番茄果实条斑基因的定位和茎粗基因的候选克隆
发布时间：2022-01-17 07:46
番茄果实颜色主要由类胡萝卜素和类黄酮决定。番茄果实绿色条斑（green strip,gs）会导致成熟果实表皮特定的条斑花纹,因而外观收到消费者的喜爱。利用集团分离分析（Bulked Segregation Analysis,BSA）的方法能在较短时间内获得只与目标性状关联的两个基因池,再结合测序分析和分子标记进行分析,快速定位gs基因。番茄茎粗（StemDiameter,SD）是影响植株长势和抗倒伏的重要因素。番茄的茎具有支持、运输、储藏等功能,主要由表皮、皮层、维管束和髓组成;维管形成层的不断分裂使得茎加粗,其向内形成初生木质部,向外形成初生韧皮部。本实验室对360份番茄核心种质进行全基因组测序,测量了 279份材料的茎粗进行关联分析,候选控制茎粗性状基因sd,并作功能鉴定。主要结果如下:1.利用条斑果番茄系PK与着色均匀果番茄系M82为亲本构建了一个含有627棵单株的F2分离群体,果实红熟期进行表型鉴定。经卡方分析,得出条斑性状为单基因控制的隐性性状。挑选条斑果与均匀果植株构成两个分离池,进行BSA测序分析,比对两个DNA池中的SNP频率差异,候选出ASNP index>0....
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：54 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２亲本与巧不同成熟期果实??Ａ：斑ＰＫＢ：Ｍ８２Ｃ：ＦＤ：Ｆ
图３：两个极端池各ＳＮＰ的ＡＳＮＰ?ｉｎｄｅｘ，??Ａ：全基因组＾ＳＮＰｉｎｄｅｘ分布（零假设检验置信区间，绿色线为Ｐ＜０．０５，蓝色线为／＞＜０．０１）；?Ｂ：??７号染色体上仏仰ｉｎｄｅｘ的分布??Ｆｉｇｕｒｅ?３?：?ＡＳＮＰ?ｉｎｄｅｘ?ｏｆ?ｅｖｅｒｙ?ＳＮＰｓ?ｉｎ?ｔｗｏ?ｍｉｘｅｄ?ｐｏｏｌｓ??Ａｓ?ＡＳＮＰ?ｉｎｄｅｘ?ｉｎ?ｇｅｎｏｍｅ?（Ｃｏｎｆｉｄｅｎｃｅ?ｉｎｔｅｒｖａｌ?ｏｆ?ｎｕｌｌ?ｈｙｐｏｔｈｅｓｉｓ?ｔｅｓｔｉｎｇ？?ｇｒｅｅｎ?ｌｉｎｅ？?Ｐ＜０．０５，??ｂｌｕｅ?ｌｉｎｅ９?Ｐ＜０．０１）；?Ｂ：?ＡＳＮＰ?ｉｎｄｅｘ?ｉｎ?ｃｈｒｏｍｅ７??２．３．３?ＣＡＰＳ标记的开发与基因定位??由于ＢＳＡ分析得到的条斑性状基因识候选区段较大，因此我们根据ＢＳＡ分析获得??的两亲本间的差异ＳＮＰ位点，在候选区段前后扩大１５?Ｍ范围内设计ＣＡＰＳ标记。ＣＡＰＳ??标记是酶切扩增多态性分子标记，利用己知位点的ＤＮＡ序列设计特异性引物扩增该位??点的ＤＮＡ，接用限制切酶切割扩产，凝电泳切。ＣＡＰＳ记
微镜进行观察并拍照。??３．３实验结果与分析??３．３．１全基因组关联分析??３０４份番茄核心种质资源的茎粗性状全基因组关联分析得到的曼哈顿图（Ｍａｎｈａｔｔａｎ??ｐｌｏｔｓ）如下，其中Ｘ轴代表染色体，１２条染色体连续排列，Ｙ轴代表ＳＮＰｓ的－ｌｏｇｌＯ??（Ｐ）值，从图中可以看出与茎粗显著相关的ＳＮＰｓ在染色体上的分布状态。综合分析??茎粗关联候选位点，９号染色体显著关联的ＳＮＰ?（ｌｅａｄ?ＳＮＰ）为＊＊６９８２９?（／＞ｖａｌｕｅ＝??２．４９ｘｌ（Ｔ７）。在ｌｅａｄ?ＳＮＰ上下游５０?ｋｂ范围内分布了?９个基因，而一个激酶互作家族蛋??白（Ｋｉｎａｓｅ?ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ?ｆａｍｉｌｙ?ｐｒｏｔｅｉｎ）基因?２５１０?起始位点位于上游?５．９?ｋｂ，全长?７．３?ｋｂ，??ｌｅａｄＳＮＰ落在其基因内部，将此基因作为茎粗ＱＴＬ的候选基因。??Ｃｏｍｐｒｅｓｓｅｄ?ＭＬＭ?ｏｏ＞ｐｔｏｔ??
【参考文献】：
期刊论文
[1]高通量测序技术结合正向遗传学手段在基因定位研究中的应用[J]. 陆才瑞,邹长松,宋国立. 遗传. 2015(08)
[2]玉米穗位叶宽与茎粗相关性的初步研究[J]. 赵晓燕. 中国农学通报. 2011(09)
[3]不同发育阶段大豆株高和茎粗QTL的动态分析[J]. 周蓉,陈海峰,王贤智,张晓娟,单志慧,吴学军,邱德珍,伍宝朵,沙爱华,杨中路,周新安. 植物遗传资源学报. 2010(03)
[4]番茄幼苗茎的解剖学数量性状研究[J]. 魏丽艳,李富恒,谭大海. 东北农业大学学报. 2009(03)
[5]大豆倒伏性及其相关性状的QTL分析[J]. 周蓉,王贤智,陈海峰,张晓娟,单志慧,吴学军,蔡淑平,邱德珍,周新安,吴江生. 作物学报. 2009(01)
[6]植物细胞分化的启动控制和分化过程的阶段性[J]. 崔克明. 生命科学. 1997(02)
[7]大豆茎粗与籽粒产量构成因素的关系[J]. 何永枝. 中国油料. 1996(02)
博士论文
[1]水稻苗期稻瘟病抗性的全基因组关联分析[D]. 王彩红.中国农业科学院 2014
本文编号：3594339
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：54 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２亲本与巧不同成熟期果实??Ａ：斑ＰＫＢ：Ｍ８２Ｃ：ＦＤ：Ｆ
图３：两个极端池各ＳＮＰ的ＡＳＮＰ?ｉｎｄｅｘ，??Ａ：全基因组＾ＳＮＰｉｎｄｅｘ分布（零假设检验置信区间，绿色线为Ｐ＜０．０５，蓝色线为／＞＜０．０１）；?Ｂ：??７号染色体上仏仰ｉｎｄｅｘ的分布??Ｆｉｇｕｒｅ?３?：?ＡＳＮＰ?ｉｎｄｅｘ?ｏｆ?ｅｖｅｒｙ?ＳＮＰｓ?ｉｎ?ｔｗｏ?ｍｉｘｅｄ?ｐｏｏｌｓ??Ａｓ?ＡＳＮＰ?ｉｎｄｅｘ?ｉｎ?ｇｅｎｏｍｅ?（Ｃｏｎｆｉｄｅｎｃｅ?ｉｎｔｅｒｖａｌ?ｏｆ?ｎｕｌｌ?ｈｙｐｏｔｈｅｓｉｓ?ｔｅｓｔｉｎｇ？?ｇｒｅｅｎ?ｌｉｎｅ？?Ｐ＜０．０５，??ｂｌｕｅ?ｌｉｎｅ９?Ｐ＜０．０１）；?Ｂ：?ＡＳＮＰ?ｉｎｄｅｘ?ｉｎ?ｃｈｒｏｍｅ７??２．３．３?ＣＡＰＳ标记的开发与基因定位??由于ＢＳＡ分析得到的条斑性状基因识候选区段较大，因此我们根据ＢＳＡ分析获得??的两亲本间的差异ＳＮＰ位点，在候选区段前后扩大１５?Ｍ范围内设计ＣＡＰＳ标记。ＣＡＰＳ??标记是酶切扩增多态性分子标记，利用己知位点的ＤＮＡ序列设计特异性引物扩增该位??点的ＤＮＡ，接用限制切酶切割扩产，凝电泳切。ＣＡＰＳ记
微镜进行观察并拍照。??３．３实验结果与分析??３．３．１全基因组关联分析??３０４份番茄核心种质资源的茎粗性状全基因组关联分析得到的曼哈顿图（Ｍａｎｈａｔｔａｎ??ｐｌｏｔｓ）如下，其中Ｘ轴代表染色体，１２条染色体连续排列，Ｙ轴代表ＳＮＰｓ的－ｌｏｇｌＯ??（Ｐ）值，从图中可以看出与茎粗显著相关的ＳＮＰｓ在染色体上的分布状态。综合分析??茎粗关联候选位点，９号染色体显著关联的ＳＮＰ?（ｌｅａｄ?ＳＮＰ）为＊＊６９８２９?（／＞ｖａｌｕｅ＝??２．４９ｘｌ（Ｔ７）。在ｌｅａｄ?ＳＮＰ上下游５０?ｋｂ范围内分布了?９个基因，而一个激酶互作家族蛋??白（Ｋｉｎａｓｅ?ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ?ｆａｍｉｌｙ?ｐｒｏｔｅｉｎ）基因?２５１０?起始位点位于上游?５．９?ｋｂ，全长?７．３?ｋｂ，??ｌｅａｄＳＮＰ落在其基因内部，将此基因作为茎粗ＱＴＬ的候选基因。??Ｃｏｍｐｒｅｓｓｅｄ?ＭＬＭ?ｏｏ＞ｐｔｏｔ??
【参考文献】：
期刊论文
[1]高通量测序技术结合正向遗传学手段在基因定位研究中的应用[J]. 陆才瑞,邹长松,宋国立. 遗传. 2015(08)
[2]玉米穗位叶宽与茎粗相关性的初步研究[J]. 赵晓燕. 中国农学通报. 2011(09)
[3]不同发育阶段大豆株高和茎粗QTL的动态分析[J]. 周蓉,陈海峰,王贤智,张晓娟,单志慧,吴学军,邱德珍,伍宝朵,沙爱华,杨中路,周新安. 植物遗传资源学报. 2010(03)
[4]番茄幼苗茎的解剖学数量性状研究[J]. 魏丽艳,李富恒,谭大海. 东北农业大学学报. 2009(03)
[5]大豆倒伏性及其相关性状的QTL分析[J]. 周蓉,王贤智,陈海峰,张晓娟,单志慧,吴学军,蔡淑平,邱德珍,周新安,吴江生. 作物学报. 2009(01)
[6]植物细胞分化的启动控制和分化过程的阶段性[J]. 崔克明. 生命科学. 1997(02)
[7]大豆茎粗与籽粒产量构成因素的关系[J]. 何永枝. 中国油料. 1996(02)
博士论文
[1]水稻苗期稻瘟病抗性的全基因组关联分析[D]. 王彩红.中国农业科学院 2014
本文编号：3594339
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