基于SNP的桃金娘种质资源遗传多样性研究
发布时间：2022-02-18 16:55
在中国,桃金娘广泛分布华南各地,是传统中药材资源,也是优良的新型观花观果的园林植物和乡村振兴的新型果品经济作物。通过开展我国野生桃金娘地理种源的收集与生境分析、桃金娘种源种群内和种群间遗传多样性分析与基因测序研究,可探讨其地理遗传差异及其生境的影响,揭示其种源遗传多样性特点及其变异的机理,为进一步的桃金娘的引种驯化提供理论依据和生产指导。本研究采用新一代单核苷酸多态性标记技术SNP（Single Nucleotide Polymorphisms）对采自中国20个种源共179份野生桃金娘植株材料进行亲缘性差异遗传分析:使用MEGA X软件,基于邻接法（neighbor-joining）,采用Kimura2-parameter模型,bootstrap重复1,000次,构建各样品的系统发育树。基于SNP,通过admixture软件,分析样品的群体结构,分别假设样品的分群数（K值）为1-20,进行聚类,并对聚类结果进行交叉验证,根据交叉验证错误率的估值确定最优分群数;基于SNP,通过EIGENSOFT软件,进行主成分分析,得到样品的主成分聚类情况;通过PCA分析比较桃金娘种源的亲缘疏近关系,将...
【文章来源】：广东海洋大学广东省
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
SNPS测序方法示意图
基于SNP的桃金娘种质资源遗传多样性研究122.2.1SLAF实验流程图2-2生物信息分析流程Fig2-2Biologicalinformationanalysisprocess利用SLAF-seq数据分组和基因型定义软件，基于序列相似性对所有具有清晰索引信息的SLAF对端读取进行聚类。为了减少计算要求，相同的读取被合并在一起，并且通过BLAT23序列使用一对一比对检测序列相似性，超过90%的一致性被分组在一个SLAF位点中。为了客观地评价基因分型的准确性，利用每个单核苷酸多态性的数量，计算了给定个体在相应位点上有特定基因型的后验条件概率。假设某一特定位点有m个等位基因，表示为（A1，A2，…，Am）。根据这些基因型在有限概率空间中出现的理论频率，给每个基因型分配一个先验概率。对于纯合子基因型，这个先验概率是相等的，但是对于一个纯合子基因型，这个概率是双倍。考虑一对不同的等位基因a和a/，可以使用以下公式计算一个等位基因到另一个等位基因的测序概率。过滤测序reads的接头后，进行测序质量和数据量的评估。通过拟南芥数据评估RsaI+HaeIII的酶切效率，以此判断实验过程的准确性和有效性。根据生物信息学分析，在群体中开发全基因组范围的SNP标记，利用群体内具有代表性
广东海洋大学硕士学位论文13的高质量SNP进行群体多态性分析。具体生物信息分析流程见图2-2。2.2.2SLAF标签开发图2-3SLAF标签开发流程Fig2-3SLAFlabeldevelopmentprocess本试验测序产生的reads来源于同一限制性内切酶对不同样品作用产生的长reads来源于一个SLAF片段（SLAF标签）。同一SLAF标签在不同样品间的序列相似度远高于不同SLAF标签间的相似度；一个SLAF标签在不同样品间序列有差异（即有多态性），即可定义为多态性SLAF标签。多态性SLAF标签开发流程图见图2-3。2.2.3DNA提取桃金娘叶片DNA的提取按照传统的CTAB提取DNA方法，具体操作步骤如下：1.液氮研磨样品用75%酒精棉擦拭台面、研钵内部及药匙，酒精灼烧研钵、研磨棒及药匙。温度降低后用新的PE手套盖住所有研钵，防止研磨产生的组织飞沫造成交叉污染。研磨前取出一个研钵和研磨棒，液氮彻底冷却后放入100mg植物组织样品（冷冻组织不能解冻），立即将液氮注入研钵中，用研钵棒将组织充分研磨成粉末状，期间适时补充液氮，防止样品融化，须一直保持在低温状态，研磨充分后
【参考文献】：
期刊论文
[1]不同处理对桃金娘扦插成活的影响[J]. 李冰,李进华,孙开道,唐庆,陈尔,林茂. 热带农业科学. 2019(10)
[2]UPLC法同时测定桃金娘果中4种酚类成分[J]. 银慧慧,刘伟,赵武,孟菲,姜源明,覃振华,孙建华. 中国兽药杂志. 2019(08)
[3]不同基质和促根剂对灰木莲嫩枝扦插生根的影响[J]. 赵翔,李清莹,姜清彬,仲崇禄,张捷. 南京林业大学学报(自然科学版). 2019(02)
[4]桃金娘种子育苗技术研究[J]. 陈杰,全阳,吴开立,韩成友. 热带林业. 2018(04)
[5]桃金娘扦插繁殖研究[J]. 黄意成,袁亮,郑海,曾庆钱. 安徽农业科学. 2017(34)
[6]尾叶桉林下5种植物的耐阴性、生物量及其个体消长[J]. 公绪云,饶兴权,周丽霞,王晓玲,朱小林,蔡锡安. 生态学报. 2018(03)
[7]IBA与NAA对桃金娘扦插繁殖的影响[J]. 叶昌辉,陈廷慧,陈恒恒,郑晓婷,陈丹,吴钿. 亚热带植物科学. 2017(02)
[8]运用SLAF-seq技术构建水稻高密度遗传图谱[J]. 彭强,叶生鑫,黄龙,张大双,刘颖,吴健强,张玉珊,朱速松. 分子植物育种. 2016(08)
[9]基质、插穗及促根剂对喜树扦插生根的影响[J]. 吴雅琼,汪贵斌,曹福亮,祖元刚. 南京林业大学学报(自然科学版). 2016(03)
[10]基于SLAF-seq技术的甘薯SNP位点开发[J]. 苏文瑾,赵宁,雷剑,王连军,柴沙沙,杨新笋. 中国农业科学. 2016(01)
博士论文
[1]基于简化基因组测序的油菜高通量SNP分析及白菜基因组DNA甲基化解析[D]. 陈勋.华中农业大学 2014
硕士论文
[1]利用SLAF-seq技术构建高密度丹参连锁图谱[D]. 刘甜.山东农业大学 2016
[2]基于SLAF标记的苹果遗传连锁图谱构建[D]. 陶红霞.西北农林科技大学 2015
[3]桃金娘（Rhodomyrtus Tomentosa （Ait） Hassk） 的生殖生态学研究[D]. 韦明思.华南师范大学 2005
本文编号：3631200
【文章来源】：广东海洋大学广东省
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
SNPS测序方法示意图
基于SNP的桃金娘种质资源遗传多样性研究122.2.1SLAF实验流程图2-2生物信息分析流程Fig2-2Biologicalinformationanalysisprocess利用SLAF-seq数据分组和基因型定义软件，基于序列相似性对所有具有清晰索引信息的SLAF对端读取进行聚类。为了减少计算要求，相同的读取被合并在一起，并且通过BLAT23序列使用一对一比对检测序列相似性，超过90%的一致性被分组在一个SLAF位点中。为了客观地评价基因分型的准确性，利用每个单核苷酸多态性的数量，计算了给定个体在相应位点上有特定基因型的后验条件概率。假设某一特定位点有m个等位基因，表示为（A1，A2，…，Am）。根据这些基因型在有限概率空间中出现的理论频率，给每个基因型分配一个先验概率。对于纯合子基因型，这个先验概率是相等的，但是对于一个纯合子基因型，这个概率是双倍。考虑一对不同的等位基因a和a/，可以使用以下公式计算一个等位基因到另一个等位基因的测序概率。过滤测序reads的接头后，进行测序质量和数据量的评估。通过拟南芥数据评估RsaI+HaeIII的酶切效率，以此判断实验过程的准确性和有效性。根据生物信息学分析，在群体中开发全基因组范围的SNP标记，利用群体内具有代表性
广东海洋大学硕士学位论文13的高质量SNP进行群体多态性分析。具体生物信息分析流程见图2-2。2.2.2SLAF标签开发图2-3SLAF标签开发流程Fig2-3SLAFlabeldevelopmentprocess本试验测序产生的reads来源于同一限制性内切酶对不同样品作用产生的长reads来源于一个SLAF片段（SLAF标签）。同一SLAF标签在不同样品间的序列相似度远高于不同SLAF标签间的相似度；一个SLAF标签在不同样品间序列有差异（即有多态性），即可定义为多态性SLAF标签。多态性SLAF标签开发流程图见图2-3。2.2.3DNA提取桃金娘叶片DNA的提取按照传统的CTAB提取DNA方法，具体操作步骤如下：1.液氮研磨样品用75%酒精棉擦拭台面、研钵内部及药匙，酒精灼烧研钵、研磨棒及药匙。温度降低后用新的PE手套盖住所有研钵，防止研磨产生的组织飞沫造成交叉污染。研磨前取出一个研钵和研磨棒，液氮彻底冷却后放入100mg植物组织样品（冷冻组织不能解冻），立即将液氮注入研钵中，用研钵棒将组织充分研磨成粉末状，期间适时补充液氮，防止样品融化，须一直保持在低温状态，研磨充分后
【参考文献】：
期刊论文
[1]不同处理对桃金娘扦插成活的影响[J]. 李冰,李进华,孙开道,唐庆,陈尔,林茂. 热带农业科学. 2019(10)
[2]UPLC法同时测定桃金娘果中4种酚类成分[J]. 银慧慧,刘伟,赵武,孟菲,姜源明,覃振华,孙建华. 中国兽药杂志. 2019(08)
[3]不同基质和促根剂对灰木莲嫩枝扦插生根的影响[J]. 赵翔,李清莹,姜清彬,仲崇禄,张捷. 南京林业大学学报(自然科学版). 2019(02)
[4]桃金娘种子育苗技术研究[J]. 陈杰,全阳,吴开立,韩成友. 热带林业. 2018(04)
[5]桃金娘扦插繁殖研究[J]. 黄意成,袁亮,郑海,曾庆钱. 安徽农业科学. 2017(34)
[6]尾叶桉林下5种植物的耐阴性、生物量及其个体消长[J]. 公绪云,饶兴权,周丽霞,王晓玲,朱小林,蔡锡安. 生态学报. 2018(03)
[7]IBA与NAA对桃金娘扦插繁殖的影响[J]. 叶昌辉,陈廷慧,陈恒恒,郑晓婷,陈丹,吴钿. 亚热带植物科学. 2017(02)
[8]运用SLAF-seq技术构建水稻高密度遗传图谱[J]. 彭强,叶生鑫,黄龙,张大双,刘颖,吴健强,张玉珊,朱速松. 分子植物育种. 2016(08)
[9]基质、插穗及促根剂对喜树扦插生根的影响[J]. 吴雅琼,汪贵斌,曹福亮,祖元刚. 南京林业大学学报(自然科学版). 2016(03)
[10]基于SLAF-seq技术的甘薯SNP位点开发[J]. 苏文瑾,赵宁,雷剑,王连军,柴沙沙,杨新笋. 中国农业科学. 2016(01)
博士论文
[1]基于简化基因组测序的油菜高通量SNP分析及白菜基因组DNA甲基化解析[D]. 陈勋.华中农业大学 2014
硕士论文
[1]利用SLAF-seq技术构建高密度丹参连锁图谱[D]. 刘甜.山东农业大学 2016
[2]基于SLAF标记的苹果遗传连锁图谱构建[D]. 陶红霞.西北农林科技大学 2015
[3]桃金娘（Rhodomyrtus Tomentosa （Ait） Hassk） 的生殖生态学研究[D]. 韦明思.华南师范大学 2005
本文编号：3631200
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