基于RNA-Seq的平菇不同发育阶段转录组研究及凝集素基因的生物信息学分析

发布时间：2024-01-30 01:54

　　平菇(Pleurotus ostreatus)的生长发育对其栽培育种以及农副产品的加工有着深远的影响。凝集素是在不同有机体中非免疫来源的蛋白或者糖蛋白。凝集素(lectin)不仅在医学领域的免疫调节以及抑制病毒增殖方面得以应用,并且其与食用真菌的生长发育息息相关。本论文基于从头拼接(De novo)的RNA-Seq技术,分析了平菇P739双核菌株不同发育时期的转录组数据并利用生物信息学方法分析了在P739和已测序平菇PC15的凝集素基因,可以让我们在转录本水平上了解平菇的基因结构、功能、可变剪接以及特定生理过程的分子机理,结果如下:1)通过提取P739的四个不同生长发育阶段即菌丝(Myc)、原基(Pri)、幼嫩子实体(Yfb)、成熟子实体(Mfb)时期的总RNA,构建mRNA的链特异性文库,通过Illumina Hi-seq 2500获得P739在这四个不同生长发育时期的转录组数据。由于P739与已测序的平菇PC15的同源性较低,故采用De novo从头拼接的技术对测序结果进行组装,组装结果总计Unigene 51131个,总长111850405nt,平均长度2188nt,N50达到3...

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【学位级别】：硕士

图2.1生物信息学分析流程

图2.2利用Trinity进行denovo转录本组装步骤图

图2.3平菇四个不同发育时期的总RNA提取图

图2.4四个不同发育时期链特异性cDNA文库的电泳检测

本文编号：3889272