灰树花EST-SSR引物开发及遗传多样性研究

发布时间：2023-03-24 02:04

　　灰树花[Grifola frondosa(Dicks.Fr)S.F.Gray]是一种重要的珍稀食药用菌,其味道独特鲜美且具有抗肿瘤、提高免疫力、降血压及抗病毒等多种药用价值。本研究对灰树花菌丝体转录组进行高通量测序来搜寻SSR位点,并应用多态性EST‐SSR标记对32份灰树花菌株进行遗传多样性评价,取得以下研究结果:基于不同地域灰树花的ITS rDNA序列构建系统发育树,结果发现,ITS rDNA构建的系统发育树可以将来自亚洲和美国的菌株区分开,说明灰树花的地理距离和遗传距离存在一定的相关性。对灰树花菌丝体进行高通量转录组测序,三个生物学重复样本共获得了13.46 G的数据量,DE NOVO拼接14347条Unigenes。共有9433个Unigenes比对上NR蛋白库,占65.74%;在GO功能分类中,共54个类别包括7366个Unigenes有具体功能注释;有4347个Unigenes在KOG中获得具体蛋白功能注释;2799个Unigenes与KO库有同源信息,注释到255个代谢通路。利用MISA软件,从获得的Unigenes中进行SSR位点查找,共找到515个SSR位点。利用Pr...

【文章页数】：43 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一篇 文献综述
    第一章 灰树花研究现状
        1.1 灰树花概述
        1.2 灰树花的人工驯化与栽培
        1.3 灰树花的系统发育研究
        1.4 灰树花遗传多样性的研究进展
    第二章 RNA-Seq研究进展
        2.1 转录组学的发展
        2.2 RNA-Seq的发展及优势
        2.3 RNA-Seq的应用
    第三章 分子标记在食药用真菌遗传多样性分析中的应用
        3.1 RFLP技术
        3.2 RAPD技术
        3.3 AFLP技术
        3.4 SSR微卫星标记
第二篇 研究内容
    第一章 基于ITS rDNA基因的灰树花遗传多样性分析
        1.1 实验材料
        1.2 试验方法
        1.3 序列比对和系统发育树的构建
        1.4 结果与分析
        1.5 讨论
    第二章 基于RNA-Seq的灰树花菌丝体转录组分析
        2.1 实验材料
        2.2 实验方法
        2.3 结果与分析
        2.4 讨论
    第三章 灰树花SSR标记开发及多态性分析
        3.1 实验材料
        3.2 试验方法
        3.3 结果与分析
        3.4 讨论
结论
作者简介
致谢
参考文献



本文编号：3769220