矮牵牛遗传图谱构建及重瓣分子标记筛选

发布时间：2023-03-12 22:05

　　花是园林植物的重要观赏部分,对于花型、花色等性状的变异改良研究具有极大经济效益,也一直是花发育研究的热点。重瓣是一种突变花型,观赏价值大,关于其形成分子机理的研究对提高植物观赏性具有重大意义。矮牵牛既是园林植物中被广泛应用的花坛花卉,也同拟南芥、金鱼草一样是植物花发育研究的模式植物,因此是研究重瓣性状的理想材料。本研究结合前人的研究分析结果,从正向遗传学角度出发,通过全基因组重测序构建矮牵牛遗传连锁图谱。同时利用分子标记与近等基因系对重瓣基因进行定位,结合图谱定位结果,以期圈定重瓣基因所在区间,获得重瓣候选基因。目前获得的主要研究结果如下:1.利用原有标记比对到重瓣基因组9条Scaffold,根据单重瓣矮牵牛重测序及转录组测序结果,用IGV软件对9条Scaffold上注释的459个基因进行筛选,得到52个在单重瓣中CDS序列存在显著差异的基因。优先对在重测序或转录组中显示单瓣完全缺失的基因设计引物进行差异片段扩增,其中4对引物在单重瓣矮牵牛中扩增出现差异,扩大群体检测在单重瓣中扩增差异稳定存在。同时筛选得到37个在单重瓣中启动子序列存在显著差异,并且在重瓣中表达量上调的基因。2.选取近...

【文章页数】：69 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
缩略词表
1 前言
    1.1 分子标记技术
        1.1.1 遗传标记的发展
        1.1.2 DNA分子标记
            1.1.2.1 DNA分子标记的分类
            1.1.2.2 SNP标记
        1.1.3 分子标记在观赏植物中的应用现状
    1.2 植物遗传图谱的构建
        1.2.1 遗传图谱的定义及应用
        1.2.2 遗传图谱构建方法
        1.2.3 基于高通量测序的遗传图谱构建
        1.2.4 矮牵牛遗传图谱构建
    1.3 重瓣性研究进展
        1.3.1 重瓣花形成的分子机理
        1.3.2 矮牵牛重瓣性研究现状
    1.4 本研究的目的和意义
2 材料与方法
    2.1 实验材料
        2.1.1 近等基因系
        2.1.2 遗传图谱构建的亲本及群体
        2.1.3 试验试剂
        2.1.4 主要仪器设备
        2.1.5 所需试剂配方
    2.2 实验方法
        2.2.1 基因组DNA提取
        2.2.2 差异基因筛选
        2.2.3 与矮牵牛重瓣性状紧密连锁分子标记筛选
            2.2.3.1 特异引物设计
            2.2.3.2 PCR扩增及检测
            2.2.3.3 共线性分析
        2.2.4 矮牵牛遗传图谱构建
            2.2.4.1 亲本及群体全基因组测序
            2.2.4.2 SNP检测和基因分型
            2.2.4.3 遗传图谱构建
            2.2.4.4 重瓣性状定位
3 结果与分析
    3.1 差异基因筛选
        3.1.1 结构变异基因筛选
        3.1.2 差异片段扩增
        3.1.3 启动子差异筛选
    3.2 与矮牵牛重瓣性状紧密连锁分子标记的筛选
        3.2.1 近等基因系筛选群体构建
        3.2.2 标记检测结果
        3.2.3 共线性分析
    3.3 矮牵牛遗传图谱构建
        3.3.1 作图群体构建及基因组DNA提取
        3.3.2 全基因组重测序
        3.3.3 SNP检测和基因分型
        3.3.4 遗传图谱构建
            3.3.4.1 JoinMap4.1 软件分群及图谱构建
            3.3.4.2 LepMap3 软件分群及图谱构建
        3.3.5 重瓣性状定位
4 讨论
    4.1 遗传图谱构建
    4.2 差异基因筛选
    4.3 分子标记检测
5 总结与展望
参考文献
附录
    附录 Ⅰ群体Clean Data及比对结果统计表
    附录 Ⅱ单重瓣CDS及启动子差异基因注释信息
    附录 Ⅲ差异基因筛选引物序列
    附录 Ⅳ特异标记引物序列
致谢



本文编号：3762027