江西铅山红芽芋和青秆芋的转录组比较分析

发布时间：2023-05-04 02:54

　　为探究江西铅山红芽芋和江西铅山青秆芋之间的分子差异,以江西铅山红芽芋(HYY组)和江西铅山青秆芋(QGY组)的试管苗为试验材料进行转录组分析。结果表明:HYY组Clean reads为41 298 676,GC含量为53.09%;QGY组Clean reads为45 551 860,GC含量为51.17%。HYY组和QGY组表达量FPKM的对数值在0～2,表达量密度在0～0.7。HYY组和QGY组表达的共有基因数为14 038,HYY组单独表达的基因数为17 843,QGY组单独表达的基因数为18 634。HYY组和QGY组表达量的相关系数为0.035,样本间相关性较差。HYY组和QGY组共产生差异表达基因32 555个,与QGY组比较,HYY组上调基因15 887,下调基因16 668。GO富集分析显示,差异基因主要注释到多糖代谢过程、基因沉默、果胶分解代谢过程、碳水化合物代谢过程、生长素激活的信号通路、细胞外区、膜的固有成分、膜的组成成分、膜部件、凋亡细胞、作用于糖基键水解酶活性、水解O-糖基化合物的水解酶活性、蛋白质二聚活性、DNA结合、氧化还原酶活性对二酚及其相关物质的作用等功...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 RNA提取
        1.2.2 Illumina Hiseq测序
        1.2.3 数据分析
2 结果与分析
    2.1 测序数据产出统计
    2.2 转录组从头组装结果评估
    2.3 测序数据与组装结果比对
    2.4 表达量统计
    2.5 表达量样本间Venn分析
    2.6 表达量样本间相关性分析
    2.7 差异表达分析
    2.8 差异表达基因GO富集分析
    2.9 差异表达基因KEGG注释
    2.10 与芋秆涩味相关差异表达基因的筛选
3 讨论



本文编号：3807807