑞,李亮,杨梦洁,廖正萍,王文婷,刘靖媛,吴少华,李永裕. 分子植物育种. 2018(14)
[3]新疆早实核桃花芽分化特性研究[J]. 张强,宁万军,黄闽敏,廖康,王国安. 中国果树. 2017(06)
[4]新疆核桃‘温185’和‘新新2号’花芽分化特点与成花基因表达分析[J]. 温腾健,马凯,韩立群,王继勋,胡建芳. 中国农业大学学报. 2017(04)
[5]从植物学角度说核桃[J]. 张志华,裴东. 生命世界. 2016(08)
[6]新疆早实核桃和晚实核桃叶绿素荧光特征差异比较[J]. 全绍文,曹福军,牛建新. 果树学报. 2016(07)
[7]大豆干旱胁迫下miRNA与mRNA荧光定量PCR内参基因的筛选[J]. 刘伟灿,王骐,周永刚,邓宇,赵利旦,王兴超,靳京,董园园,王南,王法微,陈欢,李晓薇,李海燕. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2016(02)
[8]与核桃早实性连锁的SCAR标记基因的克隆与表达[J]. 曹福军,叶春秀,牛建新,孙晓霞. 分子植物育种. 2015(06)
[9]石蒜属植物实时荧光定量PCR内参基因的选择[J]. 蒋婷婷,高燕会,童再康. 园艺学报. 2015(06)
[10]新疆早实核桃FLOWERING LOCUS C同源基因的克隆与序列分析[J]. 张莉,牛建新. 新疆农业科学. 2014(08)
博士论文
[1]受松—杨栅锈菌侵染的杨树miRNA表达特征及其调控作用[D]. 陈敏.西北农林科技大学 2017
[2]核桃花芽分化组织学和激素原位分析研究[D]. 高英.中国林业科学研究院 2014
[3]白菜花粉发育相关microRNA的筛选鉴定与功能研究[D]. 江建霞.浙江大学 2014
[4]‘金冠’苹果miRNA克隆分析及Md-miRLn11靶向调控Md-NBS基因表达影响斑点落叶病抗性研究[D]. 马超.中国农业大学 2013
[5]葡萄转录因子SBP家族基因克隆、表达及功能分析[D]. 侯鸿敏.西北农林科技大学 2013
[6]葡萄microRNA及其靶基因的识别、鉴定及作用方式研究[D]. 王晨.南京农业大学 2012
[7]利用抑制性差减杂交研究早实枳成花转变的分子机理[D]. 张金智.华中农业大学 2010
[8]草莓microRNA的鉴定及差异表达研究[D]. 李贺.沈阳农业大学 2009
硕士论文
[1]猕猴桃SBP-box转录因子基因的鉴定、进化及其表达分析[D]. 祁香宁.西北农林科技大学 2018
[2]新疆核桃种质资源遗传多样性分析[D]. 李超.新疆农业大学 2010
本文编号：3500147
【文章来源】：石河子大学新疆维吾尔自治区 211工程院校
【文章页数】：150 页
【学位级别】：博士
【图文】：
miRNA介导的植物开花途径（TeotiaandTang，2015）
1-2 植物 miRNA 的生物合成（Bartel et al.，2004re 1-2 miRNAbiogenesis in plants （Bartel et al.，20机制基因的结合大多数位于 3＇-非翻译区（3＇-untransl5＇-非翻译区（5＇-untranslated region，5＇-UTR）种：转录后水平对靶 mRNA 的剪切降解、抑制翻译和 RISC 中后通过碱基互补配对特异地识别靶基因 m为，如果 miRNA 与靶基因 mRNA 完全互补配对， 使其降解，反之则抑制靶基因 mRNA 的翻译（Bar；Park et al.，2005 ）。在植物中，由于 miRNA 与靶配对，miRNA 主要通过对靶 mRNA 的剪切作用导致位点多位于 3＇-UTR，miRNA 对 mRNA 的剪切产检测。5＇RACE 回收片段表明，miRNA 对其靶 mR的第 9、10 或 11 位碱基（Emery et al.，2003；Milla靶mRNA 的剪切降解作用外，也有一些miRNA通过
法A 提取、cDNA 文库的构建及 small RNA 测序态鉴定结果（Quan et al.，2019），对早实核桃‘新新 2’雌花芽分、中（F_2）、后（F_3）的雌花芽及雌花芽分化临界期的叶芽（JRRNA 测序，测序由北京诺禾致源生物公司完成。总 RNA 提取采用脂糖凝胶电泳（1.2%）检测 RNA 的降解程度，Nanodrop 检测 R/280），Qubit 对 RNA 浓度进行精确定量，Agilent2100 精确检测 R合格后，使用 Small RNA Sample Pre Kit 构建文库，利用 Small RN特殊结构（5＇端的磷酸基团，3＇端的羟基），以总 RNA 为起始样 两端加上接头，进行反转录合成 cDNA。然后进行 PCR 扩增，PA DNA 片段，切胶回收得到的即为 cDNA 文库（图 2-1）。文库构建完.0 进行初步定量，稀释文库至 1 ng/μl，再采用 Agilent2100 对文库测，最后使用 Q-PCR 对文库的有效浓度进行精确定量（文库有效合格后进行 HiSeq/MiSeq 测序。
【参考文献】：
期刊论文
[1]核桃不定根发生阶段内参基因筛选与关键基因表达分析[J]. 宋晓波,常英英,刘昊,徐慧敏,裴东. 园艺学报. 2019(10)
[2]梨花芽休眠进程中microRNA实时定量PCR内参基因的筛选[J]. 马鑫瑞,李亮,杨梦洁,廖正萍,王文婷,刘靖媛,吴少华,李永裕. 分子植物育种. 2018(14)
[3]新疆早实核桃花芽分化特性研究[J]. 张强,宁万军,黄闽敏,廖康,王国安. 中国果树. 2017(06)
[4]新疆核桃‘温185’和‘新新2号’花芽分化特点与成花基因表达分析[J]. 温腾健,马凯,韩立群,王继勋,胡建芳. 中国农业大学学报. 2017(04)
[5]从植物学角度说核桃[J]. 张志华,裴东. 生命世界. 2016(08)
[6]新疆早实核桃和晚实核桃叶绿素荧光特征差异比较[J]. 全绍文,曹福军,牛建新. 果树学报. 2016(07)
[7]大豆干旱胁迫下miRNA与mRNA荧光定量PCR内参基因的筛选[J]. 刘伟灿,王骐,周永刚,邓宇,赵利旦,王兴超,靳京,董园园,王南,王法微,陈欢,李晓薇,李海燕. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2016(02)
[8]与核桃早实性连锁的SCAR标记基因的克隆与表达[J]. 曹福军,叶春秀,牛建新,孙晓霞. 分子植物育种. 2015(06)
[9]石蒜属植物实时荧光定量PCR内参基因的选择[J]. 蒋婷婷,高燕会,童再康. 园艺学报. 2015(06)
[10]新疆早实核桃FLOWERING LOCUS C同源基因的克隆与序列分析[J]. 张莉,牛建新. 新疆农业科学. 2014(08)
博士论文
[1]受松—杨栅锈菌侵染的杨树miRNA表达特征及其调控作用[D]. 陈敏.西北农林科技大学 2017
[2]核桃花芽分化组织学和激素原位分析研究[D]. 高英.中国林业科学研究院 2014
[3]白菜花粉发育相关microRNA的筛选鉴定与功能研究[D]. 江建霞.浙江大学 2014
[4]‘金冠’苹果miRNA克隆分析及Md-miRLn11靶向调控Md-NBS基因表达影响斑点落叶病抗性研究[D]. 马超.中国农业大学 2013
[5]葡萄转录因子SBP家族基因克隆、表达及功能分析[D]. 侯鸿敏.西北农林科技大学 2013
[6]葡萄microRNA及其靶基因的识别、鉴定及作用方式研究[D]. 王晨.南京农业大学 2012
[7]利用抑制性差减杂交研究早实枳成花转变的分子机理[D]. 张金智.华中农业大学 2010
[8]草莓microRNA的鉴定及差异表达研究[D]. 李贺.沈阳农业大学 2009
硕士论文
[1]猕猴桃SBP-box转录因子基因的鉴定、进化及其表达分析[D]. 祁香宁.西北农林科技大学 2018
[2]新疆核桃种质资源遗传多样性分析[D]. 李超.新疆农业大学 2010
本文编号：3500147
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