基于表型性状及SSR、SNP标记的樱桃番茄种质资源遗传多样性分析
发布时间：2022-01-15 02:27
由于番茄育种过程中樱桃番茄优良性状的聚合及定向选择,其遗传背景越来越趋于狭窄,本研究首先利用Mi标记,通过L16（45）正交试验设计对樱桃番茄实用化PCR分子标记扩增反应体系进行优化;以收集到的54份樱桃番茄种质资源为供试材料,利用上述优化后的PCR体系与程序对供试的54份樱桃番茄进行抗病性分子鉴定,并分别对表型性状中的15个数量性状进行遗传变异分析及相关性分析,对遗传变异比较丰富的18个性状进行主成分分析,在此基础上开展54份樱桃番茄种质的综合评价和聚类分析;利用北京市农林科学院申请专利中的第一套SSR引物（24对）,通过ABI 3500毛细管电泳仪对54份樱桃番茄种质资源进行检测;利用374对SNP引物和KASP技术对54樱桃番茄种质资源进行基因型检测;利用表型性状结合SSR及SNP标记对其进行遗传多样性研究。研究结果表明:1.樱桃番茄实用化PCR分子标记PCR最佳反应体系（20 μL）为引物0.5 μmol/L、Mg2+1.5mmol/L、dNTPs0.3mmol/L、DNA 480ng、聚合酶 1.OUTaq;最适退火温度 56℃,最佳循环次数为33次;从中筛选出至少含有1种抗...
【文章来源】：宁夏大学宁夏回族自治区 211工程院校
【文章页数】：89 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２－１番茄叶片ＤＮＡ的琼脂糖凝胶电泳检测??
Ｊ－２?０００?ｂｐ??關ｌ川隱：??图２－１番茄叶片ＤＮＡ的琼脂糖凝胶电泳检测??Ｆｉｇ．２－１?Ｔｈｅ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｏｇｒａｍ?ｏｆ?ＤＮＡ?ｓａｍｐｌｅｓ?ｏｆ?Ｔｏｍａｔｏ??２．２．２番茄抗病基因分子标记ＰＣＲ正交设计直观分析??正交试验ＰＣＲ产物电泳结果如图２－２所示，并对４次重复实验分别进行评分（表２－５）。假设各因素??间不存在交互作用，计算同一影响因素不同水平打分结果的均值和极差，由表２－６可知，各因素对ＰＣＲ结??果的影响程度依次为：模板ＤＮＡ＞引物＞ｄＮＴＰｓ＞Ｍｇ＞＞Ｔａｑ酶，即模板ＤＮＡ对番茄ＰＣＲ反应体系影响最大，??Ｔａｑ酶对番茄ＰＣＲ反应体系影响最小。??１?１?２?２?３?３?４?４?５?５?６?６?７?７?８?８?９?９?１０?１０?１１?１１?１２?１２?Ｍ?１３?１３?１４?１４?１５?１５?１６?１６?Ｍ??■—２?０００?ｂｐ??Ｈ—１?０００?ｂｐ??Ｄ—７５０?ｂｐ??３—５００?ｂｐ??■?■?＾＾３—２５０?ｂｐ??ｉｏｏｂｐ??图２－２抗病基因分子标记反应体系正交试验１６个处理的电泳结果??Ｆｉｇ．２－２?Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｏｇｒａｍ?ｏｆ?Ｔｏｍａｔｏ?ｂｙ?ｍｏｌｅｃｕｌａｒ?ｍａｋｅｒ?ｏｆ?ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ?ｇｅｎｅ?ｒｅａｃｔｉｏｎ?ｏｒｔｈｏｇｏｎａｌ?ｄｅｓｉｇｎ??？１２－??
抗病检测任务重，为了更高效、便捷的同时鉴定多种病害，将退火温度固定为５６°Ｃ。??２．２．６番茄抗病基因分子标记ＰＣＲ循环次数的选择??如图２－５所示，为了保证ＰＣＲ扩增效果更好，本实验对ＰＣＲ循环次数进行筛选，分别设置了?３０次、??＇?３３次、３６次、３９次和４１次循环共５个循环梯度，结果表明，５个循环梯度均可扩增出较为清晰的目标条??带，但３０次循环较其他循环次数来说，扩增出的条带较弱，３３次、３６次循环扩增出的条带较亮，３９次、??４０次循环扩增出的条带最亮，在不影响试验结果的前提下从节约时间考虑，番茄抗病基因分子标记ＰＣＲ??反应循环次数为３３次即可保证正常扩增。??３０?３０?３０?３３?３３?３３?３６?３６?３６?３９?３９?３９?４１?４１?４１?Ｍ??３－，?＇?－?？?■—２?０００?ｂｐ??１?０００?ｂｐ??■—７５０?ｂｐ??＜＇■＊?＊?八，５００?ｂｐ??２５０?ｂｐ??１００?ｂｐ??图２－５循环次数对抗病基因分子标记的影响??Ｆｉｇ．２－５?Ｅｆｆｅｃｔｓ?ｏｆ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｃｙｃｌｅ?ｔｉｍｅｓ?ｏｎ?ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ?ｇｅｎｅ?ｒｅａｃｔｉｏｎ?ｏｒｔｈｏｇｏｎａｌ?ｄｅｓｉｇｎ??２．２．７最佳反应体系的验证与抗病种质筛选??用筛选出的最佳反应体系（２０?ＭＬ）：?０．５?Ｐｍｏｌ／Ｌ?引物、１．５ｍｍｏｌ／Ｌ?Ｍｇ２＿、０．３?ｍｍｏｌ／Ｌ?ｄＮＴＰｓ、１．０Ｕ?Ｔａｑ??ＤＮＡ聚合酶、４８０ｎｇＤＮＡ；最适扩增程序：９５°Ｃ预变性５ｍｉｎｌ个循环
【参考文献】：
期刊论文
[1]关于我国农业新旧动能转换的思考[J]. 樊祥成,徐晓梅. 农村金融研究. 2018(05)
[2]氮磷钾肥对木薯‘桂热4号’生物量动态的影响[J]. 郑华,文峰,罗燕春,李军,韦云东,盘欢. 热带农业科学. 2018(04)
[3]番茄种质资源的多样性和聚类分析[J]. 张静,白瑞,贾莹,温仕达,郎小平,许小勇. 中国瓜菜. 2018(02)
[4]基于表型性状及抗病标记的番茄种质资源遗传多样性分析[J]. 张倩男,王晓敏,芮文婧,胡学义,胡新华,付金军,高艳明,李建设,张亚红. 西南农业学报. 2018(01)
[5]应用SNP标记分析24份烟草品种的遗传多样性[J]. 张剑锋,罗朝鹏,何声宝,金静静,李泽锋,许亚龙,谢小东,魏攀,王燃,杨军. 烟草科技. 2017(11)
[6]山茴香SRAP反应体系正交设计优化及引物筛选[J]. 李维卫,王爱兰,聂臻臻. 基因组学与应用生物学. 2017(08)
[7]47份大果番茄种质资源表型性状的遗传多样性[J]. 芮文婧,张倩男,王晓敏,胡新华,付金军,高艳明,李建设. 江苏农业科学. 2017(12)
[8]内蒙古78份葱属野生种表型遗传多样性分析[J]. 李鸿雁,李俊,黄帆,李志勇,刘磊. 植物遗传资源学报. 2017(04)
[9]我国瓜菜产业现状与发展方向[J]. 王娟娟. 中国蔬菜. 2017(06)
[10]酥瓜（Cucumis melo var. conomon Group）基因组DNA提取及RAPD分子标记反应体系的建立[J]. 陈国户,葛继涛,袁凌云,朱世东,苏亚,刘姗,汪承刚. 基因组学与应用生物学. 2017(04)
博士论文
[1]簸箕柳基因组测序及功能基因研究[D]. 戴晓港.南京林业大学 2017
[2]基于SSR、SNP和形态学标记的甘薯种质资源遗传多样性研究[D]. 杨新笋.中国农业大学 2016
[3]分子标记技术在小麦抗白粉病育种及指纹图谱分析中的应用研究[D]. 王心宇.南京农业大学 2000
硕士论文
[1]普通粉果番茄和樱桃番茄品种的综合评价[D]. 赵娜.西北农林科技大学 2016
[2]芸薹属蔬菜低深度测序SNP分型及其应用[D]. 付丽霞.中国农业科学院 2016
[3]宁夏水稻地方品种与自育品种遗传多样性比较分析[D]. 马斯霜.宁夏大学 2016
[4]基于表型性状与SSR、SRAP标记的苦瓜种质资源遗传多样性分析[D]. 黄月琴.江西农业大学 2015
[5]加工番茄核心种质构建与重要农艺性状关联分析[D]. 邓学斌.中国农业科学院 2015
[6]番茄种质资源鉴定评价[D]. 张前荣.广西大学 2014
[7]甘蓝型油菜全基因组SCAR标记开发及其应用[D]. 肖娜芸.华中农业大学 2013
[8]茄子种质资源形态学标记及ISSR、SSR遗传多样性分析[D]. 于晓虎.西南大学 2012
[9]番茄抗病基因Ty-2的分子标记及其在辅助选择中的应用[D]. 王琳珊.河北科技大学 2012
[10]基于SSR分子标记的葡萄种质资源遗传多样性分析及品种鉴定[D]. 张萌.南京农业大学 2012
本文编号：3589712
【文章来源】：宁夏大学宁夏回族自治区 211工程院校
【文章页数】：89 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２－１番茄叶片ＤＮＡ的琼脂糖凝胶电泳检测??
Ｊ－２?０００?ｂｐ??關ｌ川隱：??图２－１番茄叶片ＤＮＡ的琼脂糖凝胶电泳检测??Ｆｉｇ．２－１?Ｔｈｅ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｏｇｒａｍ?ｏｆ?ＤＮＡ?ｓａｍｐｌｅｓ?ｏｆ?Ｔｏｍａｔｏ??２．２．２番茄抗病基因分子标记ＰＣＲ正交设计直观分析??正交试验ＰＣＲ产物电泳结果如图２－２所示，并对４次重复实验分别进行评分（表２－５）。假设各因素??间不存在交互作用，计算同一影响因素不同水平打分结果的均值和极差，由表２－６可知，各因素对ＰＣＲ结??果的影响程度依次为：模板ＤＮＡ＞引物＞ｄＮＴＰｓ＞Ｍｇ＞＞Ｔａｑ酶，即模板ＤＮＡ对番茄ＰＣＲ反应体系影响最大，??Ｔａｑ酶对番茄ＰＣＲ反应体系影响最小。??１?１?２?２?３?３?４?４?５?５?６?６?７?７?８?８?９?９?１０?１０?１１?１１?１２?１２?Ｍ?１３?１３?１４?１４?１５?１５?１６?１６?Ｍ??■—２?０００?ｂｐ??Ｈ—１?０００?ｂｐ??Ｄ—７５０?ｂｐ??３—５００?ｂｐ??■?■?＾＾３—２５０?ｂｐ??ｉｏｏｂｐ??图２－２抗病基因分子标记反应体系正交试验１６个处理的电泳结果??Ｆｉｇ．２－２?Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｏｇｒａｍ?ｏｆ?Ｔｏｍａｔｏ?ｂｙ?ｍｏｌｅｃｕｌａｒ?ｍａｋｅｒ?ｏｆ?ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ?ｇｅｎｅ?ｒｅａｃｔｉｏｎ?ｏｒｔｈｏｇｏｎａｌ?ｄｅｓｉｇｎ??？１２－??
抗病检测任务重，为了更高效、便捷的同时鉴定多种病害，将退火温度固定为５６°Ｃ。??２．２．６番茄抗病基因分子标记ＰＣＲ循环次数的选择??如图２－５所示，为了保证ＰＣＲ扩增效果更好，本实验对ＰＣＲ循环次数进行筛选，分别设置了?３０次、??＇?３３次、３６次、３９次和４１次循环共５个循环梯度，结果表明，５个循环梯度均可扩增出较为清晰的目标条??带，但３０次循环较其他循环次数来说，扩增出的条带较弱，３３次、３６次循环扩增出的条带较亮，３９次、??４０次循环扩增出的条带最亮，在不影响试验结果的前提下从节约时间考虑，番茄抗病基因分子标记ＰＣＲ??反应循环次数为３３次即可保证正常扩增。??３０?３０?３０?３３?３３?３３?３６?３６?３６?３９?３９?３９?４１?４１?４１?Ｍ??３－，?＇?－?？?■—２?０００?ｂｐ??１?０００?ｂｐ??■—７５０?ｂｐ??＜＇■＊?＊?八，５００?ｂｐ??２５０?ｂｐ??１００?ｂｐ??图２－５循环次数对抗病基因分子标记的影响??Ｆｉｇ．２－５?Ｅｆｆｅｃｔｓ?ｏｆ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｃｙｃｌｅ?ｔｉｍｅｓ?ｏｎ?ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ?ｇｅｎｅ?ｒｅａｃｔｉｏｎ?ｏｒｔｈｏｇｏｎａｌ?ｄｅｓｉｇｎ??２．２．７最佳反应体系的验证与抗病种质筛选??用筛选出的最佳反应体系（２０?ＭＬ）：?０．５?Ｐｍｏｌ／Ｌ?引物、１．５ｍｍｏｌ／Ｌ?Ｍｇ２＿、０．３?ｍｍｏｌ／Ｌ?ｄＮＴＰｓ、１．０Ｕ?Ｔａｑ??ＤＮＡ聚合酶、４８０ｎｇＤＮＡ；最适扩增程序：９５°Ｃ预变性５ｍｉｎｌ个循环
【参考文献】：
期刊论文
[1]关于我国农业新旧动能转换的思考[J]. 樊祥成,徐晓梅. 农村金融研究. 2018(05)
[2]氮磷钾肥对木薯‘桂热4号’生物量动态的影响[J]. 郑华,文峰,罗燕春,李军,韦云东,盘欢. 热带农业科学. 2018(04)
[3]番茄种质资源的多样性和聚类分析[J]. 张静,白瑞,贾莹,温仕达,郎小平,许小勇. 中国瓜菜. 2018(02)
[4]基于表型性状及抗病标记的番茄种质资源遗传多样性分析[J]. 张倩男,王晓敏,芮文婧,胡学义,胡新华,付金军,高艳明,李建设,张亚红. 西南农业学报. 2018(01)
[5]应用SNP标记分析24份烟草品种的遗传多样性[J]. 张剑锋,罗朝鹏,何声宝,金静静,李泽锋,许亚龙,谢小东,魏攀,王燃,杨军. 烟草科技. 2017(11)
[6]山茴香SRAP反应体系正交设计优化及引物筛选[J]. 李维卫,王爱兰,聂臻臻. 基因组学与应用生物学. 2017(08)
[7]47份大果番茄种质资源表型性状的遗传多样性[J]. 芮文婧,张倩男,王晓敏,胡新华,付金军,高艳明,李建设. 江苏农业科学. 2017(12)
[8]内蒙古78份葱属野生种表型遗传多样性分析[J]. 李鸿雁,李俊,黄帆,李志勇,刘磊. 植物遗传资源学报. 2017(04)
[9]我国瓜菜产业现状与发展方向[J]. 王娟娟. 中国蔬菜. 2017(06)
[10]酥瓜（Cucumis melo var. conomon Group）基因组DNA提取及RAPD分子标记反应体系的建立[J]. 陈国户,葛继涛,袁凌云,朱世东,苏亚,刘姗,汪承刚. 基因组学与应用生物学. 2017(04)
博士论文
[1]簸箕柳基因组测序及功能基因研究[D]. 戴晓港.南京林业大学 2017
[2]基于SSR、SNP和形态学标记的甘薯种质资源遗传多样性研究[D]. 杨新笋.中国农业大学 2016
[3]分子标记技术在小麦抗白粉病育种及指纹图谱分析中的应用研究[D]. 王心宇.南京农业大学 2000
硕士论文
[1]普通粉果番茄和樱桃番茄品种的综合评价[D]. 赵娜.西北农林科技大学 2016
[2]芸薹属蔬菜低深度测序SNP分型及其应用[D]. 付丽霞.中国农业科学院 2016
[3]宁夏水稻地方品种与自育品种遗传多样性比较分析[D]. 马斯霜.宁夏大学 2016
[4]基于表型性状与SSR、SRAP标记的苦瓜种质资源遗传多样性分析[D]. 黄月琴.江西农业大学 2015
[5]加工番茄核心种质构建与重要农艺性状关联分析[D]. 邓学斌.中国农业科学院 2015
[6]番茄种质资源鉴定评价[D]. 张前荣.广西大学 2014
[7]甘蓝型油菜全基因组SCAR标记开发及其应用[D]. 肖娜芸.华中农业大学 2013
[8]茄子种质资源形态学标记及ISSR、SSR遗传多样性分析[D]. 于晓虎.西南大学 2012
[9]番茄抗病基因Ty-2的分子标记及其在辅助选择中的应用[D]. 王琳珊.河北科技大学 2012
[10]基于SSR分子标记的葡萄种质资源遗传多样性分析及品种鉴定[D]. 张萌.南京农业大学 2012
本文编号：3589712
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