苹果砧木不定根发生相关基因的鉴定和可变剪切分析

发布时间：2022-11-10 21:10

　　不定根诱导是苹果砧木无性繁殖的关键环节,内部因素和外部环境的变化均对不定根诱导有重要的调控作用。目前,有关不定根发育的研究多集中于基因的转录水平,其它层次的研究较为薄弱。本研究以苹果矮化砧木‘T337’为材料,利用i TRAQ（Isobaric tag for a relative and absolute quantitation）和SMRT（Single molecule real time sequencing）测序技术,探究不定根发生过程中的蛋白水平变化和复杂的可变剪切现象,对于丰富不定根发生的分子机制具有重要意义。主要结果如下:1.建立了‘T337’组培苗不定根发生诱导期的蛋白质组学数据库,分析了外源吲哚-3-丁酸（IBA）处理后‘T337’的形态和激素水平的差异,明确了参与不定根产生的差异蛋白和信号通路。（1）外源（IBA）处理诱导了‘T337’组培苗不定根的产生,生根率和根长显著增加,生长素（IAA）,脱落酸（ABA）和油菜素内酯（BR）的含量前期增加,后期降低,赤霉素（GA）,玉米素（ZR）和茉莉酸甲酯（JA）则相反。（2）利用i TRAQ蛋白组学技术,在不定根发生的诱... 

【文章页数】：71 页

【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
    1.1 不定根的形成过程
    1.2 不定根发育的研究进展
        1.2.1 激素参与不定根形成
        1.2.2 外界环境刺激影响不定根形成
    1.3 可变剪切
        1.3.1 可变剪切的发现
        1.3.2 可变剪切的特点
        1.3.3 可变剪切的研究进展
    1.4 研究的目的和意义
第二章 不定根发生诱导期的蛋白质组学研究
    2.1 材料和方法
        2.1.1 试验材料与采样
        2.1.2 内源激素的测定
        2.1.3 蛋白质的提取
        2.1.4 iTRAQ标记和质谱分析
        2.1.6 蛋白质的鉴定和差异表达分析
        2.1.7 基因功能富集(GO)和基因通路富集(KEGG)
        2.1.8 Real-Time PCR
    2.2 结果与分析
        2.2.1 外源施加IBA促进不定根的形成
        2.2.2 苹果砧木‘T337’不定根发生过程中内源激素的变化
        2.2.3 ‘T337’不定根发生诱导期蛋白质的鉴定和差异表达分析
        2.2.4 蛋白质GO和 KEGG富集分析
        2.2.5 RT-qPCR验证
    2.3 讨论
        2.3.1 IBA通过调节内源激素的信号转导诱导不定根
        2.3.2 IBA通过调节碳水化合物代谢和能量产生诱导不定根
        2.3.3 IBA通过调节活性氧(ROS)和一氧化氮(NO)信号转导诱导不定根
        2.3.4 IBA通过调节微管、细胞壁状态诱导不定根
        2.3.5 IBA通过蛋白质体内平衡诱导不定根
第三章 不定根发生相关基因的可变剪切鉴定分析
    3.1 材料和方法
        3.1.1 试验材料与方法
        3.1.2 文库构建和Pac Bio测序
        3.1.3 全长转录组测序分析流程
        3.1.4 二代转录组数据分析
        3.1.5 可变剪切分析
        3.1.6 基因功能富集(GO)和基因通路富集(KEGG)
    3.2 结果与分析
        3.2.1 原始数据处理及全长转录本分析
        3.2.2 不定根发育过程的转录组分析
        3.2.3 不定根发育过程的可变剪切事件鉴定与分析
        3.2.4 不定根发育过程的差异可变剪切事件鉴定与分析
        3.2.5 差异剪切基因的GO富集分析
        3.2.6 参与不定根发生的可变剪切基因鉴定与分析
    3.3 讨论
        3.3.1 利用SMRT测序技术分析转录组的必要性
        3.3.2 可变剪切事件参与苹果砧木不定根‘T337’的发生
第四章 结论
参考文献
附录
致谢
个人简历


【参考文献】：
期刊论文
[1]植物不定根发生机理的研究进展[J]. 张焕欣,董春娟,李福凯,王红飞,尚庆茂.  西北植物学报. 2017(07)



本文编号：3705297