基于转录组测序的四照花SSR分子标记开发及应用

发布时间：2023-07-26 19:13

　　四照花属(Cornus)植物隶属于山茱萸科(Cornacease),多数种类为观赏价值极高的园林绿化树种,大花四照花、日本四照花和太平洋四照花等都因其奇特的苞片特征受到广泛关注,大花四照花更是因极高的观赏价值作为美国密苏里州、北卡莱罗纳州、华盛顿州等地的州花,极具开发利用价值。目前国内市场上四照花种质资源遗传背景不清,品种名称混乱,给鉴别造成一定困难,不利于种质资源推广、开发和利用。本研究以19份不同种及品种的四照花为试验材料,利用转录组测序对四照花的SSR分子标记进行开发,优化了 SSR-PCR反应体系,同时探讨了四照花不同种及品种之间的亲缘关系,并构建了品种的指纹图谱,为更好的利用四照花种质资源提供了依据。主要研究结果如下:(1)利用Illumina平台的RNA-seq技术对大花四照花进行了转录组测序,得到了丰富的转录组数据,利用生物信息学软件对获得的Unigene进行SSR位点的挖掘,共获得30 401个SSR位点,SSR的分布频率为22.90%,平均分布距离为2.88 kb。SSR位点的重复类型以单核苷酸重复和二核苷酸重复为主,各占所有位点的45.73%和37.98%。综合来看...

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摘要
ABSTRACT
1. 引言
    1.1. 研究背景
    1.2. 四照花种质资源研究进展
        1.2.1. 四照花种质资源的分类及分布
        1.2.2. 四照花属植物研究概况
        1.2.3. 四照花种质资源的开发与利用
    1.3. SSR分子标记研究进展
        1.3.1. SSR分子标记的定义及特点
        1.3.2. SSR分子标记的开发
        1.3.3. SSR分子标记在植物中的应用
    1.4. 指纹图谱的发展及应用
        1.4.1. 指纹图谱的发展
        1.4.2. 指纹图谱的现状及应用
    1.5. 研究目的和意义
2. 材料与方法
    2.1. 试验材料
    2.2. 试验方法
        2.2.1. 基因组DNA的提取
        2.2.2. 四照花SSR分子标记开发
        2.2.3. SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选
        2.2.4. 数据处理和分析
    2.3. 技术路线
3. 结果与分析
    3.1. 四照花基因组DNA提取结果
    3.2. 转录组SSR位点分布特征分析及引物设计
        3.2.1. 转录组测序与组装
        3.2.2. 转录组SSR重复类型及基序类型
        3.2.3. 转录组SSR重复次数及长度分布
    3.3. SSR分子标记的开发
        3.3.1. SSR-PCR反应体系的优化
        3.3.2. SSR引物筛选
        3.3.3. SSR位点遗传参数分析
    3.4. 四照花种质资源鉴定
        3.4.1. 四照花种质资源间聚类分析
        3.4.2. 四照花指纹图谱构建
4. 讨论
    4.1. 利用转录组开发SSR分子标记
    4.2. 利用正交设计优化PCR反应体系
    4.3. 利用SSR引物分析亲缘关系的可行性
    4.4. DNA指纹图谱的构建
    4.5. 四照花种质资源的开发利用前景
5. 结论
参考文献
个人简介
第一导师简介
第二导师简介
第三导师简介
致谢



本文编号：3837395