石榴果皮和籽粒转录组分析及MYB基因克隆

发布时间：2023-10-26 18:51

　　石榴(Punica granatum L.)为千屈菜科(Lythraceae)石榴属(Punica granatum)古老的果树,是重要的功能性水果,在我国栽培历史悠久,遗传多样性丰富。果实富含类黄酮类、安石榴苷等抗氧化物质,具有很高的经济价值。而石榴的商品价值主要取决于果实的外观品质和内在品质,果皮色泽不仅影响果实的外观性状和市场价值,而且在很大程度上关系到果实的内在品质和营养价值。研究石榴果皮中花青苷合成的分子机理不仅能为石榴果皮着色的研究奠定重要的理论基础,还可以利用克隆的重要基因对石榴进行分子育种改良,从而改良石榴的外观品质。目前,对果树如苹果、葡萄等品种的花青苷合成的分子机理研究很深入,近年来石榴的花青苷合成的分子机理已经成为石榴研究的热点,目前国内还没有任何石榴转录组测序方面的研究。本研究利用Illumina测序技术对石榴的果皮、籽粒进行了转录组测序,并且对果皮、籽粒的转录组进行比较分析和花青苷合成代谢等途径的解析;对相关调控因子MYB基因进行了基因克隆和功能预测研究,主要结果如下:1、石榴果皮、籽粒转录组数据的序列组装。使用Velvet、SOAP Denovo、Trini...

【文章页数】：68 页

【学位级别】：硕士

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致谢
摘要
abstract
1 前言
    1.1 石榴概述
        1.1.1 石榴的生物学特性
        1.1.2 石榴的价值与栽培现状
    1.2 转录组学概述
        1.2.1 转录组概念
        1.2.2 转录组研究方法概述
        1.2.3 转录组测序技术发展历程
        1.2.4 植物转录组学研究进展
    1.3 花色苷概述
        1.3.1 花色苷生物合成途径
    1.4 植物MYB转录因子
        1.4.1 MYB转录因子概述
        1.4.2 MYB转录因子对花青苷的调控研究
    1.5 本论文研究的内容、目的、意义
2 石榴果皮、籽粒转录组学分析
    2.1 材料与方法
        2.1.1 植物材料
        2.1.2 石榴籽粒、果皮总RNA的提取
        2.1.3 转录组测序
        2.1.4 测序数据的统计与评估
        2.1.5 序列组装
        2.1.6 Unigenes功能注释
    2.2 结果与讨论
        2.2.1 石榴果皮、籽粒总RNA提取
        2.2.2 测序统计与质量分析
        2.2.3 序列组装结果
        2.2.4 RNA-seq序列比对结果
        2.2.5 COG功能分类
        2.2.6 Unigenes GO功能分析
        2.2.7 KEGG代谢通路分析
3 石榴MYB基因的克隆与生物信息分析
    3.1 试验材料与方法
        3.1.1 植物材料
        3.1.2 主要试剂及仪器
        3.1.3 试验用具处理
        3.1.4 试验方法
    3.2 结果与分析
        3.2.1 MYB氨基酸序列相似性比较与系统进化树分析
        3.2.2 MYB理化性质分析
        3.2.3 MYB信号肽分析
        3.2.4 MYB跨膜结构分析
        3.2.5 MYB亲疏水性分析
        3.2.6 MYB蛋白亚细胞定位
        3.2.7 MYB蛋白结构功能域分析
        3.2.8 MYB蛋白二级结构预测
4 讨论
    4.1 几种转录组数据拼接软件的比较
    4.2 石榴转录组测序研究
    4.3 MYB基因克隆及生物信息学分析
5 结论
参考文献
附录



本文编号：3856776